TkA03G561730 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA03G561730

当前版本: TK1151 染色体: Chr03 坐标: 142556555-142566146 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

3363 bp · TkA03G561730|TK1151|cDNA

CTGACTACTGGTCTACTGCTACACACCTTTCTTTATCGCCAATTATTGTTTGTCGCTACTCTCTCTTTCTCCGTTTATATAGATAGACAAGTCATTTGCTCAACTTAAGTAGCCTACAAACAGCAACATGAAGAGTCGATTGTTCTTCATGTTCTCATTGATTTTGTACAGAAATTTTGCATTCGCACAATCAGCAAAGCTCGACGAGACAGAAGTGGAGGTACTGAAGCAAATAGGTGAAAAATTAGGGATATCGAGGA...

CDS

下载 CDS FASTA

1347 bp · TkA03G561730|TK1151|CDS

ATGAAGAGTCGATTGTTCTTCATGTTCTCATTGATTTTGTACAGAAATTTTGCATTCGCACAATCAGCAAAGCTCGACGAGACAGAAGTGGAGGTACTGAAGCAAATAGGTGAAAAATTAGGGATATCGAGGACGAAAGAATGGGATTTGGATAAGGATCCGTGCAGTCGCGAAGGGAATTGGGGCCGTGGCGAGTCCCCAAAAGGATTTGAGGTCTCTGTTGAATGCGATTGCTCTTTCCAACAAAATGCCACCTGCCG...

蛋白

下载蛋白 FASTA

448 aa · TkA03G561730|TK1151|PROTEIN

MKSRLFFMFSLILYRNFAFAQSAKLDETEVEVLKQIGEKLGISRTKEWDLDKDPCSREGNWGRGESPKGFEVSVECDCSFQQNATCRVVRIALKSQNFSSTIPSEFSKLRYLKILDLSRNYLNGTIPPQWATMRLVDLSLMGNRLSGPFPRVLTRITTLVNLSIEGNRFSGSIPQEIVNMKNLQELILASNEFSGKLPDGLGKLTNLTDMRLSDNNFTGKIPDYISNWTQIKKLHMQGCSLEGPIPSSISLLTKLKDLRI...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA03G561730`
TK1151 ID	TkA03G561730
OH-1004 ID	LXL04_011041
关系 / 置信度	序列支持，注释或模型存在差异 / 待复核
蛋白一致性 (%)	100.000
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 98.661 / OH-1004 44.156 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA03G561730

位置 Chr03:142556555-142566146 (+)

描述 Similar to At1g07650: Probable LRR receptor-like serine/threonine-protein kinase At1g07650

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g07650`	可能的LRR受体样丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶At1g07650。	暂无已核实直接文献
`At3g14840`	可能的富含亮氨酸重复（LRR）受体样丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶 At3g14840。	暂无已核实直接文献
`At1g53430`	可能的 LRR 受体样丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶 At1g53430。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_011041 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0009861 jasmonic acid and ethylene-dependent systemic resistance 生物过程

GO:0031667 response to nutrient levels 生物过程

GO:0045088 regulation of innate immune response 生物过程

GO:0005576 extracellular region 细胞组分

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005829 cytosol 细胞组分

GO:0005886 plasma membrane 细胞组分

GO:0009506 plasmodesma 细胞组分

GO:0016020 membrane 细胞组分

GO:0004672 protein kinase activity 分子功能

GO:0004674 protein serine/threonine kinase activity 分子功能

GO:0005524 ATP binding 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G07650

ath:AT1G53420

ath:AT1G53430

ath:AT1G53440

ath:AT3G14840

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞膜0.507

排名 1 · TkA03G561730 · TK1151

细胞外0.178

排名 2 · TkA03G561730 · TK1151

内质网0.106

排名 3 · TkA03G561730 · TK1151

细胞质0.083

排名 4 · TkA03G561730 · TK1151

溶酶体／液泡0.056

排名 5 · TkA03G561730 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF25019LRR_R13L1-DRL2186-117 aa

PF13855LRR_889-145 aa

PF24141LRR_ComC91-135 aa

PF24758LRR_At5g5637092-115 aa

PF00560LRR_193-109 aa

PF23598LRR_1497-189 aa

PF29252LRR_NLRC497-123 aa

PF12799LRR_4101-126 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA03G561730	`PF25019`	LRR_R13L1-DRL21	86	117	2.4e-06	28.2
TkA03G561730	`PF13855`	LRR_8	89	145	9.9e-22	77.2
TkA03G561730	`PF24141`	LRR_ComC	91	135	5.6e-08	33.5
TkA03G561730	`PF24758`	LRR_At5g56370	92	115	0.0019	18.6
TkA03G561730	`PF00560`	LRR_1	93	109	2.8e-32	104.5
TkA03G561730	`PF23598`	LRR_14	97	189	1.1e-15	57.9
TkA03G561730	`PF29252`	LRR_NLRC4	97	123	0.00039	20.5
TkA03G561730	`PF12799`	LRR_4	101	126	3.1e-12	47.0
TkA03G561730	`PF23211`	LRR_LRWD1	103	169	0.00041	20.8
TkA03G561730	`PF29594`	LRR_SKP2	105	121	2.4e-06	27.8
TkA03G561730	`PF25013`	LRR_Zer-1	107	139	0.00034	21.5
TkA03G561730	`PF24048`	LRR_NXF1-5	108	158	0.02	15.2
TkA03G561730	`PF25019`	LRR_R13L1-DRL21	109	165	2.4e-06	28.2
TkA03G561730	`PF13516`	LRR_6	109	120	3.7e-05	24.2
TkA03G561730	`PF00560`	LRR_1	112	131	2.8e-32	104.5
TkA03G561730	`PF13855`	LRR_8	134	192	9.9e-22	77.2

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`C0LGE0`	拟南芥	sp\|C0LGE0\|Y1765_ARATH Probable LRR receptor-like serine/threonine-protein kinase At1g07650	54.400%	Swiss-Prot	高置信
`C0LGN2`	拟南芥	sp\|C0LGN2\|Y3148_ARATH Probable leucine-rich repeat receptor-like serine/threonine-protein kinase At3g14840	45.500%	Swiss-Prot	中等置信
`C0LGG8`	拟南芥	sp\|C0LGG8\|Y5343_ARATH Probable LRR receptor-like serine/threonine-protein kinase At1g53430	39.700%	Swiss-Prot	低置信

JBrowse

在基因组浏览器中查看

基因详情