TkA03G525450 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA03G525450

当前版本: TK1151 染色体: Chr03 坐标: 131877086-131877889 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

610 bp · TkA03G525450|TK1151|cDNA

CCCGTAAGACTATTAAACTTAAAAACTACAATTCTAAAATACCATTATCGGTTAAAACTAACAGATTTATCAGTTAAATGCCGATGTGTAATAAACTATAGCCACGTGGACATATCAACGTGGACATCCCACACACATCACCTCCCACTTCTCCAGCTATGTTCCTCCCACGCAGTCACCAAGCTCACTGATCTCGACATGTCCGTCAACAAACTCACCGGGAAACTACCGAAACTCGTTTGCCGTCTTCCAAAGCTGCA...

CDS

下载 CDS FASTA

504 bp · TkA03G525450|TK1151|CDS

CCCGTAAGACTATTAAACTTAAAAACTACAATTCTAAAATACCATTATCGGTTAAAACTAACAGATTTATCAGTTAAATGCCGATGTGTAATAAACTATAGCCACGTGGACATATCAACGTGGACATCCCACACACATCACCTCCCACTTCTCCAGCTATGTTCCTCCCACGCAGTCACCAAGCTCACTGATCTCGACATGTCCGTCAACAAACTCACCGGGAAACTACCGAAACTCGTTTGCCGTCTTCCAAAGCTGCA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

167 aa · TkA03G525450|TK1151|PROTEIN

PVRLLNLKTTILKYHYRLKLTDLSVKCRCVINYSHVDISTWTSHTHHLPLLQLCSSHAVTKLTDLDMSVNKLTGKLPKLVCRLPKLQVFPLYNNSLTGDFGSVGEVGDFNHAVAAFSHEQTVGVKFKEQLFKLIHQLENSNPHFIRCIRPNTKQLWNLRKGYRIRTA

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA03G525450`
TK1151 ID	TkA03G525450
OH-1004 ID	LXL04_016682
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 待复核
蛋白一致性 (%)	78.800
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 47.305 / OH-1004 65.574 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA03G525450

位置 Chr03:131877086-131877889 (+)

描述 Similar to BAM1: Leucine-rich repeat receptor-like serine/threonine-protein kinase BAM1

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g54280`	肌球蛋白重链，参与细胞周期调控的各种细胞器和蛋白质的运输，以实现它们的分隔。	暂无已核实直接文献
`At4g27370`	肌球蛋白重链，参与细胞周期调控的各种细胞器和蛋白质的运输，以实现它们的分隔。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_016682 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0002237 response to molecule of bacterial origin 生物过程

GO:0002764 immune response-regulating signaling pathway 生物过程

GO:0009553 embryo sac development 生物过程

GO:0009626 plant-type hypersensitive response 生物过程

GO:0009755 hormone-mediated signaling pathway 生物过程

GO:0009934 regulation of meristem structural organization 生物过程

GO:0010051 xylem and phloem pattern formation 生物过程

GO:0010075 regulation of meristem growth 生物过程

GO:0010103 stomatal complex morphogenesis 生物过程

GO:0010311 lateral root formation 生物过程

GO:0016045 detection of bacterium 生物过程

GO:0030154 cell differentiation 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT3G49670

ath:AT5G20480

ath:AT5G49660

ath:AT5G65700

dosa:Os06g0130100

osa:4340000

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.395

排名 1 · TkA03G525450 · TK1151

细胞质0.377

排名 2 · TkA03G525450 · TK1151

细胞膜0.138

排名 3 · TkA03G525450 · TK1151

线粒体0.128

排名 4 · TkA03G525450 · TK1151

内质网0.105

排名 5 · TkA03G525450 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF06275DUF103117-51 aa

PF23598LRR_1445-138 aa

PF13855LRR_859-96 aa

PF12799LRR_460-96 aa

PF00560LRR_161-83 aa

PF00560LRR_186-99 aa

PF00063Myosin_head116-154 aa

PF06275DUF1031128-139 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA03G525450	`PF06275`	DUF1031	17	51	0.11	13.5
TkA03G525450	`PF23598`	LRR_14	45	138	0.0055	16.2
TkA03G525450	`PF13855`	LRR_8	59	96	0.051	14.0
TkA03G525450	`PF12799`	LRR_4	60	96	0.0061	17.5
TkA03G525450	`PF00560`	LRR_1	61	83	0.0059	17.2
TkA03G525450	`PF00560`	LRR_1	86	99	0.0059	17.2
TkA03G525450	`PF00063`	Myosin_head	116	154	3.6e-10	39.5
TkA03G525450	`PF06275`	DUF1031	128	139	0.11	13.5
TkA03G525450	`PF09280`	XPC-binding	130	157	0.12	12.8
TkA03G525450	`PF12799`	LRR_4	153	159	0.0061	17.5

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`F4K0A6`	拟南芥	sp\|F4K0A6\|MYO2_ARATH Myosin-2	71.800%	Swiss-Prot	低置信
`F4JIU4`	拟南芥	sp\|F4JIU4\|MYO4_ARATH Myosin-4	42.100%	Swiss-Prot	低置信

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