TkA03G555210 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA03G555210

当前版本: TK1151 染色体: Chr03 坐标: 140572342-140577254 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1922 bp · TkA03G555210|TK1151|cDNA

CAACGGTGTCGTACGCCTACTTTGCTCTAAATAACTAAACCAACAGAACTACAGAAGGCGCAAATCTGCGTTTTCAAAATCCCAAACCCCAAATGATGTAACTAAAGCCCTTAACAACAAGAGTACATCATCTGCCATCAATAAATCTGGAGATTTTTCAGTTTATAGAAGAAAATGGTGAATGTATCAGGTTCGATCGCTTCTTGTTCGAAGGATGATCAAAAAATCTATCAAAAATGGTTCGACTATGTGGATTCAGA...

CDS

下载 CDS FASTA

1620 bp · TkA03G555210|TK1151|CDS

ATGGTGAATGTATCAGGTTCGATCGCTTCTTGTTCGAAGGATGATCAAAAAATCTATCAAAAATGGTTCGACTATGTGGATTCAGACGGTGATGGTCGGATAACAGGAGATGACGCGACGAAGTTTTTTGCCATGTCGAATATTGAAAAAGCTGAACTTAAACAGATTTGGACAATTGCAGATTCCAAGCGTCAAGGGTTTTTAGGTTTTAAAGAGTTCATCACTGCTATGCAGTTGATCTTTTTGGCTCAAACAGGACA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

539 aa · TkA03G555210|TK1151|PROTEIN

MVNVSGSIASCSKDDQKIYQKWFDYVDSDGDGRITGDDATKFFAMSNIEKAELKQIWTIADSKRQGFLGFKEFITAMQLIFLAQTGHEINADLMKSNVDLELLEPPEMEGLDSLLENHSGSLITHIPETNVIMTIDHMSPKPIPFHTPREKVTSIIDGLKVLYNEKLKPLEVAYHFNDFACPLLSDTDFDAKPMVMLLGQYSTGKTTFIKHILKGNYPGAHIGPEPTTDRFIVVMGGPHEITIPGHTIAVHADMPFTALS...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA03G555210`
TK1151 ID	TkA03G555210
OH-1004 ID	LXL04_010914
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	100.000
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA03G555210

位置 Chr03:140572342-140577254 (+)

描述 Similar to EHD1: EH domain-containing protein 1

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At3g20290`	参与胞吞正向调节。	AtEHDs, novel Arabidopsis EH-domain-containing proteins involved in endocytosis.2008 · DOI: 10.1111/j.1365-313x.2008.03571.x EHD1 functions in endosomal recycling and confers salt tolerance.2013 · DOI: 10.1371/journal.pone.0054533
`At4g05520`	参与内吞作用的负调控，可能通过影响肌动蛋白组织。	AtEHDs, novel Arabidopsis EH-domain-containing proteins involved in endocytosis.2008 · DOI: 10.1111/j.1365-313x.2008.03571.x The coiled-coil domain of EHD2 mediates inhibition of LeEix2 endocytosis and signaling.2009 · DOI: 10.1371/journal.pone.0007973

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_010914 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006886 intracellular protein transport 生物过程

GO:0006897 endocytosis 生物过程

GO:0010886 positive regulation of cholesterol storage 生物过程

GO:0016197 endosomal transport 生物过程

GO:0032456 endocytic recycling 生物过程

GO:0032956 regulation of actin cytoskeleton organization 生物过程

GO:0034383 low-density lipoprotein particle clearance 生物过程

GO:0042538 hyperosmotic salinity response 生物过程

GO:0042632 cholesterol homeostasis 生物过程

GO:0051260 protein homooligomerization 生物过程

GO:0060271 cilium assembly 生物过程

GO:0061512 protein localization to cilium 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT3G20290

ath:AT4G05520

mmu:13660

pon:100172373

rno:293692

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.635

排名 1 · TkA03G555210 · TK1151

细胞膜0.241

排名 2 · TkA03G555210 · TK1151

细胞核0.195

排名 3 · TkA03G555210 · TK1151

高尔基体0.083

排名 4 · TkA03G555210 · TK1151

溶酶体／液泡0.078

排名 5 · TkA03G555210 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF12763EH14-89 aa

PF13499EF-hand_716-78 aa

PF00036EF-hand_120-43 aa

PF13405EF-hand_620-43 aa

PF13202EF-hand_520-35 aa

PF13833EF-hand_823-37 aa

PF10662PduV-EutP45-68 aa

PF13202EF-hand_548-56 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA03G555210	`PF12763`	EH	14	89	3.8e-13	50.0
TkA03G555210	`PF13499`	EF-hand_7	16	78	9.3e-08	33.0
TkA03G555210	`PF00036`	EF-hand_1	20	43	2.3e-07	30.6
TkA03G555210	`PF13405`	EF-hand_6	20	43	3.7e-05	23.8
TkA03G555210	`PF13202`	EF-hand_5	20	35	0.038	14.2
TkA03G555210	`PF13833`	EF-hand_8	23	37	0.5	10.9
TkA03G555210	`PF10662`	PduV-EutP	45	68	0.077	13.5
TkA03G555210	`PF13202`	EF-hand_5	48	56	0.038	14.2
TkA03G555210	`PF13833`	EF-hand_8	48	78	0.5	10.9
TkA03G555210	`PF00036`	EF-hand_1	52	78	2.3e-07	30.6
TkA03G555210	`PF13405`	EF-hand_6	52	78	3.7e-05	23.8
TkA03G555210	`PF16880`	EHD_N	158	190	2.7e-13	50.3
TkA03G555210	`PF02367`	TsaE	191	215	0.11	13.2
TkA03G555210	`PF19993`	DO-GTPase2	194	209	0.32	11.3
TkA03G555210	`PF00350`	Dynamin_N	195	355	1.1e-13	52.3
TkA03G555210	`PF01926`	MMR_HSR1	195	354	5.7e-07	30.4

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q94CF0`	拟南芥	sp\|Q94CF0\|EHD1_ARATH EH domain-containing protein 1	69.300%	Swiss-Prot	高置信
`B3LF48`	拟南芥	sp\|B3LF48\|EHD2_ARATH EH domain-containing protein 2	66.700%	Swiss-Prot	高置信

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