TkA03G532270 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA03G532270

当前版本: TK1151 染色体: Chr03 坐标: 133877257-133881124 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2680 bp · TkA03G532270|TK1151|cDNA

GGGATGTAATTGAATTCCTGTGAAGAAGGGCTTCGCTCTTCCACACTCCGATTTCACACAAGCCTCCTTCTCCGATTTCACACAAGCGCTCCTTCTCCGATTTCACCAGGCGACGACCTTGACCTTCTCCGATATCAGCGCTCCTGCCTCCATCGATCCATCGATCGATCCAGCCTCCTTCTCCGATTTCGATTTATGTGCTTGGATTTCTTCTTCCTCACTGCTTGCGACCTCCATATTCGCGACCTCCATAGCTGCTG...

CDS

下载 CDS FASTA

1989 bp · TkA03G532270|TK1151|CDS

ATGTGCTTGGATTTCTTCTTCCTCACTGCTTGCGACCTCCATATTCGCGACCTCCATAGCTGCTGCACTCAGTCGCTTCTTCCTCAGATCCAGAGCAAATTTCCGTGTACCAAGAACTCGAATCCGCAGGGCACTATGGCGTCATCTCCGTCGGTTACTGAAGAGGAAGAAACCTTCAACTCGTCTTCTTCAGTTAAATTTGGTACCTCTGAGGCCCTTGAACACGTCCAACAGCTCACCGATGTTGGAGCGATGACACG...

蛋白

下载蛋白 FASTA

662 aa · TkA03G532270|TK1151|PROTEIN

MCLDFFFLTACDLHIRDLHSCCTQSLLPQIQSKFPCTKNSNPQGTMASSPSVTEEEETFNSSSSVKFGTSEALEHVQQLTDVGAMTRLLHECIAYQRGLDLQLENILSLRPDLDKHLSSLQKSADVLEIVQAESDHMLSNVDSTCILADQVSGKVRELDLAQSRVNETLLRIDAIVERSNCIDGVQKALENEDFESAANYVQTFVQIDAKYKDSGSDQREQLFASKKQLESIVRRRLSAAVDQRDHQTVLRFIRLYSPLS...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA03G532270`
TK1151 ID	TkA03G532270
OH-1004 ID	LXL04_010516
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)	99.200
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 96.375 / OH-1004 81.656 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA03G532270

位置 Chr03:133877257-133881124 (+)

描述 Similar to COG4: Conserved oligomeric Golgi complex subunit 4

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At4g01395`	维持高尔基体正常功能所必需。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_010516 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0000301 retrograde transport, vesicle recycling within Golgi 生物过程

GO:0006890 retrograde vesicle-mediated transport, Golgi to endoplasmic reticulum 生物过程

GO:0007030 Golgi organization 生物过程

GO:0015031 protein transport 生物过程

GO:0000139 Golgi membrane 细胞组分

GO:0005794 Golgi apparatus 细胞组分

GO:0005829 cytosol 细胞组分

GO:0017119 Golgi transport complex 细胞组分

GO:0032588 trans-Golgi network membrane 细胞组分

GO:0042802 identical protein binding 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT4G01395

bta:533007

hsa:25839

mmu:102339

pon:100173259

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.513

排名 1 · TkA03G532270 · TK1151

高尔基体0.486

排名 2 · TkA03G532270 · TK1151

细胞核0.136

排名 3 · TkA03G532270 · TK1151

溶酶体／液泡0.127

排名 4 · TkA03G532270 · TK1151

内质网0.118

排名 5 · TkA03G532270 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF04963Sigma54_CBD69-122 aa

PF20663COG4_N71-94 aa

PF13591MerR_276-90 aa

PF28544Helical_needle99-184 aa

PF13591MerR_2102-128 aa

PF21074GDH_C107-123 aa

PF20663COG4_N117-210 aa

PF08318COG4_m122-159 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA03G532270	`PF04963`	Sigma54_CBD	69	122	0.082	13.4
TkA03G532270	`PF20663`	COG4_N	71	94	4.6e-28	98.1
TkA03G532270	`PF13591`	MerR_2	76	90	0.25	11.9
TkA03G532270	`PF28544`	Helical_needle	99	184	0.001	19.6
TkA03G532270	`PF13591`	MerR_2	102	128	0.25	11.9
TkA03G532270	`PF21074`	GDH_C	107	123	0.064	13.1
TkA03G532270	`PF20663`	COG4_N	117	210	4.6e-28	98.1
TkA03G532270	`PF08318`	COG4_m	122	159	4.5e-75	253.3
TkA03G532270	`PF00286`	Flexi_CP	180	259	0.2	12.1
TkA03G532270	`PF20662`	COG4_C	193	241	4.4e-16	60.0
TkA03G532270	`PF13591`	MerR_2	241	284	0.25	11.9
TkA03G532270	`PF08318`	COG4_m	251	523	4.5e-75	253.3
TkA03G532270	`PF20662`	COG4_C	418	442	4.4e-16	60.0
TkA03G532270	`PF21074`	GDH_C	438	525	0.064	13.1
TkA03G532270	`PF20662`	COG4_C	548	641	4.4e-16	60.0
TkA03G532270	`PF08318`	COG4_m	562	604	4.5e-75	253.3

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q8L838`	拟南芥	sp\|Q8L838\|COG4_ARATH Conserved oligomeric Golgi complex subunit 4	74.300%	Swiss-Prot	高置信

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