TkA03G493680 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA03G493680

当前版本: TK1151 染色体: Chr03 坐标: 123792745-123793356 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

612 bp · TkA03G493680|TK1151|cDNA

ATGGATGACGAAATTCCACCTCTCAGCAGCAAAATTATTCAGTTTCTCAGAGCAATAGATTCTCCTGAAGACGATCGCGATTTGCCCCTTCTGGACGCCACAGCCGATGGCACCGTTCATCTCCATCGCGAGCTTGAAGAATCGGACGACAATCATCATGAATATGATGTCGTTGAGCAAGGAAATCGAGATCGTCAAGGATCTGATGACGAAAACGAGGAAGAAGAAGAGCGTCAGAGACAAAGGCGTCATCTTCTCCG...

CDS

下载 CDS FASTA

612 bp · TkA03G493680|TK1151|CDS

ATGGATGACGAAATTCCACCTCTCAGCAGCAAAATTATTCAGTTTCTCAGAGCAATAGATTCTCCTGAAGACGATCGCGATTTGCCCCTTCTGGACGCCACAGCCGATGGCACCGTTCATCTCCATCGCGAGCTTGAAGAATCGGACGACAATCATCATGAATATGATGTCGTTGAGCAAGGAAATCGAGATCGTCAAGGATCTGATGACGAAAACGAGGAAGAAGAAGAGCGTCAGAGACAAAGGCGTCATCTTCTCCG...

蛋白

下载蛋白 FASTA

203 aa · TkA03G493680|TK1151|PROTEIN

MDDEIPPLSSKIIQFLRAIDSPEDDRDLPLLDATADGTVHLHRELEESDDNHHEYDVVEQGNRDRQGSDDENEEEEERQRQRRHLLRLRLQEHGLSAGRHGRILDWAELLLQLEDQSVTFGQQRLEFEDGYVGNPGDYVDATGYDSFLQTLAESGSSDRRGAPPASKSAVQALQTVISFYLEKKTQQRVASFTSFLLNFDFLS

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA03G493680`
TK1151 ID	TkA03G493680
OH-1004 ID	LXL04_015086
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	92.200
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 86.700 / OH-1004 56.113 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA03G493680

位置 Chr03:123792745-123793356 (+)

描述 Similar to CIP8: E3 ubiquitin-protein ligase CIP8

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g64920`	E3 泛素蛋白连接酶，介导靶蛋白的泛素化和随后的蛋白酶体降解。	The RING finger motif of photomorphogenic repressor COP1 specifically interacts with the RING-H2 motif of a novel Arabidopsis protein.1999 · DOI: 10.1074/jbc.274.39.27674 Biochemical evidence for ubiquitin ligase activity of the Arabidopsis COP1 interacting protein 8 (CIP8).2002 · DOI: 10.1046/j.1365-313x.2002.01298.x

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_015086 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006511 ubiquitin-dependent protein catabolic process 生物过程

GO:0016567 protein ubiquitination 生物过程

GO:0090378 seed trichome elongation 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0004842 ubiquitin-protein transferase activity 分子功能

GO:0008270 zinc ion binding 分子功能

GO:0061630 ubiquitin protein ligase activity 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT3G19950

ath:AT5G64920

dosa:Os05g0488800

osa:4339152

xla:444028

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.564

排名 1 · TkA03G493680 · TK1151

细胞质0.427

排名 2 · TkA03G493680 · TK1151

线粒体0.069

排名 3 · TkA03G493680 · TK1151

细胞膜0.057

排名 4 · TkA03G493680 · TK1151

内质网0.053

排名 5 · TkA03G493680 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF10587EF-1_beta_acid67-83 aa

PF13083KH_KhpA-B76-105 aa

PF13083KH_KhpA-B170-189 aa

PF10587EF-1_beta_acid182-191 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA03G493680	`PF10587`	EF-1_beta_acid	67	83	0.52	11.4
TkA03G493680	`PF13083`	KH_KhpA-B	76	105	0.25	12.0
TkA03G493680	`PF13083`	KH_KhpA-B	170	189	0.25	12.0
TkA03G493680	`PF10587`	EF-1_beta_acid	182	191	0.52	11.4

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9SPL2`	拟南芥	sp\|Q9SPL2\|CIP8_ARATH E3 ubiquitin-protein ligase CIP8	47.400%	Swiss-Prot	低置信

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