TkA03G537390 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA03G537390

当前版本: TK1151 染色体: Chr03 坐标: 135272381-135275576 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

459 bp · TkA03G537390|TK1151|cDNA

ATAGACCATACCTCCATGTCTTAAACCCTCTCAGATTGTAAAAGAACACAAAACCCCCTGCCGAAAATCACAATATCCAACGCGAGTGACAAAGAGAGTAAGAGTTCGATGACAGGGAGTGCTAATCTGCTACAGCTATGGCAACTTCCTTACTCCACGCTGTTGTTCAATCGCACAAAGCTCTGTAAAGGTTTATACCCGTCACCAAGGATGAAAAATTATCCCCTGTGCTTCAGCAAACAGATGCAGACAACCACATA...

CDS

下载 CDS FASTA

1353 bp · TkA03G537390|TK1151|CDS

ATGACAGGGAGTGCTAATCTGCTACAGCTATGGCAACTTCCTTACTCCACGCTGTTGTTCAATCGCACAAAGCTCTGTAAAGGTTTATACCCGTCACCAAGGATGAAAAATTATCCCCTGTGCTTCAGCAAACAGATGCAGACAACCACATATGAAGTTGTGAATGGAAGCTATTTAGAGACACCACATATTAAGCATGAAAACAAAACAAAGGATACAACACCTGAGACACTTGATACAGTTGGTGCCTTCCAAAAGCT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

450 aa · TkA03G537390|TK1151|PROTEIN

MTGSANLLQLWQLPYSTLLFNRTKLCKGLYPSPRMKNYPLCFSKQMQTTTYEVVNGSYLETPHIKHENKTKDTTPETLDTVGAFQKLPMVMPSVDILYSSLRKAKRISPTKGIANAAKREKNKGAKQLDALMKELTLPLRTYKDNFPNKRHLHPYEKSLIELTLGDGNYEEVLGRVDYLRKKVVSVGKEHASLCAQSTSKREAEERLIEGMRKLEEIFQSDGKAVDELMQIAKTLRAMPVVDLEMPTLCLVGAPNVGKSS...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA03G537390`
TK1151 ID	TkA03G537390
OH-1004 ID	LXL04_010620
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)	99.800
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID	`TkA03G537390`
位置	Chr03:135272381-135275576 (+)
描述	Similar to Gtpbp4: Nucleolar GTP-binding protein 1
拟南芥 / 水稻参考基因与文献	下载当前基因文献拟南芥当前来源表未检出该物种的同源命中。水稻当前来源表未检出该物种的同源命中。
功能注释来源	查看注释来源功能注释来源：OH1004 · `LXL04_010620` · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。
GO 注释（OH1004 来源）	GO:0000463 maturation of LSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) 生物过程 GO:0008156 negative regulation of DNA replication 生物过程 GO:0008285 negative regulation of cell population proliferation 生物过程 GO:0010972 negative regulation of G2/M transition of mitotic cell cycle 生物过程 GO:0022408 negative regulation of cell-cell adhesion 生物过程 GO:0030336 negative regulation of cell migration 生物过程 GO:0031397 negative regulation of protein ubiquitination 生物过程 GO:0042254 ribosome biogenesis 生物过程 GO:0042273 ribosomal large subunit biogenesis 生物过程 GO:0050821 protein stabilization 生物过程 GO:0005634 nucleus 细胞组分 GO:0005654 nucleoplasm 细胞组分
KEGG 基因交叉引用	ath:AT1G50920 ecu:ECU05_0800 hsa:23560 mmu:69237 以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

线粒体0.883

排名 1 · TkA03G537390 · TK1151

细胞质0.094

排名 2 · TkA03G537390 · TK1151

细胞核0.079

排名 3 · TkA03G537390 · TK1151

质体0.050

排名 4 · TkA03G537390 · TK1151

细胞膜0.028

排名 5 · TkA03G537390 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF01926MMR_HSR176-83 aa

PF17835NOG1_N84-242 aa

PF10234Cluap1105-216 aa

PF08954Trimer_CC188-228 aa

PF10234Cluap1215-237 aa

PF05621TniB227-270 aa

PF00350Dynamin_N234-341 aa

PF02421FeoB_N247-304 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA03G537390	`PF01926`	MMR_HSR1	76	83	1.5e-16	61.3
TkA03G537390	`PF17835`	NOG1_N	84	242	3.7e-45	154.6
TkA03G537390	`PF10234`	Cluap1	105	216	0.011	15.9
TkA03G537390	`PF08954`	Trimer_CC	188	228	0.062	13.7
TkA03G537390	`PF10234`	Cluap1	215	237	0.011	15.9
TkA03G537390	`PF05621`	TniB	227	270	0.046	13.9
TkA03G537390	`PF00350`	Dynamin_N	234	341	0.11	13.2
TkA03G537390	`PF02421`	FeoB_N	247	304	6.2e-09	36.3
TkA03G537390	`PF01926`	MMR_HSR1	248	346	1.5e-16	61.3
TkA03G537390	`PF05621`	TniB	310	364	0.046	13.9
TkA03G537390	`PF06858`	NOG1	313	369	1.6e-18	66.9

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

没有找到该查询的结果。

JBrowse

在基因组浏览器中查看

基因详情