LXL04_010596 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_010596

当前版本: OH-1004 染色体: Chr02 坐标: 149460897-149464820 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

3000 bp · LXL04_010596|LXL04_010596|OH1004|cDNA

ATGGCTAAACCCCTGTTGAAATCACGCACGATCCTCGAACCTTTTGCACAATTCAACGCATCTTCATCATCAATTCGATCTCTAGCTCTCTTTTCCGCCTCACCTTCCGAAACCCTAATATACGTCGGCACTGTCTCCGGTAAACTCCTCTTACTCTCTCTTCATCATCCCAATTCCAATTCCAGTAGTAGCCACAACCAAGAGAATAACAGTAACAATGAGAATAGTGATAACGACGATAAAATCAAATTCGTGCGGCA...

CDS

下载 CDS FASTA

3000 bp · LXL04_010596|LXL04_010596|OH1004|CDS

ATGGCTAAACCCCTGTTGAAATCACGCACGATCCTCGAACCTTTTGCACAATTCAACGCATCTTCATCATCAATTCGATCTCTAGCTCTCTTTTCCGCCTCACCTTCCGAAACCCTAATATACGTCGGCACTGTCTCCGGTAAACTCCTCTTACTCTCTCTTCATCATCCCAATTCCAATTCCAGTAGTAGCCACAACCAAGAGAATAACAGTAACAATGAGAATAGTGATAACGACGATAAAATCAAATTCGTGCGGCA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

999 aa · LXL04_010596|LXL04_010596|OH1004|PROTEIN

MAKPLLKSRTILEPFAQFNASSSSIRSLALFSASPSETLIYVGTVSGKLLLLSLHHPNSNSSSSHNQENNSNNENSDNDDKIKFVRHMSISDRAVESIHVFGEIEKVLVLSDGFIHFIDLELAKPVKKIGALTDVSAVARRLRCNGNEGFTKLTVGGGGDTSSSSSFLQRLGGGGGGGRLNGGNADDLPIDDNCVFAAAVGKKLILVGLVARSNDSYDYDSVAGSLVTMKEIQCVDIVKEVVWINDSIIVGSSSGYYLCS...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_010596`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_010596

位置 Chr02:149460897-149464820 (-)

描述 Similar to VPS3: Vacuolar sorting protein 3

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g22860`	胚胎发生过程中必需的蛋白质。	Distinct sets of tethering complexes, SNARE complexes, and Rab GTPases mediate membrane fusion at the vacuole in Arabidopsis.2018 · DOI: 10.1073/pnas.1717839115

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_010596 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006355 regulation of DNA-templated transcription 生物过程

GO:0006886 intracellular protein transport 生物过程

GO:0007165 signal transduction 生物过程

GO:0008333 endosome to lysosome transport 生物过程

GO:0010015 root morphogenesis 生物过程

GO:0015031 protein transport 生物过程

GO:0016192 vesicle-mediated transport 生物过程

GO:0034058 endosomal vesicle fusion 生物过程

GO:0035542 regulation of SNARE complex assembly 生物过程

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0005769 early endosome 细胞组分

GO:0010008 endosome membrane 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G22860

bta:514660

dre:565026

hsa:9392

mmu:73122

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.416

排名 1 · LXL04_010596 · OH-1004

细胞质0.376

排名 2 · LXL04_010596 · OH-1004

溶酶体／液泡0.126

排名 3 · LXL04_010596 · OH-1004

高尔基体0.117

排名 4 · LXL04_010596 · OH-1004

细胞膜0.114

排名 5 · LXL04_010596 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF10366.16Vps39_1555-632 aa

PF00637.27Clathrin709-852 aa

PF10367.16zf-Vps39_C934-974 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_010596	`PF10366.16`	Vps39_1	555	632	6.3e-07	30.4
LXL04_010596	`PF00637.27`	Clathrin	709	852	6.7e-09	36.4
LXL04_010596	`PF10367.16`	zf-Vps39_C	934	974	7.7e-17	61.3

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`F4I312`	拟南芥	Vacuolar sorting protein 3	56.207%	Swiss-Prot	强数据库同源证据

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