TkA03G570360 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA03G570360

当前版本: TK1151 染色体: Chr03 坐标: 144700823-144701224 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

402 bp · TkA03G570360|TK1151|cDNA

ATGTCAAATATCATAGTATCCTTTCTCACAATTTTAAAATGGACTCTTCATTTCTTAATCAACCATCTATTTTTCCACCATCGCATGATCCACCTGCAAGAAACCTACGAAGGGCATGGAATCAAGTGGTTCAATTGCAGAAAACAAGCTTCTTATGATGAAGAGGTAGTGTGTGCAGTGTGCTTGAACAAAATCGAGGAAGATGATGAGACTAGAGAGTTGAGATGCGATCACCAATTTCACAAAAATTGCTTGGATGG...

CDS

下载 CDS FASTA

402 bp · TkA03G570360|TK1151|CDS

ATGTCAAATATCATAGTATCCTTTCTCACAATTTTAAAATGGACTCTTCATTTCTTAATCAACCATCTATTTTTCCACCATCGCATGATCCACCTGCAAGAAACCTACGAAGGGCATGGAATCAAGTGGTTCAATTGCAGAAAACAAGCTTCTTATGATGAAGAGGTAGTGTGTGCAGTGTGCTTGAACAAAATCGAGGAAGATGATGAGACTAGAGAGTTGAGATGCGATCACCAATTTCACAAAAATTGCTTGGATGG...

蛋白

下载蛋白 FASTA

133 aa · TkA03G570360|TK1151|PROTEIN

MSNIIVSFLTILKWTLHFLINHLFFHHRMIHLQETYEGHGIKWFNCRKQASYDEEVVCAVCLNKIEEDDETRELRCDHQFHKNCLDGWLAHRHTTCPVCREHLVLPPKTNIYSCIIHSRGVYYDYSFRNIVIC

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA03G570360`
TK1151 ID	TkA03G570360
OH-1004 ID	LXL04_011174
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	50.400
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 93.985 / OH-1004 88.971 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID	`TkA03G570360`
位置	Chr03:144700823-144701224 (-)
描述	Similar to XERICO: Probable E3 ubiquitin-protein ligase XERICO
拟南芥 / 水稻参考基因与文献	下载当前基因文献拟南芥当前来源表未检出该物种的同源命中。水稻当前来源表未检出该物种的同源命中。
功能注释来源	查看注释来源功能注释来源：OH1004 · `LXL04_011174` · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。
GO 注释（OH1004 来源）	GO:0006511 ubiquitin-dependent protein catabolic process 生物过程 GO:0006970 response to osmotic stress 生物过程 GO:0009651 response to salt stress 生物过程 GO:0009687 abscisic acid metabolic process 生物过程 GO:0009688 abscisic acid biosynthetic process 生物过程 GO:0009739 response to gibberellin 生物过程 GO:0016567 protein ubiquitination 生物过程 GO:0042742 defense response to bacterium 生物过程 GO:0098542 defense response to other organism 生物过程 GO:0005576 extracellular region 细胞组分 GO:0005634 nucleus 细胞组分 GO:0005886 plasma membrane 细胞组分
KEGG 基因交叉引用	ath:AT1G63170 ath:AT1G72220 ath:AT2G04240 ath:AT3G05200 ath:AT4G40070 以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.293

排名 1 · TkA03G570360 · TK1151

内质网0.260

排名 2 · TkA03G570360 · TK1151

细胞核0.241

排名 3 · TkA03G570360 · TK1151

溶酶体／液泡0.166

排名 4 · TkA03G570360 · TK1151

细胞膜0.158

排名 5 · TkA03G570360 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF12861zf-ANAPC1121-35 aa

PF23555zf-RING_Vps4135-47 aa

PF13920zf-C3HC4_345-66 aa

PF18912DZR_246-68 aa

PF20076DUF647250-75 aa

PF23413zf_RING_Vps8_fungal53-61 aa

PF29452FAR1_N53-69 aa

PF13920zf-C3HC4_355-102 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA03G570360	`PF12861`	zf-ANAPC11	21	35	0.01	16.6
TkA03G570360	`PF23555`	zf-RING_Vps41	35	47	0.34	11.2
TkA03G570360	`PF13920`	zf-C3HC4_3	45	66	0.016	15.7
TkA03G570360	`PF18912`	DZR_2	46	68	1.9	9.1
TkA03G570360	`PF20076`	DUF6472	50	75	5.3	8.0
TkA03G570360	`PF23413`	zf_RING_Vps8_fungal	53	61	0.013	15.5
TkA03G570360	`PF29452`	FAR1_N	53	69	1.4	9.7
TkA03G570360	`PF13920`	zf-C3HC4_3	55	102	0.016	15.7
TkA03G570360	`PF11793`	FANCL_C	56	94	0.15	13.1
TkA03G570360	`PF15227`	zf-C3HC4_4	56	76	0.23	12.3
TkA03G570360	`PF16685`	zf-RING_10	57	102	0.12	13.2
TkA03G570360	`PF24921`	RING_XB3-XBAT31	57	103	0.25	12.1
TkA03G570360	`PF29452`	FAR1_N	57	101	1.4	9.7
TkA03G570360	`PF08271`	Zn_Ribbon_TF	57	76	4.0	7.8
TkA03G570360	`PF13639`	zf-RING_2	58	100	6e-13	49.5
TkA03G570360	`PF00097`	zf-C3HC4	58	99	4.2e-09	36.8

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

没有找到该查询的结果。

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