TkA03G556130 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA03G556130

当前版本: TK1151 染色体: Chr03 坐标: 140776583-140779809 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2725 bp · TkA03G556130|TK1151|cDNA

TTATTATCGTCGTTAAGACCTTAAACCCTTTTTCTCAGAAGGGGCCTAAACCCTATTCTCCACGTCTAACTTCTTAAAACTTCCTCTGTTTCCGCCGCTTATACAATCTCCGGCAACATTTTCATCGTTCTTATATCCCTCTTATTCCTCTTCCTTCACAATCCACCACAGCCCCCGATCACCACAAAATCCTGGCCGTTTCCACTGTAGCATGCCCTTCAACTTCCTTTCACCGCCATACCTCCGTCTCCTGAACTCGT...

CDS

下载 CDS FASTA

2400 bp · TkA03G556130|TK1151|CDS

ATGCCCTTCAACTTCCTTTCACCGCCATACCTCCGTCTCCTGAACTCGTCTTCGTTCCTCGTCACCCGGTACATCACGAAATCGAACCCATCGGTATCAAAGGGGACCGAGGCTTTCACTCGGGTATATCCTCACAAAATGAAGCACCAATCGTTCTCGTCATCTGAGAAATTGGGGATCCCTAATTCGCTAGCACCGACTCAATCCCAGTTACAGTTCTCTTCAAAAGCTTCCAAACACGGGTCTGAAGGTCGATCCGC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

799 aa · TkA03G556130|TK1151|PROTEIN

MPFNFLSPPYLRLLNSSSFLVTRYITKSNPSVSKGTEAFTRVYPHKMKHQSFSSSEKLGIPNSLAPTQSQLQFSSKASKHGSEGRSAKSLIEDEAELSDWVSDLKSDSFKKSRLYSDSDDGENGWRGGSGSTVKRKRDGDSDGYNGGNRGRGGSRGSFNGDSRGKVRSGGDFGRRDDGFVSRGGRDSGSSRGRGRGRFGGEVERRNDRFSRDKTREDDGFVSKRSDNSFNGRGRGGGGVGRGGKSMVKRSIMSDPDEKAQ...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA03G556130`
TK1151 ID	TkA03G556130
OH-1004 ID	LXL04_010773
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Probable
蛋白一致性 (%)	98.900
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA03G556130

位置 Chr03:140776583-140779809 (-)

描述 Similar to RH26: DEAD-box ATP-dependent RNA helicase 26

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g63630`	DEAD-box ATP依赖的RNA解旋酶31。	暂无已核实直接文献
`At5g08610`	DEAD-box依赖ATP的RNA解旋酶26。	暂无已核实直接文献
`At5g08620`	DEAD-box ATP依赖性RNA解旋酶25。	暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os06g0526600`	DEAD-box ATP依赖的RNA解旋酶31。	暂无已核实直接文献
`Os01g0618400`	DEAD-box ATP依赖性RNA解旋酶25。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_010773 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0009409 response to cold 生物过程

GO:0009414 response to water deprivation 生物过程

GO:0009651 response to salt stress 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005739 mitochondrion 细胞组分

GO:0009507 chloroplast 细胞组分

GO:0003723 RNA binding 分子功能

GO:0003724 RNA helicase activity 分子功能

GO:0003729 mRNA binding 分子功能

GO:0005524 ATP binding 分子功能

GO:0016887 ATP hydrolysis activity 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT5G08610

ath:AT5G08620

ath:AT5G63630

dosa:Os01g0618400

dosa:Os06g0526600

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

质体0.609

排名 1 · TkA03G556130 · TK1151

线粒体0.251

排名 2 · TkA03G556130 · TK1151

细胞核0.103

排名 3 · TkA03G556130 · TK1151

细胞质0.027

排名 4 · TkA03G556130 · TK1151

细胞膜0.010

排名 5 · TkA03G556130 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF02724CDC45254-308 aa

PF10446DUF2457257-311 aa

PF05642Sporozoite_P67261-363 aa

PF05764YL1267-307 aa

PF00270DEAD356-533 aa

PF04851ResIII367-527 aa

PF00271Helicase_C410-466 aa

PF00271Helicase_C513-542 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA03G556130	`PF02724`	CDC45	254	308	0.12	11.3
TkA03G556130	`PF10446`	DUF2457	257	311	0.19	11.6
TkA03G556130	`PF05642`	Sporozoite_P67	261	363	0.00047	19.1
TkA03G556130	`PF05764`	YL1	267	307	6.3	7.6
TkA03G556130	`PF00270`	DEAD	356	533	8.7e-45	153.2
TkA03G556130	`PF04851`	ResIII	367	527	4.1e-08	34.0
TkA03G556130	`PF00271`	Helicase_C	410	466	9e-24	84.6
TkA03G556130	`PF00271`	Helicase_C	513	542	9e-24	84.6
TkA03G556130	`PF16203`	ERCC3_RAD25_C	570	685	0.0016	18.5
TkA03G556130	`PF00271`	Helicase_C	579	684	9e-24	84.6
TkA03G556130	`PF22590`	Cas3-like_C_2	593	683	0.11	13.5

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9FFQ1`	拟南芥	sp\|Q9FFQ1\|RH31_ARATH DEAD-box ATP-dependent RNA helicase 31	78.900%	Swiss-Prot	中等置信
`Q9FNM7`	拟南芥	sp\|Q9FNM7\|RH26_ARATH DEAD-box ATP-dependent RNA helicase 26	78.200%	Swiss-Prot	中等置信
`Q94C75`	拟南芥	sp\|Q94C75\|RH25_ARATH DEAD-box ATP-dependent RNA helicase 25	75.700%	Swiss-Prot	中等置信
`Q0DBU5`	水稻	sp\|Q0DBU5\|RH31_ORYSJ DEAD-box ATP-dependent RNA helicase 31	74.400%	Swiss-Prot	中等置信
`Q5ZBH5`	水稻	sp\|Q5ZBH5\|RH25_ORYSJ DEAD-box ATP-dependent RNA helicase 25	72.300%	Swiss-Prot	中等置信

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