TkA03G539040 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA03G539040

当前版本: TK1151 染色体: Chr03 坐标: 135746977-135748313 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

519 bp · TkA03G539040|TK1151|cDNA

ATGGCTTATTTGCAGGGTTTGAGAAGAGAAGATCCATTGGCAAATGGTGAGAAGAATGATCTCGCGCTTAGAGATGCAGTGCAGGCTGCAAATGTGAGTAACGTCCCAGTTTTGTGTCTGGCAAAAACAGAGGCAGGGAGATTGATCATTGGTACTATCGCTTTGTTGACTGCATGCACATCAAGTATTCTGATTGAAATAGCTTTCTTTGATATTACAAGAACTGGGGAGCTGCTTAGTAGACTTTCTGAAGATACCCA...

CDS

下载 CDS FASTA

519 bp · TkA03G539040|TK1151|CDS

ATGGCTTATTTGCAGGGTTTGAGAAGAGAAGATCCATTGGCAAATGGTGAGAAGAATGATCTCGCGCTTAGAGATGCAGTGCAGGCTGCAAATGTGAGTAACGTCCCAGTTTTGTGTCTGGCAAAAACAGAGGCAGGGAGATTGATCATTGGTACTATCGCTTTGTTGACTGCATGCACATCAAGTATTCTGATTGAAATAGCTTTCTTTGATATTACAAGAACTGGGGAGCTGCTTAGTAGACTTTCTGAAGATACCCA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

172 aa · TkA03G539040|TK1151|PROTEIN

MAYLQGLRREDPLANGEKNDLALRDAVQAANVSNVPVLCLAKTEAGRLIIGTIALLTACTSSILIEIAFFDITRTGELLSRLSEDTQIIKNAATSNVSEILRNLSTAFIGLGFMFATSWKLTLLALVVVPGISIAVREVGRYLREVSHKTQTAAAVVSSIAELTKCSRGENE

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA03G539040`
TK1151 ID	TkA03G539040
OH-1004 ID	LXL04_000796
关系 / 置信度	序列支持，注释或模型存在差异 / 待复核
蛋白一致性 (%)	96.500
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 55.128 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA03G539040

位置 Chr03:135746977-135748313 (-)

描述 Similar to ABCB25: ABC transporter B family member 25

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g39040`	可能涉及内化铝的重新分配。	Arabidopsis ALS1 encodes a root tip and stele localized half type ABC transporter required for root growth in an aluminum toxic environment.2007 · DOI: 10.1007/s00425-006-0452-4

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os03g0755100`	金属转运蛋白参与将铝封存在液泡中，这是铝的细胞解毒所必需的。	A tonoplast-localized half-size ABC transporter is required for internal detoxification of aluminum in rice.2012 · DOI: 10.1111/j.1365-313x.2011.04837.x

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_000796 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006783 heme biosynthetic process 生物过程

GO:0006839 mitochondrial transport 生物过程

GO:0010044 response to aluminum ion 生物过程

GO:0034514 mitochondrial unfolded protein response 生物过程

GO:0055085 transmembrane transport 生物过程

GO:0070455 positive regulation of heme biosynthetic process 生物过程

GO:0090374 oligopeptide export from mitochondrion 生物过程

GO:0140982 detoxification of aluminum ion 生物过程

GO:0170037 export from the mitochondrion 生物过程

GO:1902602 aluminum ion transmembrane transport 生物过程

GO:0000325 plant-type vacuole 细胞组分

GO:0005739 mitochondrion 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT5G39040

dosa:Os03g0755100

hsa:23456

mmu:56199

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

内质网0.266

排名 1 · TkA03G539040 · TK1151

溶酶体／液泡0.227

排名 2 · TkA03G539040 · TK1151

细胞质0.157

排名 3 · TkA03G539040 · TK1151

细胞膜0.157

排名 4 · TkA03G539040 · TK1151

过氧化物酶体0.103

排名 5 · TkA03G539040 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF13978DUF422348-63 aa

PF00664ABC_membrane65-162 aa

PF11073NSs67-136 aa

PF19865DUF6338115-161 aa

PF13978DUF4223128-134 aa

PF13978DUF4223152-167 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA03G539040	`PF13978`	DUF4223	48	63	4.0	8.0
TkA03G539040	`PF00664`	ABC_membrane	65	162	1.2e-21	78.4
TkA03G539040	`PF11073`	NSs	67	136	0.2	11.8
TkA03G539040	`PF19865`	DUF6338	115	161	0.078	13.3
TkA03G539040	`PF13978`	DUF4223	128	134	4.0	8.0
TkA03G539040	`PF13978`	DUF4223	152	167	4.0	8.0

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q0WML0`	拟南芥	sp\|Q0WML0\|AB27B_ARATH ABC transporter B family member 27	44.000%	Swiss-Prot	中等置信
`Q9FNU2`	水稻	sp\|Q9FNU2\|AB25B_ORYSJ ABC transporter B family member 25	82.500%	Swiss-Prot	中等置信

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