TkA03G528330 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA03G528330

当前版本: TK1151 染色体: Chr03 坐标: 132788717-132790579 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

953 bp · TkA03G528330|TK1151|cDNA

TACAATATCACTTTCCCTATAACAACAAGAATCATAAATGAAGACCAACTGAATAATGTGATCATAATCAATATCCAATAATGTCGGCGATGATCGATGAGAATATCCGAATTTGACGTGGGTGTTTATCCATCCATTCGGATTACATCATTACTTTAAATTTACTTGGAGGATACCCAAAAGAACCCATATATTCCATTTGAGTCACCCACCCAAATTCATCCCCTATATTTTTCAATCATTTAACCCAAAACGCAACC...

CDS

下载 CDS FASTA

366 bp · TkA03G528330|TK1151|CDS

ATGGGTAAAGGCAACTTCAAGCAAGAACACGAATTCTCAAAAAGGCACGCTGAGGCTTCAAGGATTAGGGAGAAATACCCCGATAGAATTCCGGTGATTGTGGAAAAGGCTGACAAAAGTGACATTCCTAACATCGACAAAAAGAAGTACCTCGTCCCTGCTGATCTTACCGTAGGGCAGTTTGTCTATGTGATTCGTAAACGGATTAAACTTAGTGCCGAAAAAGCTATTTTTATTTTTGTGGAGAATGTCCTTCCACC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

121 aa · TkA03G528330|TK1151|PROTEIN

MGKGNFKQEHEFSKRHAEASRIREKYPDRIPVIVEKADKSDIPNIDKKKYLVPADLTVGQFVYVIRKRIKLSAEKAIFIFVENVLPPTGAIMSTIYDEKKDEDGFLYVTYSGENTFGSPTQ

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA03G528330`
TK1151 ID	TkA03G528330
OH-1004 ID	LXL04_027071
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	77.100
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 97.521 / OH-1004 85.507 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA03G528330

位置 Chr03:132788717-132790579 (+)

描述 Similar to ATG8CL: Autophagy-related protein 8C-like

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At4g16520`	参与自噬体形成的类泛素修饰物。	暂无已核实直接文献
`At3g60640`	参与自噬体形成的类泛素修饰物。	暂无已核实直接文献
`At2g45170`	参与自噬体形成的类泛素修饰物。	暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`UniProt: A2YS06`	参与自噬体形成的类泛素修饰物。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_027071 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0000045 autophagosome assembly 生物过程

GO:0000423 mitophagy 生物过程

GO:0006914 autophagy 生物过程

GO:0006995 cellular response to nitrogen starvation 生物过程

GO:0015031 protein transport 生物过程

GO:0050832 defense response to fungus 生物过程

GO:0097352 autophagosome maturation 生物过程

GO:0000421 autophagosome membrane 细胞组分

GO:0005856 cytoskeleton 细胞组分

GO:0005874 microtubule 细胞组分

GO:0009705 plant-type vacuole membrane 细胞组分

GO:0031410 cytoplasmic vesicle 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

dosa:Os04g0624000

dosa:Os08g0191600

osa:4337052

sot:102578628

sot:102593150

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.572

排名 1 · TkA03G528330 · TK1151

溶酶体／液泡0.264

排名 2 · TkA03G528330 · TK1151

细胞核0.198

排名 3 · TkA03G528330 · TK1151

高尔基体0.123

排名 4 · TkA03G528330 · TK1151

细胞膜0.101

排名 5 · TkA03G528330 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF02991ATG814-117 aa

PF04110APG1240-117 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA03G528330	`PF02991`	ATG8	14	117	8.7e-51	171.2
TkA03G528330	`PF04110`	APG12	40	117	4.8e-07	30.8

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q8VYK7`	拟南芥	sp\|Q8VYK7\|ATG8F_ARATH Autophagy-related protein 8f	85.500%	Swiss-Prot	高置信
`Q9LZZ9`	拟南芥	sp\|Q9LZZ9\|ATG8G_ARATH Autophagy-related protein 8g	83.900%	Swiss-Prot	高置信
`Q8S926`	拟南芥	sp\|Q8S926\|ATG8E_ARATH Autophagy-related protein 8e	80.700%	Swiss-Prot	高置信
`A2YS06`	水稻	sp\|A2YS06\|ATG8C_ORYSI Autophagy-related protein 8C	80.300%	Swiss-Prot	高置信

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