TkA03G489720 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA03G489720

当前版本: TK1151 染色体: Chr03 坐标: 122746920-122748425 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1433 bp · TkA03G489720|TK1151|cDNA

GGGTGATCAAGAAAGAAGATTGGTGGGACACGTAACCAACGGATAAATTATAATCGCCGACACCTTTTCCGGTATCAGCAAATATAGGATCCTCGTCACTCACTTACACACTCCCCATATTATTCATCGCACGCCATAACCCTATCTCTACACGCTTTTCCGCCATGAAATCTTCACGAAGAATCCGATCATACTCTACCTCTTTCTCCTCGGCCGACATCACCGCCACCACCACCACCGTCACTTACGCTTTCGAAGAT...

CDS

下载 CDS FASTA

636 bp · TkA03G489720|TK1151|CDS

ATGAAATCTTCACGAAGAATCCGATCATACTCTACCTCTTTCTCCTCGGCCGACATCACCGCCACCACCACCACCGTCACTTACGCTTTCGAAGATGACAATTTTACAGCTAATCCCCAAACAACTTCCACCGAAATCCCCATCACCTTTCACCTCCCCGATCGTCAATCCACTGCAGCTGTTAAGATACAATCAGCTTACAGATCTCATGCAATCCGCAACTTAACCAACAAGATTAGAGCAGTCAATTCCGAAGCCGA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

211 aa · TkA03G489720|TK1151|PROTEIN

MKSSRRIRSYSTSFSSADITATTTTVTYAFEDDNFTANPQTTSTEIPITFHLPDRQSTAAVKIQSAYRSHAIRNLTNKIRAVNSEADKLQRLIQMQDTVDAVRTNNRERVKINEALMKLLFTLDSVPGIDPTVREFRRNVSRRIVGLQEILDSICEATERNWDDFLRDWDDVIVGIEQEICREKGGSDSHEFERFCAENLGFQCLQKFLRQ

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA03G489720`
TK1151 ID	TkA03G489720
OH-1004 ID	LXL04_010018
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Probable
蛋白一致性 (%)	99.400
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 81.991 / OH-1004 73.729 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA03G489720

位置 Chr03:122746920-122748425 (+)

描述 Similar to BAG5: BAG family molecular chaperone regulator 5, mitochondrial

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g12060`	调节多种细胞途径的辅助伴侣，例如程序性细胞死亡和应激反应。	暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os02g0719700`	调节应激反应的辅助分子伴侣（可能）。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_010018 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006457 protein folding 生物过程

GO:0006914 autophagy 生物过程

GO:0009408 response to heat 生物过程

GO:0010228 vegetative to reproductive phase transition of meristem 生物过程

GO:0010508 positive regulation of autophagy 生物过程

GO:0012502 induction of programmed cell death 生物过程

GO:0050832 defense response to fungus 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005739 mitochondrion 细胞组分

GO:0009506 plasmodesma 细胞组分

GO:0005516 calmodulin binding 分子功能

GO:0051087 protein-folding chaperone binding 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G12060

ath:AT2G46240

dosa:Os02g0719700

osa:4330543

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.574

排名 1 · TkA03G489720 · TK1151

细胞核0.404

排名 2 · TkA03G489720 · TK1151

细胞膜0.111

排名 3 · TkA03G489720 · TK1151

内质网0.070

排名 4 · TkA03G489720 · TK1151

质体0.053

排名 5 · TkA03G489720 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00612IQ59-73 aa

PF10224DUF220564-90 aa

PF28656BNI5_helical73-125 aa

PF02179BAG79-153 aa

PF10224DUF220592-106 aa

PF10224DUF2205129-157 aa

PF00612IQ136-143 aa

PF00612IQ204-210 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA03G489720	`PF00612`	IQ	59	73	0.051	14.1
TkA03G489720	`PF10224`	DUF2205	64	90	0.052	14.3
TkA03G489720	`PF28656`	BNI5_helical	73	125	0.024	15.5
TkA03G489720	`PF02179`	BAG	79	153	1.2e-13	52.0
TkA03G489720	`PF10224`	DUF2205	92	106	0.052	14.3
TkA03G489720	`PF10224`	DUF2205	129	157	0.052	14.3
TkA03G489720	`PF00612`	IQ	136	143	0.051	14.1
TkA03G489720	`PF00612`	IQ	204	210	0.051	14.1

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`O65373`	拟南芥	sp\|O65373\|BAG5_ARATH BAG family molecular chaperone regulator 5, mitochondrial	46.400%	Swiss-Prot	中等置信
`Q6ZI01`	水稻	sp\|Q6ZI01\|BAG6_ORYSJ BAG family molecular chaperone regulator 6, mitochondrial	46.700%	Swiss-Prot	中等置信

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