TkA03G492890 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA03G492890

当前版本: TK1151 染色体: Chr03 坐标: 123626280-123626654 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

375 bp · TkA03G492890|TK1151|cDNA

ATGAGTTCCGAGTCATCGAGCATCCACATTACTCAGATATTTCATATATGGGCGCAAGCGATCAAACAATGTTATTGTCTGCTATTGCTGTTCCTATTCGTATTTTTATGGAATTTGAGTTTGCTTTCGTTGGTGTATCTTGCAGCTTTGTTCTTGTACGACTTTGTGTCAATACGGGTGCAAGTTACACTTCGGGGCCGTGATGCTGATATCCACAGTGTTTTATATATTGATTCATTACGTGTATCAGATTATCTCCA...

CDS

下载 CDS FASTA

375 bp · TkA03G492890|TK1151|CDS

ATGAGTTCCGAGTCATCGAGCATCCACATTACTCAGATATTTCATATATGGGCGCAAGCGATCAAACAATGTTATTGTCTGCTATTGCTGTTCCTATTCGTATTTTTATGGAATTTGAGTTTGCTTTCGTTGGTGTATCTTGCAGCTTTGTTCTTGTACGACTTTGTGTCAATACGGGTGCAAGTTACACTTCGGGGCCGTGATGCTGATATCCACAGTGTTTTATATATTGATTCATTACGTGTATCAGATTATCTCCA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

124 aa · TkA03G492890|TK1151|PROTEIN

MSSESSSIHITQIFHIWAQAIKQCYCLLLLFLFVFLWNLSLLSLVYLAALFLYDFVSIRVQVTLRGRDADIHSVLYIDSLRVSDYLQQCGFTIQSAFLSERGFPAKKITASFVISLFPLYLRTH

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA03G492890`
TK1151 ID	TkA03G492890
OH-1004 ID	LXL04_018844
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	53.000
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 97.581 / OH-1004 5.118 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA03G492890

位置 Chr03:123626280-123626654 (+)

描述 Similar to At2g48060/At2g48040/At2g48050: Piezo-type mechanosensitive ion channel homolog

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`UniProt: F4IN58`	机械敏感非特异阳离子通道的孔形成亚基，传导钠和钾离子。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_018844 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006812 monoatomic cation transport 生物过程

GO:0009612 response to mechanical stimulus 生物过程

GO:0034220 monoatomic ion transmembrane transport 生物过程

GO:0042391 regulation of membrane potential 生物过程

GO:0050982 detection of mechanical stimulus 生物过程

GO:0071260 cellular response to mechanical stimulus 生物过程

GO:0098655 monoatomic cation transmembrane transport 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005886 plasma membrane 细胞组分

GO:0009507 chloroplast 细胞组分

GO:0016020 membrane 细胞组分

GO:0005261 monoatomic cation channel activity 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT2G48060

ddi:DDB_G0282801

dme:Dmel_CG44122

hsa:63895

mmu:667742

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.364

排名 1 · TkA03G492890 · TK1151

细胞核0.322

排名 2 · TkA03G492890 · TK1151

线粒体0.174

排名 3 · TkA03G492890 · TK1151

内质网0.167

排名 4 · TkA03G492890 · TK1151

高尔基体0.090

排名 5 · TkA03G492890 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF17520DUF54453-23 aa

PF25228Lips24-58 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA03G492890	`PF17520`	DUF5445	3	23	0.3	11.7
TkA03G492890	`PF25228`	Lips	24	58	0.61	8.8

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`F4IN58`	拟南芥	sp\|F4IN58\|PIEZO_ARATH Piezo-type mechanosensitive ion channel homolog	36.300%	Swiss-Prot	中等置信

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