TkA03G479960 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA03G479960

当前版本: TK1151 染色体: Chr03 坐标: 120030559-120034891 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2880 bp · TkA03G479960|TK1151|cDNA

ATGAGGGTAGTCGACAACATTGACAAAACAATGGCGAGTCTAGATGGCTCTAAACAGAGAGTACATCACGTAAAAGGCGGTGCCATTGAATTGCATCAAACAAGAAAGAAGCTAAAGATCAAACTGACATTCCCTCTCAATTCTAATACCATCTTTTCTTCTCAATTCAAAGTTCCATCCCTAATGTCGTTAAACAGCTTCAAGGAAATCCTCAAACCCTGTACATACCAATCCCAATCACAAACTTCCTCCTCGTACTC...

CDS

下载 CDS FASTA

2880 bp · TkA03G479960|TK1151|CDS

ATGAGGGTAGTCGACAACATTGACAAAACAATGGCGAGTCTAGATGGCTCTAAACAGAGAGTACATCACGTAAAAGGCGGTGCCATTGAATTGCATCAAACAAGAAAGAAGCTAAAGATCAAACTGACATTCCCTCTCAATTCTAATACCATCTTTTCTTCTCAATTCAAAGTTCCATCCCTAATGTCGTTAAACAGCTTCAAGGAAATCCTCAAACCCTGTACATACCAATCCCAATCACAAACTTCCTCCTCGTACTC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

959 aa · TkA03G479960|TK1151|PROTEIN

MRVVDNIDKTMASLDGSKQRVHHVKGGAIELHQTRKKLKIKLTFPLNSNTIFSSQFKVPSLMSLNSFKEILKPCTYQSQSQTSSSYSQTSSTLNPRKPPKSSLAQQLLRLEGDYSSFPTSLPTKQSKEFSQIKQQEPQLDDVIEVKIDDEEEEFKDLDKQNGFRIARPKLEAPQFFDPTGPYEPLVLSESGQDPVVQVPASINCRLLEHQREGVKFLYNLYKKNHGGILGDDMGLGKTIQAIAFLSAIYKKDEEHDTTTP...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA03G479960`
TK1151 ID	TkA03G479960
OH-1004 ID	LXL04_009884
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)	100.000
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 96.038 / OH-1004 99.032 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA03G479960

位置 Chr03:120030559-120034891 (+)

描述 Similar to SWI2: Switch 2

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g03750`	可能参与早期DNA损伤应答（通过相似性）。	Involvement of the Arabidopsis SWI2/SNF2 chromatin remodeling gene family in DNA damage response and recombination.2006 · DOI: 10.1534/genetics.105.051664

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_009884 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0000724 double-strand break repair via homologous recombination 生物过程

GO:0006974 DNA damage response 生物过程

GO:0007131 reciprocal meiotic recombination 生物过程

GO:0010332 response to gamma radiation 生物过程

GO:0034614 cellular response to reactive oxygen species 生物过程

GO:0036297 interstrand cross-link repair 生物过程

GO:0045003 double-strand break repair via synthesis-dependent strand annealing 生物过程

GO:0051301 cell division 生物过程

GO:0051701 biological process involved in interaction with host 生物过程

GO:0071248 cellular response to metal ion 生物过程

GO:0071480 cellular response to gamma radiation 生物过程

GO:0097680 double-strand break repair via classical nonhomologous end joining 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G03750

ath:AT3G19210

hsa:375748

mmu:76251

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.884

排名 1 · TkA03G479960 · TK1151

细胞质0.153

排名 2 · TkA03G479960 · TK1151

线粒体0.035

排名 3 · TkA03G479960 · TK1151

细胞膜0.023

排名 4 · TkA03G479960 · TK1151

内质网0.016

排名 5 · TkA03G479960 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF25806RHH_ERCC6L2134-155 aa

PF04851ResIII205-373 aa

PF00176SNF2-rel_dom209-480 aa

PF18766SWI2_SNF2217-252 aa

PF00270DEAD228-374 aa

PF00271Helicase_C265-319 aa

PF18766SWI2_SNF2304-384 aa

PF00271Helicase_C349-383 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA03G479960	`PF25806`	RHH_ERCC6L2	134	155	3.7	8.6
TkA03G479960	`PF04851`	ResIII	205	373	1.5e-10	42.0
TkA03G479960	`PF00176`	SNF2-rel_dom	209	480	4.9e-67	226.7
TkA03G479960	`PF18766`	SWI2_SNF2	217	252	0.16	12.3
TkA03G479960	`PF00270`	DEAD	228	374	7.7e-08	33.0
TkA03G479960	`PF00271`	Helicase_C	265	319	2.2e-25	89.8
TkA03G479960	`PF18766`	SWI2_SNF2	304	384	0.16	12.3
TkA03G479960	`PF00271`	Helicase_C	349	383	2.2e-25	89.8
TkA03G479960	`PF11496`	HDA2-3	596	734	0.013	15.5
TkA03G479960	`PF16203`	ERCC3_RAD25_C	597	686	0.064	13.3
TkA03G479960	`PF00271`	Helicase_C	598	710	2.2e-25	89.8
TkA03G479960	`PF25806`	RHH_ERCC6L2	888	931	3.7	8.6
TkA03G479960	`PF00271`	Helicase_C	913	929	2.2e-25	89.8

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`F4I2H2`	拟南芥	sp\|F4I2H2\|CHR9_ARATH Switch 2	63.300%	Swiss-Prot	高置信

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