TkA03G536510 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA03G536510

当前版本: TK1151 染色体: Chr03 坐标: 135014364-135018769 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

3450 bp · TkA03G536510|TK1151|cDNA

GTGATTTTTTATAAAGGAGGATTTTTTTCACATTACTTTGGAATAAGTTGGGAATTTTGTAGTCGTTGGTAAACTGAATCGCATCGCTAGAACTCACCGTCAGTCCATCGTCTTCTTCATCTTGCTCTACATCATCATGGCGGAAATTTCGAAGCTTTAAACCAAAAAACTCGTCTGCCATGGCTAAACCCCTGTTGAAATCACGCACGATCCTCGAACCTTTTGCACAATTCAACGCATCTTCATCATCAATTCGATCT...

CDS

下载 CDS FASTA

1179 bp · TkA03G536510|TK1151|CDS

ATGAGCTCCAAAGCTCTTGCCATATGGAGAATATTGGCAAGAAACTATTCATCCGGATTTTGGAAGGACCAAACACGGATAAATGAGACAAGAGGGGAAGAAAGTGTAAATATTGTTATATCCGGTAAAGAGACTGAGCAAGAATTCAAGATTCTCAGGATTCTTGAGGAATTATCTGATAAAGATCTCATACTGCAACATCTTGGATGGATTGCAGATATTAACCAGGTGCTTTCTGTTCGCGTATTAACATCTGAAAA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

392 aa · TkA03G536510|TK1151|PROTEIN

MSSKALAIWRILARNYSSGFWKDQTRINETRGEESVNIVISGKETEQEFKILRILEELSDKDLILQHLGWIADINQVLSVRVLTSEKRSHQLPPNDVITAIDTKKTEILQRYLQWLIEEQDSDDPQFHTSYANLLTKSVLETYETESLPSESETGKQSIFQNPVRERLQFFLQSSDLYDPEEVLDLIQDSELWLEKAILYRKLGQETLVLQILAVKLEDSDAAEHYCAEIGRPDAYMQLLDIYLNPTEGKKPMFKAAVRL...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA03G536510`
TK1151 ID	TkA03G536510
OH-1004 ID	LXL04_010596
关系 / 置信度	序列支持，注释或模型存在差异 / 待复核
蛋白一致性 (%)	98.200
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 39.139 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA03G536510

位置 Chr03:135014364-135018769 (-)

描述 Similar to VPS3: Vacuolar sorting protein 3

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g22860`	胚胎发生过程中必需的蛋白质。	Distinct sets of tethering complexes, SNARE complexes, and Rab GTPases mediate membrane fusion at the vacuole in Arabidopsis.2018 · DOI: 10.1073/pnas.1717839115

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_010596 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006355 regulation of DNA-templated transcription 生物过程

GO:0006886 intracellular protein transport 生物过程

GO:0007165 signal transduction 生物过程

GO:0008333 endosome to lysosome transport 生物过程

GO:0010015 root morphogenesis 生物过程

GO:0015031 protein transport 生物过程

GO:0016192 vesicle-mediated transport 生物过程

GO:0034058 endosomal vesicle fusion 生物过程

GO:0035542 regulation of SNARE complex assembly 生物过程

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0005769 early endosome 细胞组分

GO:0010008 endosome membrane 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G22860

bta:514660

dre:565026

hsa:9392

mmu:73122

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.551

排名 1 · TkA03G536510 · TK1151

细胞核0.319

排名 2 · TkA03G536510 · TK1151

溶酶体／液泡0.154

排名 3 · TkA03G536510 · TK1151

高尔基体0.144

排名 4 · TkA03G536510 · TK1151

细胞膜0.111

排名 5 · TkA03G536510 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF28737VPS18_solenoid_2nd50-139 aa

PF23556TPR_Vps4161-274 aa

PF00637Clathrin102-245 aa

PF13431TPR_17119-136 aa

PF13431TPR_17189-206 aa

PF28737VPS18_solenoid_2nd256-310 aa

PF10367zf-Vps39_C327-367 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA03G536510	`PF28737`	VPS18_solenoid_2nd	50	139	0.016	15.8
TkA03G536510	`PF23556`	TPR_Vps41	61	274	0.00013	22.0
TkA03G536510	`PF00637`	Clathrin	102	245	9.3e-09	35.9
TkA03G536510	`PF13431`	TPR_17	119	136	0.079	14.0
TkA03G536510	`PF13431`	TPR_17	189	206	0.079	14.0
TkA03G536510	`PF28737`	VPS18_solenoid_2nd	256	310	0.016	15.8
TkA03G536510	`PF10367`	zf-Vps39_C	327	367	2.5e-17	62.9

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`F4I312`	拟南芥	sp\|F4I312\|VPS3_ARATH Vacuolar sorting protein 3	60.100%	Swiss-Prot	高置信

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