TkA03G494090 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA03G494090

当前版本: TK1151 染色体: Chr03 坐标: 123938497-123943420 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

3173 bp · TkA03G494090|TK1151|cDNA

TTAACCGACCCGCAATTGTGCATTTTTAGGTGAAGATTCCATCAAATTTAACAAGTTTTGACGTGCGCAATTCATCGGATTTAGCCCGAAACCTGACCTCTTTTTGACCCGAAATACACGAAAGCTTCTTCCTTTTCTTCTCTATCCAAATTTCTAGGCTATCGACGGCAACCCTCTTGTGTATCTCTCATCGGAGACGAAACGGGATCTAGGGTTCAACCTTCAGCTTCTCACCGTACAACTGAGGTCTCTTAAACCGA...

CDS

下载 CDS FASTA

2421 bp · TkA03G494090|TK1151|CDS

ATGACTTATTCATCTGATGAAGATGAGCCCTTGGTTTTCAAAAGGAGCTCAAATTCTGTCAGATTGAAACATTCCACTCAACAGAAGCCACCTGTCACTGCCCCTAAACCTGTTCCCAAACCTGCTCCTAAACCAAAGAGCGACTCAGAGGATTCTGAAGATGACAAACCATTAATCTCACGTATTTCATCTGTACCCATTAAGCCAAACTCCAATCACTCAAAAACAACCCCTAGTTCATCACAACAACCCAGACCACA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

806 aa · TkA03G494090|TK1151|PROTEIN

MTYSSDEDEPLVFKRSSNSVRLKHSTQQKPPVTAPKPVPKPAPKPKSDSEDSEDDKPLISRISSVPIKPNSNHSKTTPSSSQQPRPQVKIEDSNDVKVKPLPSKFTSRPSVGQSIKKHDDSQDNKPLPSRVNQNGSTSNNNNNNQIRKPNIGLNKRPPNEERSSSQQPVKKPKLSGSLSPTPVIQKTMKPEVESDDENDHVPISQRIKNQSPSSSKSKSSSVKKVIKVNSSSTTFKKSKKVEKNSKFAKPSKVPPGSGEG...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA03G494090`
TK1151 ID	TkA03G494090
OH-1004 ID	LXL04_034710
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	69.300
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA03G494090

位置 Chr03:123938497-123943420 (-)

描述 Similar to TOP1A: DNA topoisomerase 1 alpha

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g55310`	通过暂时切割并重新连接DNA双链的一条链，释放DNA复制和转录过程中引入的超螺旋和扭转应力。	Disruption of a DNA topoisomerase I gene affects morphogenesis in Arabidopsis.2002 · DOI: 10.1105/tpc.001925
`At5g55300`	通过暂时切割并重新连接DNA双链的一条链，释放DNA复制和转录过程中引入的超螺旋和扭转应力。	Disruption of a DNA topoisomerase I gene affects morphogenesis in Arabidopsis.2002 · DOI: 10.1105/tpc.001925 MGOUN1 encodes an Arabidopsis type IB DNA topoisomerase required in stem cell regulation and to maintain developmentally regulated gene silencing.2010 · DOI: 10.1105/tpc.109.068296

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_034710 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006260 DNA replication 生物过程

GO:0006265 DNA topological change 生物过程

GO:0006338 chromatin remodeling 生物过程

GO:0007059 chromosome segregation 生物过程

GO:0009791 post-embryonic development 生物过程

GO:0009793 embryo development ending in seed dormancy 生物过程

GO:0009933 meristem structural organization 生物过程

GO:0009965 leaf morphogenesis 生物过程

GO:0010016 shoot system morphogenesis 生物过程

GO:0010075 regulation of meristem growth 生物过程

GO:0019827 stem cell population maintenance 生物过程

GO:0030261 chromosome condensation 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT5G55300

ath:AT5G55310

ddi:DDB_G0283205

dme:Dmel_CG6146

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.855

排名 1 · TkA03G494090 · TK1151

细胞质0.185

排名 2 · TkA03G494090 · TK1151

线粒体0.040

排名 3 · TkA03G494090 · TK1151

细胞膜0.034

排名 4 · TkA03G494090 · TK1151

内质网0.024

排名 5 · TkA03G494090 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF02919Topoisom_I_N261-473 aa

PF23083FF_RHG35_4th332-354 aa

PF29308YEL043W_helical354-377 aa

PF14370Topo_C_assoc376-384 aa

PF23083FF_RHG35_4th440-448 aa

PF01028Topoisom_I476-702 aa

PF04012PspA_IM30658-714 aa

PF29308YEL043W_helical659-749 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA03G494090	`PF02919`	Topoisom_I_N	261	473	1.5e-94	316.2
TkA03G494090	`PF23083`	FF_RHG35_4th	332	354	0.061	14.4
TkA03G494090	`PF29308`	YEL043W_helical	354	377	1.5	9.6
TkA03G494090	`PF14370`	Topo_C_assoc	376	384	1.4e-32	112.1
TkA03G494090	`PF23083`	FF_RHG35_4th	440	448	0.061	14.4
TkA03G494090	`PF01028`	Topoisom_I	476	702	4.9e-95	318.0
TkA03G494090	`PF04012`	PspA_IM30	658	714	1.0	9.6
TkA03G494090	`PF29308`	YEL043W_helical	659	749	1.5	9.6
TkA03G494090	`PF02919`	Topoisom_I_N	717	736	1.5e-94	316.2
TkA03G494090	`PF04012`	PspA_IM30	727	749	1.0	9.6
TkA03G494090	`PF01028`	Topoisom_I	729	747	4.9e-95	318.0
TkA03G494090	`PF14370`	Topo_C_assoc	738	806	1.4e-32	112.1

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9FJ79`	拟南芥	sp\|Q9FJ79\|TOP1B_ARATH DNA topoisomerase 1 beta	62.900%	Swiss-Prot	高置信
`P30181`	拟南芥	sp\|P30181\|TOP1A_ARATH DNA topoisomerase 1 alpha	60.200%	Swiss-Prot	高置信

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