TkA03G526710 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA03G526710

当前版本: TK1151 染色体: Chr03 坐标: 132209841-132212030 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2071 bp · TkA03G526710|TK1151|cDNA

GGTTTATTCACTTGAAGCTCATGATACTTGCACGTGTACGGTTCGTTTTAAGAACCATACGACGCCGTCGGATGGACCTCGTTCCGTGTAGCAAATATCATTGTTTACTTCTACTAGTGCCGCTCCAAAAGTGCCTCAGGCATGTGCTTTATCCTCTCCAATCGGTGGATCGCCGCCGTGGTCATCGTTCATCCACACGGACATTCCACCGTCATCATCAAACTCAATACTCTTCATCTCAGCTTCGGTCTTTAATACCA...

CDS

下载 CDS FASTA

939 bp · TkA03G526710|TK1151|CDS

ATGGCTGATAACATGAACGATGATATGGTTATGGATCTTGATTTGAACCAAGAGCCATTAGTGGACCTGCCACCACCTCCACCCTTTGGTTACGGTCCTTTGTTAAACGAGCTAGAGACCGCACGCGGTAGGATCGAGGATCGTATTAGGCAACTTGAAGCTGTTACCGCTAGGGCTAGACAGCGCCAGCGTTGGCGACAGGCAAGAAACAATCCGGAATTGAGTTACATGACGGTAATCGAGCCAGAAGTTGTTGCCGG...

蛋白

下载蛋白 FASTA

312 aa · TkA03G526710|TK1151|PROTEIN

MADNMNDDMVMDLDLNQEPLVDLPPPPPFGYGPLLNELETARGRIEDRIRQLEAVTARARQRQRWRQARNNPELSYMTVIEPEVVAGNQNHDVNTVPDVDEIVNTPDVVDERANGERGRNSQRDISQLAKALEMDLDSKKTDNNGGGGDDESGGFFDCNICLEMARDPILTCCGHLFCWSCFYQLSYVDSSAKECPVCKGEVTDSSITPIYGNGKNQPILKLESGVKIPPRPRARRVESIRQQRVIRGISHIPVAEALRR...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA03G526710`
TK1151 ID	TkA03G526710
OH-1004 ID	LXL04_010420
关系 / 置信度	序列支持，注释或模型存在差异 / 待复核
蛋白一致性 (%)	95.700
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 89.744 / OH-1004 51.763 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA03G526710

位置 Chr03:132209841-132212030 (-)

描述 Similar to RMA2: E3 ubiquitin-protein ligase RMA2

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At4g28270`	E3 泛素蛋白连接酶，可促进生长素结合蛋白 ERABP1 的泛素化和蛋白酶体降解。	Characterization of three Arabidopsis homologs of human RING membrane anchor E3 ubiquitin ligase.2009 · DOI: 10.1007/s00299-009-0680-8 In vitro and in vivo interaction of AtRma2 E3 ubiquitin ligase and auxin binding protein 1.2010 · DOI: 10.1016/j.bbrc.2010.02.032
`At4g27470`	E3 泛素蛋白连接酶。	Characterization of three Arabidopsis homologs of human RING membrane anchor E3 ubiquitin ligase.2009 · DOI: 10.1007/s00299-009-0680-8

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_010420 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006511 ubiquitin-dependent protein catabolic process 生物过程

GO:0009617 response to bacterium 生物过程

GO:0010507 negative regulation of autophagy 生物过程

GO:0016567 protein ubiquitination 生物过程

GO:0030163 protein catabolic process 生物过程

GO:0031648 protein destabilization 生物过程

GO:0036503 ERAD pathway 生物过程

GO:0055085 transmembrane transport 生物过程

GO:0070534 protein K63-linked ubiquitination 生物过程

GO:0070936 protein K48-linked ubiquitination 生物过程

GO:0071456 cellular response to hypoxia 生物过程

GO:1904380 endoplasmic reticulum mannose trimming 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT4G27470

ath:AT4G28270

hsa:6048

mmu:54197

rno:407784

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.602

排名 1 · TkA03G526710 · TK1151

细胞质0.380

排名 2 · TkA03G526710 · TK1151

细胞膜0.110

排名 3 · TkA03G526710 · TK1151

内质网0.070

排名 4 · TkA03G526710 · TK1151

溶酶体／液泡0.037

排名 5 · TkA03G526710 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF04641Rtf2132-222 aa

PF05290Baculo_IE-1155-205 aa

PF29536PTR3_N156-201 aa

PF14634zf-RING_5157-199 aa

PF13639zf-RING_2157-199 aa

PF14835zf-RING_6157-199 aa

PF13920zf-C3HC4_3158-204 aa

PF13445zf-RING_UBOX158-196 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA03G526710	`PF04641`	Rtf2	132	222	0.017	15.2
TkA03G526710	`PF05290`	Baculo_IE-1	155	205	0.0026	18.5
TkA03G526710	`PF29536`	PTR3_N	156	201	0.092	13.1
TkA03G526710	`PF14634`	zf-RING_5	157	199	7.4e-09	36.2
TkA03G526710	`PF13639`	zf-RING_2	157	199	7.8e-06	26.8
TkA03G526710	`PF14835`	zf-RING_6	157	199	0.37	11.4
TkA03G526710	`PF13920`	zf-C3HC4_3	158	204	5.4e-08	33.2
TkA03G526710	`PF13445`	zf-RING_UBOX	158	196	1.1e-07	32.4
TkA03G526710	`PF13923`	zf-C3HC4_2	158	198	5.9e-07	29.9
TkA03G526710	`PF00097`	zf-C3HC4	158	198	1.4e-06	28.8
TkA03G526710	`PF14447`	Prok-RING_4	158	205	4e-06	27.3
TkA03G526710	`PF24921`	RING_XB3-XBAT31	158	202	0.00023	21.9
TkA03G526710	`PF21362`	Sina_RING	158	198	0.0004	21.2
TkA03G526710	`PF15227`	zf-C3HC4_4	158	198	0.00099	19.9
TkA03G526710	`PF21363`	TRAF3_RING	167	198	0.52	10.8
TkA03G526710	`PF14570`	zf-RING_4	172	200	4.1	8.0

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`P93030`	拟南芥	sp\|P93030\|RMA2_ARATH E3 ubiquitin-protein ligase RMA2	41.300%	Swiss-Prot	低置信
`Q8GUK7`	拟南芥	sp\|Q8GUK7\|RMA3_ARATH E3 ubiquitin-protein ligase RMA3	52.800%	Swiss-Prot	低置信

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