TkA03G544930 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA03G544930

当前版本: TK1151 染色体: Chr03 坐标: 137456652-137462585 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1764 bp · TkA03G544930|TK1151|cDNA

ACCAAATTTCGACTTTTTATTATGGTCTCGCCTAAGTATATACAATTAGATAATATAGACTAATGGAGCAAATATGCATTCAGCGTCCTAGTTTGCATCTGTAGCCGACAGACGTTAGAGGGGTGTCTTTGTAGGGAGACACTATGGGACATTGGCGTATCAACCCATACAATAAAACTTCACTTTGAGTCGAGCTTAATTAGAGCAACTCAAGAATCTTCGATCGGGGTTAAGATTGAATAATAGCTAGTGTACGAGGA...

CDS

下载 CDS FASTA

1074 bp · TkA03G544930|TK1151|CDS

ATGGGGAGTTCACCTGAGACGGAACATCCTGTGAAAGCCTTGGGCTACGCCGCTAGAGACACATCTGGCGTACTCTCCCCCATTAACTTCTCCCGGAGGGAAACGGGAGATGAAGACGTAAGGTTCAAAGTCTTGTACTGCGGAATCTGTCACACTGATCTTCACTTTATAAAAAATGAATGGAACAACACCAAATACCCCGTGATCCCAGGCCATGAGATTGTGGGTGTGGTAACTGAAATCGGCAAGAAAGTCAATAA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

357 aa · TkA03G544930|TK1151|PROTEIN

MGSSPETEHPVKALGYAARDTSGVLSPINFSRRETGDEDVRFKVLYCGICHTDLHFIKNEWNNTKYPVIPGHEIVGVVTEIGKKVNKVKVGDKVGVGCIVGSCHSCDQCGSNQEQFCPKMVSTYNDSTTVTYGGYSDHMVANEHFIITWPKDYPLDGGAPLLCAGITVYSPIRYYGLDKPDMNVGVVGLGGLGHVAVKFLKALGVKVTVISTSPKKKEEAVNNFGADSFLVSRDQEQMAGGVGSLDGIIDTVSADHPLVP...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA03G544930`
TK1151 ID	TkA03G544930
OH-1004 ID	LXL04_010723
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	91.000
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 99.720 / OH-1004 99.720 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID	`TkA03G544930`
位置	Chr03:137456652-137462585 (+)
描述	Similar to CAD: Probable mannitol dehydrogenase
拟南芥 / 水稻参考基因与文献	下载当前基因文献拟南芥当前来源表未检出该物种的同源命中。水稻当前来源表未检出该物种的同源命中。
功能注释来源	查看注释来源功能注释来源：OH1004 · `LXL04_010723` · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。
GO 注释（OH1004 来源）	GO:0009809 lignin biosynthetic process 生物过程 GO:0009820 alkaloid metabolic process 生物过程 GO:0005737 cytoplasm 细胞组分 GO:0008270 zinc ion binding 分子功能 GO:0016616 oxidoreductase activity, acting on the CH-OH group of donors, NAD or NADP as acceptor 分子功能 GO:0045551 cinnamyl-alcohol dehydrogenase activity 分子功能 GO:0046029 mannitol dehydrogenase activity 分子功能 GO:0047924 geraniol dehydrogenase activity 分子功能 GO:0050624 vomilenine reductase activity 分子功能
KEGG 基因交叉引用	暂无功能描述

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.730

排名 1 · TkA03G544930 · TK1151

细胞核0.275

排名 2 · TkA03G544930 · TK1151

线粒体0.104

排名 3 · TkA03G544930 · TK1151

过氧化物酶体0.071

排名 4 · TkA03G544930 · TK1151

细胞膜0.060

排名 5 · TkA03G544930 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF08240ADH_N36-150 aa

PF00070Pyr_redox71-94 aa

PF21799MurD-like_N119-149 aa

PF028262-Hacid_dh_C174-222 aa

PF01488Shikimate_DH181-259 aa

PF02629CoA_binding181-216 aa

PF00899ThiF182-206 aa

PF01262AlaDh_PNT_C183-253 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA03G544930	`PF08240`	ADH_N	36	150	1.2e-25	90.5
TkA03G544930	`PF00070`	Pyr_redox	71	94	0.075	14.3
TkA03G544930	`PF21799`	MurD-like_N	119	149	0.021	15.8
TkA03G544930	`PF02826`	2-Hacid_dh_C	174	222	2.3e-05	24.5
TkA03G544930	`PF01488`	Shikimate_DH	181	259	0.015	16.1
TkA03G544930	`PF02629`	CoA_binding	181	216	0.77	11.3
TkA03G544930	`PF00899`	ThiF	182	206	0.073	12.9
TkA03G544930	`PF01262`	AlaDh_PNT_C	183	253	0.00021	21.5
TkA03G544930	`PF03446`	NAD_binding_2	183	255	0.015	16.1
TkA03G544930	`PF21799`	MurD-like_N	183	216	0.021	15.8
TkA03G544930	`PF22660`	RS_preATP-grasp-like	183	222	0.11	13.6
TkA03G544930	`PF02737`	3HCDH_N	183	225	0.12	13.0
TkA03G544930	`PF00070`	Pyr_redox	184	215	0.075	14.3
TkA03G544930	`PF16912`	Glu_dehyd_C	185	279	0.0025	18.0
TkA03G544930	`PF02254`	TrkA_N	186	224	0.077	14.0
TkA03G544930	`PF00107`	ADH_zinc_N	191	314	1.3e-20	74.4

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

没有找到该查询的结果。

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