TkA03G537340 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA03G537340

当前版本: TK1151 染色体: Chr03 坐标: 135263111-135269024 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2225 bp · TkA03G537340|TK1151|cDNA

AATAGCAATATAGGCTTATAGCTAAAAGTAGATTAAGCATTTTAAGATAATACCAAGAAGGGAGAACCTACATGATGCAGCTAAAGGCAGGCCTCTCAGCTTTGGTCACTGGCGGTGCCTCTGAAATCGGTAGAGGTCTTTGCATAGCTCTTGCCCAAAATGGTATATTTGTTACGGTTGTTGATTTTTGTGAGGATAGGGGAGAAGAGGTTGTAGCAATTTCACAAAAAGAAAATCTAAAGTTTCATTCGGGATTAAAA...

CDS

下载 CDS FASTA

1899 bp · TkA03G537340|TK1151|CDS

ATGATGCAGCTAAAGGCAGGCCTCTCAGCTTTGGTCACTGGCGGTGCCTCTGAAATCGGTAGAGGTCTTTGCATAGCTCTTGCCCAAAATGGTATATTTGTTACGGTTGTTGATTTTTGTGAGGATAGGGGAGAAGAGGTTGTAGCAATTTCACAAAAAGAAAATCTAAAGTTTCATTCGGGATTAAAATTCCCATCTGCCATCTTTGTAAGATGCGATCTCAGTAACAAAGGACAAGTGGCTGCAGCATTTAAAAAACA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

632 aa · TkA03G537340|TK1151|PROTEIN

MMQLKAGLSALVTGGASEIGRGLCIALAQNGIFVTVVDFCEDRGEEVVAISQKENLKFHSGLKFPSAIFVRCDLSNKGQVAAAFKKHMDVYGSLDICINCAGISNFVPFHEDQTDGWTHAINMNLLAVIDCTYRAIKILEAEEKPGVVINLGSASGLYPTGTDPIYSATQGGVVMFTRSLSSYKQKGIRVNVLCPEFVQTGMAENLEALFFEGMGGYIAMDTLIQGAFELITDESKAGACLWITHHRGLEYWPTPTEEAK...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA03G537340`
TK1151 ID	TkA03G537340
OH-1004 ID	LXL04_038386
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	76.600
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 99.525 / OH-1004 99.685 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID	`TkA03G537340`
位置	Chr03:135263111-135269024 (-)
描述	Similar to Zadh2: Prostaglandin reductase-3
拟南芥 / 水稻参考基因与文献	下载当前基因文献拟南芥当前来源表未检出该物种的同源命中。水稻当前来源表未检出该物种的同源命中。
功能注释来源	查看注释来源功能注释来源：OH1004 · `LXL04_038386` · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。
GO 注释（OH1004 来源）	GO:0006629 lipid metabolic process 生物过程 GO:0007567 parturition 生物过程 GO:0030728 ovulation 生物过程 GO:0032355 response to estradiol 生物过程 GO:0032496 response to lipopolysaccharide 生物过程 GO:0045471 response to ethanol 生物过程 GO:0045786 negative regulation of cell cycle 生物过程 GO:0070493 thrombin-activated receptor signaling pathway 生物过程 GO:1904707 positive regulation of vascular associated smooth muscle cell proliferation 生物过程 GO:1905344 prostaglandin catabolic process 生物过程 GO:1905828 regulation of prostaglandin catabolic process 生物过程 GO:2001301 lipoxin biosynthetic process 生物过程
KEGG 基因交叉引用	bta:532505 hsa:284273 mmu:15446 mmu:225791 以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.399

排名 1 · TkA03G537340 · TK1151

过氧化物酶体0.290

排名 2 · TkA03G537340 · TK1151

线粒体0.186

排名 3 · TkA03G537340 · TK1151

细胞核0.138

排名 4 · TkA03G537340 · TK1151

质体0.082

排名 5 · TkA03G537340 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00106adh_short10-207 aa

PF01370Epimerase10-172 aa

PF08659KR10-125 aa

PF16363GDP_Man_Dehyd11-87 aa

PF02254TrkA_N15-47 aa

PF13561adh_short_C217-208 aa

PF13602ADH_zinc_N_225-38 aa

PF00107ADH_zinc_N75-102 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA03G537340	`PF00106`	adh_short	10	207	4.3e-41	141.3
TkA03G537340	`PF01370`	Epimerase	10	172	1.1e-06	29.0
TkA03G537340	`PF08659`	KR	10	125	5.4e-05	23.9
TkA03G537340	`PF16363`	GDP_Man_Dehyd	11	87	0.35	11.0
TkA03G537340	`PF02254`	TrkA_N	15	47	0.0011	19.9
TkA03G537340	`PF13561`	adh_short_C2	17	208	1.7e-28	100.5
TkA03G537340	`PF13602`	ADH_zinc_N_2	25	38	2.9e-20	74.2
TkA03G537340	`PF00107`	ADH_zinc_N	75	102	2.6e-24	86.3
TkA03G537340	`PF16363`	GDP_Man_Dehyd	141	167	0.35	11.0
TkA03G537340	`PF16363`	GDP_Man_Dehyd	283	304	0.35	11.0
TkA03G537340	`PF08240`	ADH_N	314	401	5e-09	37.1
TkA03G537340	`PF01370`	Epimerase	415	457	1.1e-06	29.0
TkA03G537340	`PF08659`	KR	422	457	5.4e-05	23.9
TkA03G537340	`PF08240`	ADH_N	423	441	5e-09	37.1
TkA03G537340	`PF02254`	TrkA_N	424	480	0.0011	19.9
TkA03G537340	`PF00106`	adh_short	432	467	4.3e-41	141.3

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

没有找到该查询的结果。

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