TkA03G536060 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA03G536060

当前版本: TK1151 染色体: Chr03 坐标: 134910161-134916591 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

5032 bp · TkA03G536060|TK1151|cDNA

CAAGACCACAACGCATACGAAGAGTTCTACGATGCGCCACCGACCCATTCGGGCGGATTTATTCGATCTCCTACAAAACCTATCTTTTCACAATTTCACCGGGTTCTGTTACTTTACCATCACCACTCTCCTCTCCCCCCCCTCTCTGTTCCTCTTTCCCCGGTGTCATGGTTTTTCCCCTTCGCTGCACCAATCACTAAACCCTAATTACCCGTCCTCCTTTCTCTCTCTGTCACTTCTGGAAAAAAAAAACGATTCTG...

CDS

下载 CDS FASTA

4551 bp · TkA03G536060|TK1151|CDS

ATGTCCGTCAATCAATCAAAGGGTAATAACAACGAGCCGCAGCAGTACAGAAGATCTGGTCGATCTGTTAACCCCGCCTCGCAGAAGAACTTTTCAGGTGGTGGTGGTGGGAAGGGCGGCGGCGGCGGCAGTACCACCGCCCCTCCCTCCTCTTCGTTTAATTCCGGTAAAAGCTTCAAGAAGGTGGTTAGTAATGCCCAAGGTACACAAACTAGGGTAACCGGTCAGAACCAGAGTGTTAATCCGAGTCCTTCAAATGC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

1516 aa · TkA03G536060|TK1151|PROTEIN

MSVNQSKGNNNEPQQYRRSGRSVNPASQKNFSGGGGGKGGGGGSTTAPPSSSFNSGKSFKKVVSNAQGTQTRVTGQNQSVNPSPSNASTVGRTVQNGAHIQPPLSGTPEATSSVQKSTPGLPKAPQSTAVSSGSTSITGPATPVKGSADASKAFSLQFGSISPGVMNGMQVPARTNSAPPNMDEQKRAQARLESLKPTTYQNPPVPKPRKDASTVDQSNPSEPHPPPKEKRDVIPSTTPIKPSGPPMPSIPNVLMQIPFH...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA03G536060`
TK1151 ID	TkA03G536060
OH-1004 ID	LXL04_010574
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 待复核
蛋白一致性 (%)	96.900
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA03G536060

位置 Chr03:134910161-134916591 (+)

描述 Similar to Os07g0555200: Eukaryotic translation initiation factor 4G

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At3g60240`	蛋白质复合物 eIF4F 的组成部分，参与 mRNA 帽的识别、5' 末端二级结构的 ATP 依赖性解旋以及 mRNA 向核糖体的募集。	The Arabidopsis cucumovirus multiplication 1 and 2 loci encode translation initiation factors 4E and 4G.2004 · DOI: 10.1128/jvi.78.12.6102-6111.2004 Coordinated and selective recruitment of eIF4E and eIF4G factors for potyvirus infection in Arabidopsis thaliana.2007 · DOI: 10.1016/j.febslet.2007.02.007

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os07g0555200`	蛋白质复合物 eIF4F 的组成部分，参与 mRNA 帽的识别、5' 末端二级结构的 ATP 依赖性解旋以及 mRNA 向核糖体的募集。	暂无已核实直接文献
`Os02g0611500`	在病毒感染过程中在sobemovirus（RYMV）的积累中起作用。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_010574 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006413 translational initiation 生物过程

GO:0006417 regulation of translation 生物过程

GO:0016281 eukaryotic translation initiation factor 4F complex 细胞组分

GO:0003729 mRNA binding 分子功能

GO:0003743 translation initiation factor activity 分子功能

KEGG 基因交叉引用

cmo:103496918

dosa:Os07g0555200

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.746

排名 1 · TkA03G536060 · TK1151

细胞核0.213

排名 2 · TkA03G536060 · TK1151

细胞膜0.118

排名 3 · TkA03G536060 · TK1151

高尔基体0.084

排名 4 · TkA03G536060 · TK1151

内质网0.045

排名 5 · TkA03G536060 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF02854MIF4G924-1148 aa

PF02847MA3932-948 aa

PF26751All-alpha_MIP21090-1138 aa

PF02847MA31335-1442 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA03G536060	`PF02854`	MIF4G	924	1148	7.9e-53	179.9
TkA03G536060	`PF02847`	MA3	932	948	1.9e-14	54.3
TkA03G536060	`PF26751`	All-alpha_MIP2	1090	1138	0.22	11.1
TkA03G536060	`PF02847`	MA3	1335	1442	1.9e-14	54.3

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q76E23`	拟南芥	sp\|Q76E23\|IF4G_ARATH Eukaryotic translation initiation factor 4G	52.700%	Swiss-Prot	中等置信
`B9FXV5`	水稻	sp\|B9FXV5\|IF4G_ORYSJ Eukaryotic translation initiation factor 4G	55.600%	Swiss-Prot	中等置信
`Q6K641`	水稻	sp\|Q6K641\|IF4G2_ORYSJ Eukaryotic translation initiation factor isoform 4G-2	32.700%	Swiss-Prot	低置信

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