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基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

TkA03G523550
当前版本: TK1151 染色体: Chr03 坐标: 131409459-131411063 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

1284 bp · TkA03G523550|TK1151|cDNA

ATGTTGAACGAAATTGAAACCGGGAGAATCCCTTCTGTACAAGAATTTTATGAATTTTTTGTAAATAAATTGGGGATTGTTGATGCTACGAGTTGCAGAGGTGAACTAGAATTCTTGGAAGAACACATGATGAATCACGAAGACGATATCGAACCTTCAGCTACTATTCTTAGTGGGTTTGTGGCAATGATCAGATACTGTAGATTCTTATTATTCGGATTCGAAGAAGATGAAGTAGAAATCGCAAGAGGACATATAAT...

CDS

下载 CDS FASTA

1284 bp · TkA03G523550|TK1151|CDS

ATGTTGAACGAAATTGAAACCGGGAGAATCCCTTCTGTACAAGAATTTTATGAATTTTTTGTAAATAAATTGGGGATTGTTGATGCTACGAGTTGCAGAGGTGAACTAGAATTCTTGGAAGAACACATGATGAATCACGAAGACGATATCGAACCTTCAGCTACTATTCTTAGTGGGTTTGTGGCAATGATCAGATACTGTAGATTCTTATTATTCGGATTCGAAGAAGATGAAGTAGAAATCGCAAGAGGACATATAAT...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

427 aa · TkA03G523550|TK1151|PROTEIN

MLNEIETGRIPSVQEFYEFFVNKLGIVDATSCRGELEFLEEHMMNHEDDIEPSATILSGFVAMIRYCRFLLFGFEEDEVEIARGHIIKSSKKQGLEANKATIQLLIQELRHGTVSGKGMAAREIRYLAKTGRENRAFIAKSGAIPHLKSLLFSQSVVAQENAVTAMLNLSIYDNNKSLIIEEFGCLRSIVHVLRYGHTVESRENAAATLFSLSAVHDYKKKIAGENGAIEELSALLLEGTPRGKKDAVTALFNLSTHTEI...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDTkA03G523550
TK1151 IDTkA03G523550
OH-1004 IDLXL04_010374
关系 / 置信度跨参考版本对应关系 / 待复核
蛋白一致性 (%)79.400
蛋白覆盖度 (%)TK1151 100.000 / OH-1004 74.167
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本TK1151 / GWHBCHF00000000
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDTkA03G523550
位置Chr03:131409459-131411063 (+)
描述Similar to PUB17: U-box domain-containing protein 17
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At1g29340 充当 E3 泛素连接酶。
The E3 ubiquitin ligase activity of arabidopsis PLANT U-BOX17 and its functional tobacco homolog ACRE276 are required for cell death and defense.2006 · DOI: 10.1105/tpc.105.039198
At1g23030 起E3泛素连接酶的作用。 暂无已核实直接文献
At1g71020 起E3泛素连接酶的作用。 暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
Os02g0234300 在体外具有 E3 泛素蛋白连接酶。 暂无已核实直接文献
功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_010374 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0002237 response to molecule of bacterial origin 生物过程
GO:0007166 cell surface receptor signaling pathway 生物过程
GO:0009609 response to symbiotic bacterium 生物过程
GO:0009610 response to symbiotic fungus 生物过程
GO:0009877 nodulation 生物过程
GO:0016567 protein ubiquitination 生物过程
GO:0036377 arbuscular mycorrhizal association 生物过程
GO:0042742 defense response to bacterium 生物过程
GO:0050777 negative regulation of immune response 生物过程
GO:0098542 defense response to other organism 生物过程
GO:2000028 regulation of photoperiodism, flowering 生物过程
GO:0005634 nucleus 细胞组分
KEGG 基因交叉引用
ath:AT1G29340
ath:AT3G46510
ath:AT5G01830
dosa:Os02g0234300
mtr:11430446
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.500
排名 1 · TkA03G523550 · TK1151
细胞核0.396
排名 2 · TkA03G523550 · TK1151
细胞膜0.180
排名 3 · TkA03G523550 · TK1151
内质网0.060
排名 4 · TkA03G523550 · TK1151
高尔基体0.046
排名 5 · TkA03G523550 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF19825DUF630690-148 aa
PF23628ARM_LIN_C100-169 aa
PF00514Arm102-122 aa
PF25598ARM_PUB110-381 aa
PF24768ARM_ARMC5120-286 aa
PF00514Arm133-170 aa
PF00514Arm174-214 aa
PF24768ARM_ARMC5180-341 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
TkA03G523550PF19825DUF6306901480.1513.0
TkA03G523550PF23628ARM_LIN_C1001690.211.3
TkA03G523550PF00514Arm1021229.9e-2483.3
TkA03G523550PF25598ARM_PUB1103812.8e-2073.7
TkA03G523550PF24768ARM_ARMC51202862.2e-1247.7
TkA03G523550PF00514Arm1331709.9e-2483.3
TkA03G523550PF00514Arm1742149.9e-2483.3
TkA03G523550PF24768ARM_ARMC51803412.2e-1247.7
TkA03G523550PF20168PDS52062590.1810.3
TkA03G523550PF00514Arm2212559.9e-2483.3
TkA03G523550PF23628ARM_LIN_C2582870.211.3
TkA03G523550PF00514Arm2632939.9e-2483.3
TkA03G523550PF20168PDS52723500.1810.3
TkA03G523550PF00514Arm3133379.9e-2483.3

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
Q9C7R6拟南芥sp|Q9C7R6|PUB17_ARATH U-box domain-containing protein 1750.200%Swiss-Prot高置信
Q8GUG9拟南芥sp|Q8GUG9|PUB11_ARATH U-box domain-containing protein 1142.600%Swiss-Prot低置信
Q9C9A6拟南芥sp|Q9C9A6|PUB10_ARATH U-box domain-containing protein 1044.600%Swiss-Prot低置信
Q6EUK7水稻sp|Q6EUK7|PUB04_ORYSJ U-box domain-containing protein 451.700%Swiss-Prot高置信

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