TkA03G543190 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA03G543190

当前版本: TK1151 染色体: Chr03 坐标: 136958266-136961424 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2307 bp · TkA03G543190|TK1151|cDNA

CTTGTAAGATGATTAAATTTGGTATGATAAATTATAAGTATTAACATTGATTTCCCTAAGATCACATGAAGATGCAAATATGGACATTTGCTTAAGAAACGCTTCTCCGACGTCCTCTCTCCCACTGTCTCCCCTTTCACACTCACCTCACACACTGAATCTACTCACAAATCTATGATCAGATCTTGATTCTACACTTCCCAATCTCCAACCTCTACTCTTCACAATCCTCTCAAAATCAATGGGGCATATCAATCTCA...

CDS

下载 CDS FASTA

1809 bp · TkA03G543190|TK1151|CDS

ATGGGGCATATCAATCTCACTTCACCCAAGCAACGCAACAATCCCACCCGAAAATGGCAACTTCTCGACTTCGTATCCATGGTATTCTTCGCCATCGTTGTCCTGTTCTTTCTCCTCATATTCACTCCTCTTGGCGACTCTCTTGCGGCTTCTGGGAGCCAAGCTTTGATCCGGTCCAGTACCGCCGATCCGAAGCAACGCCACCGACTCATTGCTCTGGTTGAAGCCGGCAAACATCCGGAGATTGAATCATGCCCTGC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

602 aa · TkA03G543190|TK1151|PROTEIN

MGHINLTSPKQRNNPTRKWQLLDFVSMVFFAIVVLFFLLIFTPLGDSLAASGSQALIRSSTADPKQRHRLIALVEAGKHPEIESCPADTVDYMPCEDPTRNSQLSREMNFYRERHCPSPDETPLCLIPAPQGYHVPIQWPESLHKIWHENMPYNKIADRKGHQGWMKKDGPYFIFPGGGTMFPDGATQYIAKLKQYIPISGGTLRTALDMGCGVASFGGHLLEEGILTLSFAPRDSHKSQIQFALERGIPSFVLMLGTRR...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA03G543190`
TK1151 ID	TkA03G543190
OH-1004 ID	LXL04_010683
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	94.900
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA03G543190

位置 Chr03:136958266-136961424 (+)

描述 Similar to At4g00740: Probable methyltransferase PMT13

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At4g00740`	S-腺苷-L-甲硫氨酸依赖性甲基转移酶介导果胶高半乳糖醛酸的甲基酯化，从而调节细胞壁生物合成，至少在悬浮培养的细胞中是如此。	QUASIMODO 3 (QUA3) is a putative homogalacturonan methyltransferase regulating cell wall biosynthesis in Arabidopsis suspension-cultured cells.2011 · DOI: 10.1093/jxb/err211
`At1g33170`	可能的甲基转移酶 PMT18。	暂无已核实直接文献
`At4g00750`	可能的甲基转移酶 PMT15。	暂无已核实直接文献
`At4g10440`	可能的甲基转移酶 PMT17。	暂无已核实直接文献
`At1g26850`	可能的甲基转移酶 PMT2。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_010683 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0032259 methylation 生物过程

GO:0042546 cell wall biogenesis 生物过程

GO:0045489 pectin biosynthetic process 生物过程

GO:0052546 cell wall pectin metabolic process 生物过程

GO:0000138 Golgi trans cisterna 细胞组分

GO:0000139 Golgi membrane 细胞组分

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0005739 mitochondrion 细胞组分

GO:0005768 endosome 细胞组分

GO:0005789 endoplasmic reticulum membrane 细胞组分

GO:0005794 Golgi apparatus 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G26850

ath:AT1G33170

ath:AT4G00740

ath:AT4G00750

ath:AT4G10440

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

高尔基体0.789

排名 1 · TkA03G543190 · TK1151

内质网0.076

排名 2 · TkA03G543190 · TK1151

细胞膜0.066

排名 3 · TkA03G543190 · TK1151

细胞外0.063

排名 4 · TkA03G543190 · TK1151

细胞质0.039

排名 5 · TkA03G543190 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF03141Methyltransf_2991-591 aa

PF13489Methyltransf_23201-319 aa

PF13847Methyltransf_31206-319 aa

PF08241Methyltransf_11208-303 aa

PF13649Methyltransf_25208-299 aa

PF08242Methyltransf_12208-301 aa

PF20922Anamorsin_N263-312 aa

PF13489Methyltransf_23502-553 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA03G543190	`PF03141`	Methyltransf_29	91	591	3.8e-206	686.3
TkA03G543190	`PF13489`	Methyltransf_23	201	319	7.2e-05	23.3
TkA03G543190	`PF13847`	Methyltransf_31	206	319	1.6e-06	28.7
TkA03G543190	`PF08241`	Methyltransf_11	208	303	6.7e-10	40.2
TkA03G543190	`PF13649`	Methyltransf_25	208	299	4.8e-06	27.9
TkA03G543190	`PF08242`	Methyltransf_12	208	301	0.011	17.2
TkA03G543190	`PF20922`	Anamorsin_N	263	312	0.0091	16.4
TkA03G543190	`PF13489`	Methyltransf_23	502	553	7.2e-05	23.3
TkA03G543190	`PF13847`	Methyltransf_31	526	554	1.6e-06	28.7
TkA03G543190	`PF08242`	Methyltransf_12	530	547	0.011	17.2
TkA03G543190	`PF08241`	Methyltransf_11	531	550	6.7e-10	40.2
TkA03G543190	`PF13649`	Methyltransf_25	532	546	4.8e-06	27.9
TkA03G543190	`PF20922`	Anamorsin_N	533	552	0.0091	16.4

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q93W95`	拟南芥	sp\|Q93W95\|PMTD_ARATH Probable pectin methyltransferase QUA3	73.900%	Swiss-Prot	高置信
`Q9C884`	拟南芥	sp\|Q9C884\|PMTI_ARATH Probable methyltransferase PMT18	43.900%	Swiss-Prot	中等置信
`Q9ZPH9`	拟南芥	sp\|Q9ZPH9\|PMTF_ARATH Probable methyltransferase PMT15	44.100%	Swiss-Prot	中等置信
`Q9SZX8`	拟南芥	sp\|Q9SZX8\|PMTH_ARATH Probable methyltransferase PMT17	44.000%	Swiss-Prot	中等置信
`B9DFI7`	拟南芥	sp\|B9DFI7\|PMT2_ARATH Probable methyltransferase PMT2	43.300%	Swiss-Prot	中等置信

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