LXL04_018844 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_018844

当前版本: OH-1004 染色体: Chr04 坐标: 19085552-19097677 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

7272 bp · LXL04_018844|LXL04_018844|OH1004|cDNA

ATGGGGAGATTTCTCGGTGGGTTTGTGCTGCCTTTCCTGCTATTAACAGCCGCTATACTCAATTGGAGTTTGATCTCTCTTGGAAATTTGCTAGCGGCTCTACTTATTCTTTTCACTCCTCCAAAAAGAGGATTTCAACCGAGAGGGAGAACACTGTTATGGATAATTATACTTTTTTCATTTCTTGTAATTCTTTCACAAGTAACATATCTTATCATATGGGCCATTGAGTGTGGAACCTGCAATGAACAAGAACCGTG...

CDS

下载 CDS FASTA

7272 bp · LXL04_018844|LXL04_018844|OH1004|CDS

ATGGGGAGATTTCTCGGTGGGTTTGTGCTGCCTTTCCTGCTATTAACAGCCGCTATACTCAATTGGAGTTTGATCTCTCTTGGAAATTTGCTAGCGGCTCTACTTATTCTTTTCACTCCTCCAAAAAGAGGATTTCAACCGAGAGGGAGAACACTGTTATGGATAATTATACTTTTTTCATTTCTTGTAATTCTTTCACAAGTAACATATCTTATCATATGGGCCATTGAGTGTGGAACCTGCAATGAACAAGAACCGTG...

蛋白

下载蛋白 FASTA

2423 aa · LXL04_018844|LXL04_018844|OH1004|PROTEIN

MGRFLGGFVLPFLLLTAAILNWSLISLGNLLAALLILFTPPKRGFQPRGRTLLWIIILFSFLVILSQVTYLIIWAIECGTCNEQEPWWAKLIGFMIVETWRSPIVVYLLIVELVVAFTAFIELHESRLGLFRHASLFFGGSSAAFDQLGSHLKVAFCLLLPAVQLVVGISNSSWISLPFFVCSCVGLVDWSLTSNFHGLFRWWRYLWFYAGINIFLLYIYQLPLEYPKFIATVFDFIGLYKISTMSEWTQICSGVSLIIY...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_018844`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_018844

位置 Chr04:19085552-19097677 (+)

描述 Similar to At2g48060/At2g48040/At2g48050: Piezo-type mechanosensitive ion channel homolog

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`UniProt: F4IN58`	机械敏感非特异阳离子通道的孔形成亚基，传导钠和钾离子。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_018844 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006812 monoatomic cation transport 生物过程

GO:0009612 response to mechanical stimulus 生物过程

GO:0034220 monoatomic ion transmembrane transport 生物过程

GO:0042391 regulation of membrane potential 生物过程

GO:0050982 detection of mechanical stimulus 生物过程

GO:0071260 cellular response to mechanical stimulus 生物过程

GO:0098655 monoatomic cation transmembrane transport 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005886 plasma membrane 细胞组分

GO:0009507 chloroplast 细胞组分

GO:0016020 membrane 细胞组分

GO:0005261 monoatomic cation channel activity 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT2G48060

ddi:DDB_G0282801

dme:Dmel_CG44122

hsa:63895

mmu:667742

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

内质网0.303

排名 1 · LXL04_018844 · OH-1004

细胞膜0.275

排名 2 · LXL04_018844 · OH-1004

高尔基体0.218

排名 3 · LXL04_018844 · OH-1004

细胞质0.215

排名 4 · LXL04_018844 · OH-1004

溶酶体／液泡0.153

排名 5 · LXL04_018844 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF25288.2PIEZO470-599 aa

PF23188.2THU_Piezo11569-1642 aa

PF24874.2Piezo_THU9_anchor1881-2118 aa

PF12166.15Piezo_cap2158-2420 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_018844	`PF25288.2`	PIEZO	470	599	2.7e-61	206.2
LXL04_018844	`PF23188.2`	THU_Piezo1	1569	1642	3.5e-14	53.6
LXL04_018844	`PF24874.2`	Piezo_THU9_anchor	1881	2118	4.1e-67	226.8
LXL04_018844	`PF12166.15`	Piezo_cap	2158	2420	6.5e-73	246.7

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`F4IN58`	拟南芥	Piezo-type mechanosensitive ion channel homolog	62.785%	Swiss-Prot	强数据库同源证据

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