TkA03G478810 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA03G478810

当前版本: TK1151 染色体: Chr03 坐标: 119692075-119700648 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

4750 bp · TkA03G478810|TK1151|cDNA

GATCAACTGTAAATAAGAGGTTTCCCATTTTGTTCACTCCATGCCTTCAACGTGTTAAATTGCTCCTTTTTAACCCTTTATCAATCTCTGCCCTATTCTTAAACAAAGTTTACTCGAATCGACCAAACAAGAAGCAAACTTGAAAAACGCTTTACCATTCGGTTTAACAATGGTTTAATCAAACCCGCTTGAATTTGAATATTCGAATCGAAAATCCAGTCAATTTGATACAAAAATTGAGAATTTTACGGCATAGAAGC...

CDS

下载 CDS FASTA

3783 bp · TkA03G478810|TK1151|CDS

ATGCCTCGAACTGTTGTAGTACCTGCATGGGAATTGCCTTTCAGACGTCCCCAACATTCATCAGACCTCCAGAAATGGGAACCCGCATCCGTGCAGGTTGATGTGTCTGAACTGATGGTGGAGGCGGAGAATTCTATTGGAGTGAGGATTAGTGGACCTCCAAAGGATTTTGTGAAGGGAAGTATTAACAACCGTCCTTTTCGTCCTGGTGGTTTGGATGATTCCCAGTCCATAGGAAGGAGTCTTCCGGAAGGTTCTTG...

蛋白

下载蛋白 FASTA

1260 aa · TkA03G478810|TK1151|PROTEIN

MPRTVVVPAWELPFRRPQHSSDLQKWEPASVQVDVSELMVEAENSIGVRISGPPKDFVKGSINNRPFRPGGLDDSQSIGRSLPEGSCNGEWVREVLDGAPAQVIPPSCKEGMNLGDLKGHPCSWIIHEDKRVPKTTSETTLSVQFDDLFKKAWEEDVTEVPIDGDTPELEINVIELDSPKSVPLEDENKSDVHNDSVVTESSVIDQILSTRSDGLSKGLDDSDSGDGGRQQPEEAKVWAVTGGSEGIADNFNELVPDMAL...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA03G478810`
TK1151 ID	TkA03G478810
OH-1004 ID	LXL04_009854
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 待复核
蛋白一致性 (%)	59.600
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 95.490 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA03G478810

位置 Chr03:119692075-119700648 (+)

描述 Similar to SKI2: DExH-box ATP-dependent RNA helicase DExH11

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At3g46960`	SKI复合物的组分，被认为参与RNA外切体（exosome）介导的RNA降解，并以依赖PAF1复合物（PAF1C）的方式与转录活跃的基因关联。	A DExD/H box RNA helicase is important for K+ deprivation responses and tolerance in Arabidopsis thaliana.2011 · DOI: 10.1111/j.1742-4658.2011.08147.x Context-dependent dual role of SKI8 homologs in mRNA synthesis and turnover.2012 · DOI: 10.1371/journal.pgen.1002652

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_009854 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0000292 RNA fragment catabolic process 生物过程

GO:0000956 nuclear-transcribed mRNA catabolic process 生物过程

GO:0006351 DNA-templated transcription 生物过程

GO:0006402 mRNA catabolic process 生物过程

GO:0006417 regulation of translation 生物过程

GO:0006813 potassium ion transport 生物过程

GO:0016441 post-transcriptional gene silencing 生物过程

GO:0030968 endoplasmic reticulum unfolded protein response 生物过程

GO:0035864 response to potassium ion 生物过程

GO:0051607 defense response to virus 生物过程

GO:0070478 nuclear-transcribed mRNA catabolic process, 3'-5' exonucleolytic nonsense-mediated decay 生物过程

GO:0070481 nuclear-transcribed mRNA catabolic process, non-stop decay 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT3G46960

sce:YLR398C

spo:2538841

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.516

排名 1 · TkA03G478810 · TK1151

细胞质0.424

排名 2 · TkA03G478810 · TK1151

线粒体0.099

排名 3 · TkA03G478810 · TK1151

细胞膜0.050

排名 4 · TkA03G478810 · TK1151

内质网0.040

排名 5 · TkA03G478810 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF17911Ski2_N44-78 aa

PF17911Ski2_N205-225 aa

PF00270DEAD269-416 aa

PF13191AAA_16280-336 aa

PF22527DEXQc_Suv3288-398 aa

PF00271Helicase_C563-584 aa

PF00271Helicase_C627-703 aa

PF21408MTR4-like_stalk758-818 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA03G478810	`PF17911`	Ski2_N	44	78	0.00012	22.6
TkA03G478810	`PF17911`	Ski2_N	205	225	0.00012	22.6
TkA03G478810	`PF00270`	DEAD	269	416	2.2e-23	83.5
TkA03G478810	`PF13191`	AAA_16	280	336	0.2	12.9
TkA03G478810	`PF22527`	DEXQc_Suv3	288	398	1.8e-05	25.0
TkA03G478810	`PF00271`	Helicase_C	563	584	2.1e-06	28.7
TkA03G478810	`PF00271`	Helicase_C	627	703	2.1e-06	28.7
TkA03G478810	`PF21408`	MTR4-like_stalk	758	818	1.3e-12	48.5
TkA03G478810	`PF13234`	MTR4_beta-barrel	769	784	2.2e-30	107.1
TkA03G478810	`PF13234`	MTR4_beta-barrel	825	1056	2.2e-30	107.1
TkA03G478810	`PF00336`	DNA_pol_viral_C	928	978	0.18	11.9
TkA03G478810	`PF21408`	MTR4-like_stalk	996	1021	1.3e-12	48.5
TkA03G478810	`PF13191`	AAA_16	1073	1129	0.2	12.9
TkA03G478810	`PF08148`	DSHCT	1082	1252	2.3e-59	200.7
TkA03G478810	`PF21408`	MTR4-like_stalk	1221	1245	1.3e-12	48.5

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`F4JAA5`	拟南芥	sp\|F4JAA5\|SKI2_ARATH DExH-box ATP-dependent RNA helicase DExH11	68.100%	Swiss-Prot	高置信

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