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基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

TkA03G501650
当前版本: TK1151 染色体: Chr03 坐标: 125934673-125938441 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

2531 bp · TkA03G501650|TK1151|cDNA

TTCCGAGTCTTTTGACGTGGTGTATTTCAAATCATCCTATAGTTGAGGGACTAATATCGAAACATATTTCTTTTCATCCCTCACATGGTTTATAATCTCCAAAAACCTGCTCGTTTCTTCTGTGGTTTTAGAGAGAGAAAGCGAAGAGGGATGGATAAAGACAACACAGAGCTTCATTAATGGCTACTTTAAACATGTAAATCAAATCCTTTGCTATTGCAGCAAAGTATGGATCCGAATCAGAAGAGAGCCAAAGCGGT...

CDS

下载 CDS FASTA

1785 bp · TkA03G501650|TK1151|CDS

ATGGATCCGAATCAGAAGAGAGCCAAAGCGGTTGACCGAGTTGACTCGGTTGACACCGGTGTAGCATCGTTCGACTCGACTCGGATGTGCCCGTTCCCGGACGAGGTCCTGGAACGAGTACTGTCGCTGATAGACTCACACAAGGACCGGAGCTCGGTGTCACTGGTTTGCAAAGATTGGTACAACGCCGAGCGCTGGAGCAGGCGCCACGTATTCATCGGTAACTGCTACTCCGTGTCGCCGGAGATTGTGGCCGCTAG...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

594 aa · TkA03G501650|TK1151|PROTEIN

MDPNQKRAKAVDRVDSVDTGVASFDSTRMCPFPDEVLERVLSLIDSHKDRSSVSLVCKDWYNAERWSRRHVFIGNCYSVSPEIVAARFPRIRSVTLKGKPRFSDFNLVPEYWGADVHPWLSVFATAYPFLEELRLKRMAVSDESLEFLATNFQGFKALSLLSCDGFSTDGLKAIATHCKNLTELDIHENGMDDLGGHWLNCFPESLTTLQVLNFASLNSEVSFESLEKLISRNKSLRVLKVNRNISLDQLQKLLLQAPQL...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDTkA03G501650
TK1151 IDTkA03G501650
OH-1004 IDLXL04_010138
关系 / 置信度跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)99.800
蛋白覆盖度 (%)TK1151 100.000 / OH-1004 98.835
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本TK1151 / GWHBCHF00000000
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDTkA03G501650
位置Chr03:125934673-125938441 (-)
描述Similar to TIR1: Protein TRANSPORT INHIBITOR RESPONSE 1
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At3g62980 生长素受体介导 Aux/IAA 蛋白蛋白酶体降解和生长素调节转录。
Identification of an SCF ubiquitin-ligase complex required for auxin response in Arabidopsis thaliana.1999 · DOI: 10.1101/gad.13.13.1678
Five components of the ethylene-response pathway identified in a screen for weak ethylene-insensitive mutants in Arabidopsis.2003 · DOI: 10.1073/pnas.0438070100
The Arabidopsis F-box protein TIR1 is an auxin receptor.2005 · DOI: 10.1038/nature03542
A plant miRNA contributes to antibacterial resistance by repressing auxin signaling.2006 · DOI: 10.1126/science.1126088
Small-molecule agonists and antagonists of F-box protein-substrate interactions in auxin perception and signaling.2008 · DOI: 10.1073/pnas.0711146105
The TIR1 protein of Arabidopsis functions in auxin response and is related to human SKP2 and yeast grr1p.1998 · DOI: 10.1101/gad.12.2.198
At1g12820 赋予对毒力细菌病原体 P.syringae 的敏感性（通过相似性）。 暂无已核实直接文献
At3g26810 SCF(ASK-cullin-F-box) E3 泛素连接酶复合物的组成部分，可能介导靶蛋白的泛素化和随后的蛋白酶体降解。
A plant miRNA contributes to antibacterial resistance by repressing auxin signaling.2006 · DOI: 10.1126/science.1126088
At4g03190 SCF E3 泛素连接酶复合物的组成部分，可能介导靶蛋白的泛素化和随后的蛋白酶体降解。
Cloning by pathway activation in yeast: identification of an Arabidopsis thaliana F-box protein that can turn on glucose repression.2002 · DOI: 10.1023/a:1014440531842

