TkA03G499580 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA03G499580

当前版本: TK1151 染色体: Chr03 坐标: 125405396-125408388 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2123 bp · TkA03G499580|TK1151|cDNA

TACAATCTTTGTGTTCTTTCATATACCACTATATATATAACACACTTACACAAGTCTATGCCAGTCATCCTATTGTAAACGTATAGCTTAAGCAAAAATTCTAAACCCCCACATATATATATGGCAGAAGATTTTCAGGCAGCCGTATGCGGCGGTGGAAACTGGTGGATGTCACCAAGAACTAACTTCAGCCGCTCATGGTGTTCATCGGTTTTAACGGACATGGATAACTTCGGGCCCTGTTGGTCAAAAGATCTGAT...

CDS

下载 CDS FASTA

918 bp · TkA03G499580|TK1151|CDS

ATGAGGGTACAAGAAGAGCTGAACAACTTTCCAGCCAACGGTGATGACGATTCAACGGCGGTGACAGAAGCTGATCATCAACATCAAGATTTCAGTATGGACCAACAACAATCATTTAATTACGTCACCCCCTCCACTGACGGCACCACCTTTCCCGTTACTTCAAGTACTTCATATACCTTGTTACAATCTTTCTTGGATGATAACTCGCCGCCACCACCGCCGCTGCCACCACTGCAACCGCCGCACCAACAACCCGC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

305 aa · TkA03G499580|TK1151|PROTEIN

MRVQEELNNFPANGDDDSTAVTEADHQHQDFSMDQQQSFNYVTPSTDGTTFPVTSSTSYTLLQSFLDDNSPPPPPLPPLQPPHQQPAYDFQPNSNDNLNFIPKQHVPGNLHLNNNNPFWNASGPSLDDNISSYFSSLSSQYLQSAYKENESRPNVTVKPNHQEIRDSGSSVKKSSGELPLKRPRLETPSPLPTFKVRKEKLGDRITALQQLVSPFGKTDTASVLHEAIEYIKLLHDQVNILSAPYIKNGATTQRQQIDDK...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA03G499580`
TK1151 ID	TkA03G499580
OH-1004 ID	LXL04_010118
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Probable
蛋白一致性 (%)	99.000
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 76.441 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA03G499580

位置 Chr03:125405396-125408388 (+)

描述 Similar to BHLH112: Transcription factor bHLH112

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g61660`	转录因子 bHLH112。	暂无已核实直接文献
`At3g20640`	转录因子 bHLH123。	暂无已核实直接文献
`At4g21340`	转录因子 bHLH103。	暂无已核实直接文献
`At4g05170`	转录因子bHLH114。	暂无已核实直接文献
`At1g27660`	转录因子 bHLH110。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_010118 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006351 DNA-templated transcription 生物过程

GO:0006357 regulation of transcription by RNA polymerase II 生物过程

GO:0042631 cellular response to water deprivation 生物过程

GO:0045893 positive regulation of DNA-templated transcription 生物过程

GO:0071215 cellular response to abscisic acid stimulus 生物过程

GO:0071472 cellular response to salt stress 生物过程

GO:2000214 regulation of L-proline metabolic process 生物过程

GO:2000377 regulation of reactive oxygen species metabolic process 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0000978 RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding 分子功能

GO:0000981 DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific 分子功能

GO:0003700 DNA-binding transcription factor activity 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G27660

ath:AT1G61660

ath:AT3G20640

ath:AT4G05170

ath:AT4G21340

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.979

排名 1 · TkA03G499580 · TK1151

细胞质0.077

排名 2 · TkA03G499580 · TK1151

细胞膜0.025

排名 3 · TkA03G499580 · TK1151

内质网0.022

排名 4 · TkA03G499580 · TK1151

质体0.011

排名 5 · TkA03G499580 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF04281Tom2220-32 aa

PF00010HLH128-140 aa

PF23177bHLH_IRO3157-172 aa

PF04281Tom22193-232 aa

PF23177bHLH_IRO3195-272 aa

PF23173bHLH_SAC51196-238 aa

PF00010HLH197-234 aa

PF04281Tom22255-263 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA03G499580	`PF04281`	Tom22	20	32	0.07	13.7
TkA03G499580	`PF00010`	HLH	128	140	0.0013	19.2
TkA03G499580	`PF23177`	bHLH_IRO3	157	172	0.0013	19.7
TkA03G499580	`PF04281`	Tom22	193	232	0.07	13.7
TkA03G499580	`PF23177`	bHLH_IRO3	195	272	0.0013	19.7
TkA03G499580	`PF23173`	bHLH_SAC51	196	238	0.0023	18.5
TkA03G499580	`PF00010`	HLH	197	234	0.0013	19.2
TkA03G499580	`PF04281`	Tom22	255	263	0.07	13.7
TkA03G499580	`PF27761`	VUP_C	270	282	0.013	15.4

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q94JL3`	拟南芥	sp\|Q94JL3\|BH112_ARATH Transcription factor bHLH112	51.300%	Swiss-Prot	中等置信
`Q8GXT3`	拟南芥	sp\|Q8GXT3\|BH123_ARATH Transcription factor bHLH123	49.800%	Swiss-Prot	中等置信
`Q8VZ22`	拟南芥	sp\|Q8VZ22\|BH103_ARATH Transcription factor bHLH103	59.200%	Swiss-Prot	低置信
`Q9M0X8`	拟南芥	sp\|Q9M0X8\|BH114_ARATH Transcription factor bHLH114	57.600%	Swiss-Prot	低置信
`Q9SFZ3`	拟南芥	sp\|Q9SFZ3\|BH110_ARATH Transcription factor bHLH110	52.100%	Swiss-Prot	低置信

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