TkA03G471120 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA03G471120

当前版本: TK1151 染色体: Chr03 坐标: 117743670-117753359 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1380 bp · TkA03G471120|TK1151|cDNA

ATGGCTGAAGACAAGGTTGTAATCGAGAAGTTCAACGGTTCTGACTTTAGCTGGTGGAAAATGCAATTAGAAACATTGCTATGTCAGAAAGACTTGGACGTGGTACTCGGAGACAAACCGGTGGAAATGGAAAAAGCTGCTGAAGCGCGTGGTATGATGGAGGCTCTGTCAAATATGTATGAGAAACCGTCGGCGGCTAACAAGGTGTTCTTGATATTATCATCTGTGGGAATTAAATTTGATGATGAGACTCAAGCTTC...

CDS

下载 CDS FASTA

1380 bp · TkA03G471120|TK1151|CDS

ATGGCTGAAGACAAGGTTGTAATCGAGAAGTTCAACGGTTCTGACTTTAGCTGGTGGAAAATGCAATTAGAAACATTGCTATGTCAGAAAGACTTGGACGTGGTACTCGGAGACAAACCGGTGGAAATGGAAAAAGCTGCTGAAGCGCGTGGTATGATGGAGGCTCTGTCAAATATGTATGAGAAACCGTCGGCGGCTAACAAGGTGTTCTTGATATTATCATCTGTGGGAATTAAATTTGATGATGAGACTCAAGCTTC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

459 aa · TkA03G471120|TK1151|PROTEIN

MAEDKVVIEKFNGSDFSWWKMQLETLLCQKDLDVVLGDKPVEMEKAAEARGMMEALSNMYEKPSAANKVFLILSSVGIKFDDETQASLLLASLPDSWSGTVTTVTSFVGTSGMTFEGVRDLVLCEDIRRKNQGGSSSSDLLNVRRGRGNSRNSGSSGSRGKSYSRTLKNVKCWNCQEVGHVKSQCPKKELNIADAENFSGDDALLLSMESSVDSWVMDSGASFHAMDNGETMVNLKEGYFGKVRLANDEMLQITGMGDID...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA03G471120`
TK1151 ID	TkA03G471120
OH-1004 ID	LXL04_010033
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	69.200
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 99.782 / OH-1004 44.838 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID	`TkA03G471120`
位置	Chr03:117743670-117753359 (-)
描述	Similar to DEK1: Calpain-type cysteine protease DEK1
拟南芥 / 水稻参考基因与文献	下载当前基因文献拟南芥当前来源表未检出该物种的同源命中。水稻当前来源表未检出该物种的同源命中。
功能注释来源	查看注释来源功能注释来源：OH1004 · `LXL04_010033` · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。
GO 注释（OH1004 来源）	GO:0001558 regulation of cell growth 生物过程 GO:0001708 cell fate specification 生物过程 GO:0009793 embryo development ending in seed dormancy 生物过程 GO:0009934 regulation of meristem structural organization 生物过程 GO:0032877 positive regulation of DNA endoreduplication 生物过程 GO:0040014 regulation of multicellular organism growth 生物过程 GO:0042127 regulation of cell population proliferation 生物过程 GO:0090392 sepal giant cell differentiation 生物过程 GO:0090628 plant epidermal cell fate specification 生物过程 GO:0097264 self proteolysis 生物过程 GO:2000011 regulation of adaxial/abaxial pattern formation 生物过程 GO:2000014 regulation of endosperm development 生物过程
KEGG 基因交叉引用	ath:AT1G55350 dosa:Os02g0709400 osa:4330484 zma:542509 以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.502

排名 1 · TkA03G471120 · TK1151

细胞质0.451

排名 2 · TkA03G471120 · TK1151

细胞膜0.071

排名 3 · TkA03G471120 · TK1151

内质网0.054

排名 4 · TkA03G471120 · TK1151

质体0.022

排名 5 · TkA03G471120 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF14223Retrotran_gag_243-72 aa

PF14223Retrotran_gag_273-133 aa

PF22936Pol_BBD167-187 aa

PF30379SLU7_N167-185 aa

PF16588zf-C2H2_10169-188 aa

PF15288zf-CCHC_6170-191 aa

PF00098zf-CCHC171-187 aa

PF22936Pol_BBD215-294 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA03G471120	`PF14223`	Retrotran_gag_2	43	72	2.3e-06	28.2
TkA03G471120	`PF14223`	Retrotran_gag_2	73	133	2.3e-06	28.2
TkA03G471120	`PF22936`	Pol_BBD	167	187	3.4e-20	72.9
TkA03G471120	`PF30379`	SLU7_N	167	185	0.17	12.1
TkA03G471120	`PF16588`	zf-C2H2_10	169	188	0.094	13.2
TkA03G471120	`PF15288`	zf-CCHC_6	170	191	0.0042	17.6
TkA03G471120	`PF00098`	zf-CCHC	171	187	8.5e-06	26.3
TkA03G471120	`PF22936`	Pol_BBD	215	294	3.4e-20	72.9

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

没有找到该查询的结果。

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