TkA03G479670 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA03G479670

当前版本: TK1151 染色体: Chr03 坐标: 119940452-119944065 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2866 bp · TkA03G479670|TK1151|cDNA

AAATGACATTCTCTCTTATTAAGCCCATAAACAACATTCTTTTCTTTGGAGAGAGAGACCATCTACTGTCTGCATCCTCTGACTGTTTTTTTAACATTCTAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGTTCAACTCTTTGACTCAGCCATGCCGGCAAAGAGTCTTGTATATCGATATTTATATCTGAAAGCGCGTTGAGGAACACGATTAGGAAAAAGTGTTCATTTTGATTCTTAT...

CDS

下载 CDS FASTA

2124 bp · TkA03G479670|TK1151|CDS

ATGGGTGGGATTTGTGGTAAGCCTGCTGCTGTCGATGATGGCCGAGCAAGTTTAAGTTCAAGGGATAGAGTACCGAGTAAAGCTTCATCCGAATCGCGTGGATCGCGGTCTAAAAGAGTAGAAAGTTTTAGGGTGAAGAATAGAGGTGATGTAAGAACCGGATCCATCGACAAGAGACTAAATTCCTCACGACGTGTTCGCGATGACCATTACGAGAAGAAGAGAGACGTGTCAGAAGTGTTTATCGCTAATATTCCAGG...

蛋白

下载蛋白 FASTA

707 aa · TkA03G479670|TK1151|PROTEIN

MGGICGKPAAVDDGRASLSSRDRVPSKASSESRGSRSKRVESFRVKNRGDVRTGSIDKRLNSSRRVRDDHYEKKRDVSEVFIANIPGIGTIPKAIEGEQVVAGWPSWLAAVAGEAINGWLPRRADTFEKLEKIGQGTYSSVYKARDLTNNKIVALKRVRFDNMDPESVKFMAREIQILRRLDHPNIIKLEGLVTSRTSCSLYLVFEYMEHDLTGLASLPGAKFTEPQVKCYMQQLLSGLDHCHSHGVLHRDIKGSNLLID...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA03G479670`
TK1151 ID	TkA03G479670
OH-1004 ID	LXL04_009876
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)	100.000
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA03G479670

位置 Chr03:119940452-119944065 (-)

描述 Similar to At1g54610: Probable serine/threonine-protein kinase At1g54610

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g09600`	可能的丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶 At1g09600。	暂无已核实直接文献
`At1g54610`	可能的丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶 At1g54610。	暂无已核实直接文献
`At1g18670`	是 β-氨基丁酸诱导的针对细菌和卵菌的抗性所必需的，通过启动水杨酸依赖性防御反应，例如发病机制相关的 PR-1 基因表达和尾随坏死。	Dissecting the beta-aminobutyric acid-induced priming phenomenon in Arabidopsis.2005 · DOI: 10.1105/tpc.104.029728 Descendants of primed Arabidopsis plants exhibit resistance to biotic stress.2012 · DOI: 10.1104/pp.111.191593
`At5g39420`	细胞周期蛋白dependent kinase C-2 C。	暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os01g0958000`	细胞周期蛋白dependent kinase C-2。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_009876 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0002229 defense response to oomycetes 生物过程

GO:0009615 response to virus 生物过程

GO:0032968 positive regulation of transcription elongation by RNA polymerase II 生物过程

GO:0042742 defense response to bacterium 生物过程

GO:1900426 positive regulation of defense response to bacterium 生物过程

GO:1902290 positive regulation of defense response to oomycetes 生物过程

GO:2000031 regulation of salicylic acid mediated signaling pathway 生物过程

GO:0000307 cyclin-dependent protein kinase holoenzyme complex 细胞组分

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005886 plasma membrane 细胞组分

GO:0004693 cyclin-dependent protein serine/threonine kinase activity 分子功能

GO:0005524 ATP binding 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G09600

ath:AT1G18670

ath:AT1G54610

ath:AT5G39420

dosa:Os01g0958000

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.514

排名 1 · TkA03G479670 · TK1151

细胞膜0.374

排名 2 · TkA03G479670 · TK1151

细胞核0.280

排名 3 · TkA03G479670 · TK1151

高尔基体0.048

排名 4 · TkA03G479670 · TK1151

内质网0.038

排名 5 · TkA03G479670 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF03109ABC1126-159 aa

PF00069Pkinase127-411 aa

PF07714PK_Tyr_Ser-Thr129-340 aa

PF01636APH130-209 aa

PF03109ABC1194-287 aa

PF07387Seadorna_VP7239-269 aa

PF01636APH244-274 aa

PF15912VIR_N413-499 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA03G479670	`PF03109`	ABC1	126	159	4.1e-05	23.6
TkA03G479670	`PF00069`	Pkinase	127	411	5.5e-68	229.9
TkA03G479670	`PF07714`	PK_Tyr_Ser-Thr	129	340	8e-32	111.3
TkA03G479670	`PF01636`	APH	130	209	0.12	12.8
TkA03G479670	`PF03109`	ABC1	194	287	4.1e-05	23.6
TkA03G479670	`PF07387`	Seadorna_VP7	239	269	0.14	11.8
TkA03G479670	`PF01636`	APH	244	274	0.12	12.8
TkA03G479670	`PF15912`	VIR_N	413	499	0.74	9.9

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`F4I114`	拟南芥	sp\|F4I114\|Y1960_ARATH Probable serine/threonine-protein kinase At1g09600	53.800%	Swiss-Prot	高置信
`Q9ZVM9`	拟南芥	sp\|Q9ZVM9\|Y1461_ARATH Probable serine/threonine-protein kinase At1g54610	61.500%	Swiss-Prot	中等置信
`F4ICB6`	拟南芥	sp\|F4ICB6\|IBS1_ARATH Protein IMPAIRED IN BABA-INDUCED STERILITY 1	49.500%	Swiss-Prot	中等置信
`B5X564`	拟南芥	sp\|B5X564\|CDC2C_ARATH Cyclin-dependent kinase C-2 C	58.200%	Swiss-Prot	中等置信
`Q5JK68`	水稻	sp\|Q5JK68\|CDKC2_ORYSJ Cyclin-dependent kinase C-2	53.900%	Swiss-Prot	低置信

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