TkA03G561860 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA03G561860

当前版本: TK1151 染色体: Chr03 坐标: 142618406-142619815 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

755 bp · TkA03G561860|TK1151|cDNA

CACGAGTTGGCGTCTGAAATCCTGAATCCGCTCCCCCTATACCAGCGACATAAATCTGCGGCTCCATACCTGCTTTCTTCTTTGTTGTCAACACCAAATCCGCTCATCATCGATGAAGAAGTAACATGTTTCCGATCGTAGGCTCTATCTGTCTCTCTCTATTTTCTCCGATTTTTCTCTTGCTCCAACGTCTCCACAAAGATGCCGATCTCGATTAATCAAGGATTCAATCGGTGTTTACTTCAAATTTTCATTTCCCG...

CDS

下载 CDS FASTA

492 bp · TkA03G561860|TK1151|CDS

ATGGGTTTCTTAAAGATCTGCCCAGATCCGGCGACTTTTCCGCAAGCAACAGCAACAGAGACAGATGGAATTGAGCAATTTAAGTATGCGAATTCCGACTTTTCATCATTTGGTGAAAGAGGCAATTGGGTTTTTGGAATTGGGTTTCAACATAGGCAATCGAGTTTTAAGGAGCTCCAATACAGACGTGATGGAGATAGCAATGGAGTTCTATATTATGTCGGCACATCATATGGGAAACACCAATGGGTCAATCCTGT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

163 aa · TkA03G561860|TK1151|PROTEIN

MGFLKICPDPATFPQATATETDGIEQFKYANSDFSSFGERGNWVFGIGFQHRQSSFKELQYRRDGDSNGVLYYVGTSYGKHQWVNPVLAKKISITASNPISRYTDAKVLASRTYQGISFAGPRIEDGRSSWSMIDLGLDHQLMCNYYTLRQDGSKAFMRQWNF

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA03G561860`
TK1151 ID	TkA03G561860
OH-1004 ID	LXL04_011046
关系 / 置信度	序列支持，注释或模型存在差异 / 待复核
蛋白一致性 (%)	100.000
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 86.503 / OH-1004 45.631 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA03G561860

位置 Chr03:142618406-142619815 (+)

描述 Similar to At2g30600/At2g30610: BTB/POZ domain-containing protein At2g30600

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`UniProt: Q8LEV3`	可能作为 E3 泛素-蛋白连接酶复合物 (CUL3-RBX1-BTB) 的底物特异性适配子，介导靶蛋白的泛素化及随后的蛋白酶体降解。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_011046 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0000209 protein polyubiquitination 生物过程

GO:0006511 ubiquitin-dependent protein catabolic process 生物过程

GO:0016567 protein ubiquitination 生物过程

GO:0032436 positive regulation of proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process 生物过程

GO:0042659 regulation of cell fate specification 生物过程

GO:0043161 proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process 生物过程

GO:0045746 negative regulation of Notch signaling pathway 生物过程

GO:0045747 positive regulation of Notch signaling pathway 生物过程

GO:0051865 protein autoubiquitination 生物过程

GO:0070373 negative regulation of ERK1 and ERK2 cascade 生物过程

GO:0070534 protein K63-linked ubiquitination 生物过程

GO:1902882 regulation of response to oxidative stress 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT2G30600

cel:CELE_C34D4.14

dme:Dmel_CG5604

hsa:25831

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞外0.787

排名 1 · TkA03G561860 · TK1151

细胞质0.089

排名 2 · TkA03G561860 · TK1151

内质网0.042

排名 3 · TkA03G561860 · TK1151

线粒体0.037

排名 4 · TkA03G561860 · TK1151

细胞核0.035

排名 5 · TkA03G561860 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00673Ribosomal_L5_C34-77 aa

PF00673Ribosomal_L5_C103-145 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA03G561860	`PF00673`	Ribosomal_L5_C	34	77	0.1	13.4
TkA03G561860	`PF00673`	Ribosomal_L5_C	103	145	0.1	13.4

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q8LEV3`	拟南芥	sp\|Q8LEV3\|Y2060_ARATH BTB/POZ domain-containing protein At2g30600	75.000%	Swiss-Prot	高置信

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