TkA03G526020 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA03G526020

当前版本: TK1151 染色体: Chr03 坐标: 132062504-132064117 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1014 bp · TkA03G526020|TK1151|cDNA

ATGTATGGTGTTGGTGGTTCTTCGGATGCGATTTCCAGAGATATGAATTCCTTGTTGCATTCGTCTACCTTCAAGCATCCGGCTGACGGTGAGTTTGCGAAGATCAAACAGTTGATTTCGTTGGATCCGTATCCGGATTACGATCAGCAAAGTCAAAATCAAAACCAACAGGAGGATAATCAGAGCTCGTTATTGCGTTATCGGTCGTTCTTTTCGAATCTACTTAACGAGAACGGAGACGAGGAGTTTCCGGATCCTGT...

CDS

下载 CDS FASTA

1014 bp · TkA03G526020|TK1151|CDS

ATGTATGGTGTTGGTGGTTCTTCGGATGCGATTTCCAGAGATATGAATTCCTTGTTGCATTCGTCTACCTTCAAGCATCCGGCTGACGGTGAGTTTGCGAAGATCAAACAGTTGATTTCGTTGGATCCGTATCCGGATTACGATCAGCAAAGTCAAAATCAAAACCAACAGGAGGATAATCAGAGCTCGTTATTGCGTTATCGGTCGTTCTTTTCGAATCTACTTAACGAGAACGGAGACGAGGAGTTTCCGGATCCTGT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

337 aa · TkA03G526020|TK1151|PROTEIN

MYGVGGSSDAISRDMNSLLHSSTFKHPADGEFAKIKQLISLDPYPDYDQQSQNQNQQEDNQSSLLRYRSFFSNLLNENGDEEFPDPVTAASNHEPEERFVKSHHQQQKKSEYDEREFLDFLEYASPSSTAMKQERRESAVMHGCSSRRVTDLSPSNTGSYDYANRTNSSPSSNLIRQSSTPAGFLSSTAENGPSSSSRFLPQIAENENELNDSTFNALKRNRDGGLKISQNGENGNHTPSLLHHISLPKTSSEMAAAENF...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA03G526020`
TK1151 ID	TkA03G526020
OH-1004 ID	LXL04_010408
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 待复核
蛋白一致性 (%)	87.300
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 98.220 / OH-1004 93.564 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA03G526020

位置 Chr03:132062504-132064117 (+)

描述 Similar to BHLH130: Transcription factor bHLH130

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At2g42280`	转录因子 bHLH130。	暂无已核实直接文献
`At1g51140`	转录因子 bHLH122。	暂无已核实直接文献
`At2g43140`	转录因子bHLH129。	暂无已核实直接文献
`At1g35460`	转录因子 bHLH80。	暂无已核实直接文献
`At4g09180`	转录因子 bHLH81。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_010408 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006351 DNA-templated transcription 生物过程

GO:0006355 regulation of DNA-templated transcription 生物过程

GO:0006357 regulation of transcription by RNA polymerase II 生物过程

GO:0006808 regulation of nitrogen utilization 生物过程

GO:0006970 response to osmotic stress 生物过程

GO:0007623 circadian rhythm 生物过程

GO:0009408 response to heat 生物过程

GO:0009409 response to cold 生物过程

GO:0009414 response to water deprivation 生物过程

GO:0009416 response to light stimulus 生物过程

GO:0009737 response to abscisic acid 生物过程

GO:0010119 regulation of stomatal movement 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G35460

ath:AT1G51140

ath:AT2G42280

ath:AT4G09180

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.967

排名 1 · TkA03G526020 · TK1151

细胞质0.128

排名 2 · TkA03G526020 · TK1151

细胞膜0.024

排名 3 · TkA03G526020 · TK1151

内质网0.013

排名 4 · TkA03G526020 · TK1151

质体0.008

排名 5 · TkA03G526020 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF10960Holin_BhlA50-65 aa

PF00010HLH285-330 aa

PF23177bHLH_IRO3285-332 aa

PF23173bHLH_SAC51288-331 aa

PF10960Holin_BhlA289-327 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA03G526020	`PF10960`	Holin_BhlA	50	65	1.7	9.4
TkA03G526020	`PF00010`	HLH	285	330	9.9e-11	42.0
TkA03G526020	`PF23177`	bHLH_IRO3	285	332	0.14	13.2
TkA03G526020	`PF23173`	bHLH_SAC51	288	331	0.028	15.0
TkA03G526020	`PF10960`	Holin_BhlA	289	327	1.7	9.4

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q66GR3`	拟南芥	sp\|Q66GR3\|BH130_ARATH Transcription factor bHLH130	45.800%	Swiss-Prot	低置信
`Q9C690`	拟南芥	sp\|Q9C690\|BH122_ARATH Transcription factor bHLH122	54.000%	Swiss-Prot	低置信
`Q9ZW81`	拟南芥	sp\|Q9ZW81\|BH129_ARATH Transcription factor bHLH129	67.100%	Swiss-Prot	低置信
`Q9C8P8`	拟南芥	sp\|Q9C8P8\|BH080_ARATH Transcription factor bHLH80	81.000%	Swiss-Prot	低置信
`Q9M0R0`	拟南芥	sp\|Q9M0R0\|BH081_ARATH Transcription factor bHLH81	76.600%	Swiss-Prot	低置信

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