TkA03G465940 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA03G465940

当前版本: TK1151 染色体: Chr03 坐标: 116259779-116262440 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1840 bp · TkA03G465940|TK1151|cDNA

GTTTGATCCTTTTGTACTTATCACCAAATCCAAACCAATCTAAGATCCACACCATCTACATATAGTCTTCAAGTGGCCCCAACCAACATAAAACTTCATAATCCTAATCGAATGGAGAAGAAACAGGTGGTAATCATTGGAGCTGGAATCAGTGGTCTTGTGGCATGTAAATACTGTCTTTCCAAAGGCTTTGATCCAATCGTGTTCGAGTCTGATGGCGATATTGGTGGTGTATGGGCTAAAACCATACGGACCACTAA...

CDS

下载 CDS FASTA

1557 bp · TkA03G465940|TK1151|CDS

ATGGAGAAGAAACAGGTGGTAATCATTGGAGCTGGAATCAGTGGTCTTGTGGCATGTAAATACTGTCTTTCCAAAGGCTTTGATCCAATCGTGTTCGAGTCTGATGGCGATATTGGTGGTGTATGGGCTAAAACCATACGGACCACTAAGCTACAAACATTTAGAGACATGTACCAGTTTGCGGACTTCCCGTGGCCTTCTTCGGTTACCCAAGACTTTCCTACACAATCCCAAGTCATGAACTATCTTCGATCCTATGC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

518 aa · TkA03G465940|TK1151|PROTEIN

MEKKQVVIIGAGISGLVACKYCLSKGFDPIVFESDGDIGGVWAKTIRTTKLQTFRDMYQFADFPWPSSVTQDFPTQSQVMNYLRSYAAQFYLMKHIRFHTVVKEIEYHGDSSFAWSKWNGINGTSPHGKWKVTVEKRGSQSQTPSTELYDADFVILCVGRFKDVPNVPTFAPGTGPEVFRGEVIHSMEYAAMDHEKAEQFIKGKRVVVVGFQKKGLDIAMECSSVNGPEHPCTIVYRKDRWKLSNFVPWGIPLTFLYLNR...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA03G465940`
TK1151 ID	TkA03G465940
OH-1004 ID	LXL04_009710
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)	99.400
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA03G465940

位置 Chr03:116259779-116262440 (-)

描述 Similar to FMO1: Probable flavin-containing monooxygenase 1

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g19250`	建立系统性获得性耐药性所需的。	The Arabidopsis flavin-dependent monooxygenase FMO1 is an essential component of biologically induced systemic acquired resistance.2006 · DOI: 10.1104/pp.106.081257 A role for a flavin-containing mono-oxygenase in resistance against microbial pathogens in Arabidopsis.2006 · DOI: 10.1111/j.1365-313x.2006.02813.x
`At5g45180`	推测含黄素的单加氧酶 2。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_009710 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006082 organic acid metabolic process 生物过程

GO:0006739 NADP+ metabolic process 生物过程

GO:0006805 xenobiotic metabolic process 生物过程

GO:0009404 toxin metabolic process 生物过程

GO:0009626 plant-type hypersensitive response 生物过程

GO:0009627 systemic acquired resistance 生物过程

GO:0042742 defense response to bacterium 生物过程

GO:0046322 negative regulation of fatty acid oxidation 生物过程

GO:0050832 defense response to fungus 生物过程

GO:0051707 response to other organism 生物过程

GO:0062034 L-pipecolic acid biosynthetic process 生物过程

GO:0071456 cellular response to hypoxia 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G19250

ath:AT5G45180

mmu:14262

mmu:55990

rno:84493

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

内质网0.392

排名 1 · TkA03G465940 · TK1151

细胞质0.203

排名 2 · TkA03G465940 · TK1151

线粒体0.114

排名 3 · TkA03G465940 · TK1151

细胞膜0.109

排名 4 · TkA03G465940 · TK1151

细胞核0.086

排名 5 · TkA03G465940 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF13434Lys_Orn_oxgnase2-24 aa

PF00743FMO-like3-496 aa

PF01262AlaDh_PNT_C3-33 aa

PF07992Pyr_redox_24-241 aa

PF21799MurD-like_N4-34 aa

PF01946Thi44-42 aa

PF12831FAD_oxidored5-54 aa

PF03486HI0933_like5-39 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA03G465940	`PF13434`	Lys_Orn_oxgnase	2	24	0.00013	21.9
TkA03G465940	`PF00743`	FMO-like	3	496	1.9e-47	162.7
TkA03G465940	`PF01262`	AlaDh_PNT_C	3	33	0.44	10.7
TkA03G465940	`PF07992`	Pyr_redox_2	4	241	9.3e-08	32.5
TkA03G465940	`PF21799`	MurD-like_N	4	34	0.019	15.9
TkA03G465940	`PF01946`	Thi4	4	42	0.027	14.4
TkA03G465940	`PF12831`	FAD_oxidored	5	54	0.08	12.9
TkA03G465940	`PF03486`	HI0933_like	5	39	0.11	12.7
TkA03G465940	`PF01266`	DAO	6	48	0.0017	18.7
TkA03G465940	`PF00890`	FAD_binding_2	6	40	0.24	11.3
TkA03G465940	`PF13738`	Pyr_redox_3	7	110	1.7e-09	38.1
TkA03G465940	`PF13454`	NAD_binding_9	7	45	0.034	14.9
TkA03G465940	`PF13450`	NAD_binding_8	8	47	5.5e-07	30.5
TkA03G465940	`PF01593`	Amino_oxidase	13	40	0.039	14.0
TkA03G465940	`PF23561`	zf-C2H2_15	84	100	8.1	7.2
TkA03G465940	`PF01593`	Amino_oxidase	94	110	0.039	14.0

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9LMA1`	拟南芥	sp\|Q9LMA1\|FMO1_ARATH Probable flavin-containing monooxygenase 1	37.200%	Swiss-Prot	中等置信
`Q9FKE7`	拟南芥	sp\|Q9FKE7\|FMO2_ARATH Putative flavin-containing monooxygenase 2	35.400%	Swiss-Prot	中等置信

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