TkA03G534360 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA03G534360

当前版本: TK1151 染色体: Chr03 坐标: 134406115-134408225 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1750 bp · TkA03G534360|TK1151|cDNA

TTTATATCTTCACTTCCAGTCCCCTACTCTCAACCTACCTCCTTCCCTCCCTCCCTCTCTCTCAATAGCAATTGCTTTCTGGTTATTTGGTGATTTCTGATTCTATATGTCCTCAAATTCTCATTCTATCGCCAGATTTTGAATTTATCTTCGTGTTGTTATCATCAATACTTCAAGTTTTCAATTTTTTCCAACACATAAAGCTAACAAGTTTTTCCAAATTCTCTCTCTAGAGGAAATGCTAGATAATTCAGATATGT...

CDS

下载 CDS FASTA

1245 bp · TkA03G534360|TK1151|CDS

ATGCTAGATAATTCAGATATGTTTGAAGCAAGTGGTTGCTTTGATCCAAATTCTGTAACTCACCATCAACAAGTTCTTATTGATCATCAAGGTGACAGTTTCCATCAAATGCCCAATTTCTCCTCCATTGAAGCACCTGCAGATCAGCTTCATCACCAACATCTCATGAACATGGACATGGATCACCAAAACCACCAACAAATCAATTGGTCTCATAATCCTCATGATCAGATACTTATGGGGAATGATAACAATTGTTT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

414 aa · TkA03G534360|TK1151|PROTEIN

MLDNSDMFEASGCFDPNSVTHHQQVLIDHQGDSFHQMPNFSSIEAPADQLHHQHLMNMDMDHQNHQQINWSHNPHDQILMGNDNNCFPTPTPPDLLNLFQLPRCSSSICFSNPTHIDQNSGQVMYDPLLPHNLPPQPPFFRELLNSLPNGFNLTGCGSIFGEMDMERGEQNQLYHDGDAVLEFGGGIINGKGRDNKDTKHFATEKHRRQQLNGKFEALKGLVPNPTKADRASVVGDAIDYINELKRTVEELKILVERKRC...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA03G534360`
TK1151 ID	TkA03G534360
OH-1004 ID	LXL04_010535
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)	100.000
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA03G534360

位置 Chr03:134406115-134408225 (+)

描述 Similar to BHLH91: Transcription factor bHLH91

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At2g31220`	转录因子 bHLH10。	暂无已核实直接文献
`At2g31210`	转录因子 bHLH91。	暂无已核实直接文献
`At1g06170`	转录因子 bHLH89。	暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os04g0599300`	参与调控雄性生殖发育过程中绒毡层程序性细胞死亡（PCD）及降解的转录因子。	EAT1 promotes tapetal cell death by regulating aspartic proteases during male reproductive development in rice.2013 · DOI: 10.1038/ncomms2396
`Os01g0293100`	转录因子，可结合含E-box的转录因子TDR和EAT1的启动子区域，激活其表达。	The bHLH142 Transcription Factor Coordinates with TDR1 to Modulate the Expression of EAT1 and Regulate Pollen Development in Rice.2014 · DOI: 10.1105/tpc.114.126292

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_010535 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006351 DNA-templated transcription 生物过程

GO:0006355 regulation of DNA-templated transcription 生物过程

GO:0009555 pollen development 生物过程

GO:0043068 positive regulation of programmed cell death 生物过程

GO:0048658 anther wall tapetum development 生物过程

GO:0052543 callose deposition in cell wall 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0003677 DNA binding 分子功能

GO:0003700 DNA-binding transcription factor activity 分子功能

GO:0046983 protein dimerization activity 分子功能

GO:0070888 E-box binding 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G06170

ath:AT2G31210

ath:AT2G31220

dosa:Os01g0293100

dosa:Os04g0599300

osa:4336865

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.977

排名 1 · TkA03G534360 · TK1151

细胞质0.089

排名 2 · TkA03G534360 · TK1151

细胞膜0.026

排名 3 · TkA03G534360 · TK1151

内质网0.021

排名 4 · TkA03G534360 · TK1151

质体0.012

排名 5 · TkA03G534360 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00010HLH198-245 aa

PF23179bHLH_INO2198-232 aa

PF23177bHLH_IRO3202-269 aa

PF23173bHLH_SAC51204-247 aa

PF00010HLH254-261 aa

PF22754bHLH-TF_ACT-like_plant325-365 aa

PF23179bHLH_INO2339-359 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA03G534360	`PF00010`	HLH	198	245	2.1e-11	44.2
TkA03G534360	`PF23179`	bHLH_INO2	198	232	0.028	15.3
TkA03G534360	`PF23177`	bHLH_IRO3	202	269	9.8e-07	29.8
TkA03G534360	`PF23173`	bHLH_SAC51	204	247	0.076	13.7
TkA03G534360	`PF00010`	HLH	254	261	2.1e-11	44.2
TkA03G534360	`PF22754`	bHLH-TF_ACT-like_plant	325	365	0.013	16.3
TkA03G534360	`PF23179`	bHLH_INO2	339	359	0.028	15.3

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q84TK1`	拟南芥	sp\|Q84TK1\|BH010_ARATH Transcription factor bHLH10	45.900%	Swiss-Prot	中等置信
`Q8GX46`	拟南芥	sp\|Q8GX46\|BH091_ARATH Transcription factor bHLH91	42.600%	Swiss-Prot	中等置信
`Q9LND0`	拟南芥	sp\|Q9LND0\|BH089_ARATH Transcription factor bHLH89	41.100%	Swiss-Prot	中等置信
`Q7X8R0`	水稻	sp\|Q7X8R0\|EAT1_ORYSJ Transcription factor EAT1	43.600%	Swiss-Prot	中等置信
`Q5JNS0`	水稻	sp\|Q5JNS0\|TIP2_ORYSJ Transcription factor TIP2	42.100%	Swiss-Prot	低置信

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