水稻

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
Os04g0395600 类运输抑制因子响应蛋白 Os04g0395600。 暂无已核实直接文献
功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_010138 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0006511 ubiquitin-dependent protein catabolic process 生物过程
GO:0006952 defense response 生物过程
GO:0009733 response to auxin 生物过程
GO:0009734 auxin-activated signaling pathway 生物过程
GO:0009873 ethylene-activated signaling pathway 生物过程
GO:0010152 pollen maturation 生物过程
GO:0010311 lateral root formation 生物过程
GO:0016036 cellular response to phosphate starvation 生物过程
GO:0016567 protein ubiquitination 生物过程
GO:0031146 SCF-dependent proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process 生物过程
GO:0045014 carbon catabolite repression of transcription by glucose 生物过程
GO:0048443 stamen development 生物过程
KEGG 基因交叉引用
ath:AT1G12820
ath:AT3G26810
ath:AT3G62980
ath:AT4G03190
dosa:Os04g0395600
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.676
排名 1 · TkA03G501650 · TK1151
细胞质0.215
排名 2 · TkA03G501650 · TK1151
线粒体0.070
排名 3 · TkA03G501650 · TK1151
细胞膜0.051
排名 4 · TkA03G501650 · TK1151
质体0.035
排名 5 · TkA03G501650 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF18511F-box_531-70 aa
PF00646F-box32-69 aa
PF29466F-box_COS11132-63 aa
PF12937F-box-like33-62 aa
PF18791Transp_inhibit89-135 aa
PF24758LRR_At5g56370124-166 aa
PF13516LRR_6129-149 aa
PF29594LRR_SKP2130-263 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
TkA03G501650PF18511F-box_531704.8e-2071.5
TkA03G501650PF00646F-box32690.008816.7
TkA03G501650PF29466F-box_COS11132630.1213.7
TkA03G501650PF12937F-box-like33620.0001422.3
TkA03G501650PF18791Transp_inhibit891352.2e-2485.4
TkA03G501650PF24758LRR_At5g563701241661.7e-0731.9
TkA03G501650PF13516LRR_61291490.0007320.1
TkA03G501650PF29594LRR_SKP21302631.5e-1351.3
TkA03G501650PF12799LRR_41301653.7e-0834.1
TkA03G501650PF25372LRR_FBXL151324281.4e-0627.7
TkA03G501650PF13516LRR_61561750.0007320.1
TkA03G501650PF18791Transp_inhibit1711842.2e-2485.4
TkA03G501650PF28505DUF1699_N1731890.1712.3
TkA03G501650PF13516LRR_61771960.0007320.1
TkA03G501650PF12799LRR_41792163.7e-0834.1
TkA03G501650PF13516LRR_62062150.0007320.1

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
Q570C0拟南芥sp|Q570C0|TIR1_ARATH Protein TRANSPORT INHIBITOR RESPONSE 156.600%Swiss-Prot高置信
Q9LPW7拟南芥sp|Q9LPW7|AFB3_ARATH Protein AUXIN SIGNALING F-BOX 353.500%Swiss-Prot高置信
Q9LW29拟南芥sp|Q9LW29|AFB2_ARATH Protein AUXIN SIGNALING F-BOX 252.800%Swiss-Prot高置信
Q9ZR12拟南芥sp|Q9ZR12|GRH1_ARATH GRR1-like protein 152.600%Swiss-Prot高置信
Q7XVM8水稻sp|Q7XVM8|TIR1B_ORYSJ Transport inhibitor response 1-like protein Os04g039560054.700%Swiss-Prot高置信

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