TkA03G462790 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA03G462790

当前版本: TK1151 染色体: Chr03 坐标: 115525400-115528245 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2079 bp · TkA03G462790|TK1151|cDNA

AATGTTGTAATCCTCTAACAAATAAGATAGTAAGATAATCCACAGATTTGTCATACCCTCGATATGTTAAACTTATACAAGAGGGGTACAAATTAAGGCGTCCTTATCTGGTATTCAGTATTGAGTATTGACACGAGAAAACAGTTAATCGAAAGTCACGAATTATTAGGCGCGGCACACAGAGGCCTCCATGTTTCCTTCTACTTCTAGGATGACGAAGAAAAGAGACCGAGCGAGCATTGATACGGCAGTCTTCGATA...

CDS

下载 CDS FASTA

1551 bp · TkA03G462790|TK1151|CDS

ATGTTTCCTTCTACTTCTAGGATGACGAAGAAAAGAGACCGAGCGAGCATTGATACGGCAGTCTTCGATATCTGCCGCCGTGAGGTCGGCCATCTTTCAACCCGAAAATTCGTCAACCGGCTCGCCGCTTCAGAGGATCTAGTCCTGAGACTTGCTCTTTCGAGGAAGCTAGAAAAACACAGAGGATGTGTCAACACAGTGAGCTTCAATGATAATGGAGATATACTTGTATCTGGATCAGATGACAGAAGAGTTATACT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

516 aa · TkA03G462790|TK1151|PROTEIN

MFPSTSRMTKKRDRASIDTAVFDICRREVGHLSTRKFVNRLAASEDLVLRLALSRKLEKHRGCVNTVSFNDNGDILVSGSDDRRVILWDWETGNVKLAFHSGHNNNIFQAKIMPGTDDRSIVTCAADGQVRHAMIPENGEIETKLLGKHHGRAHKLANEPGSPHIFYTCGEDGLVQHFDLRTGIATELFSCQPISDRSFTGIINLNSIAIDPRNPNLFAIAGSDEFTRVYDIRQYKWDGSTPFGKPTNYFCPHHLINDEN...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA03G462790`
TK1151 ID	TkA03G462790
OH-1004 ID	LXL04_009691
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)	98.100
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 89.729 / OH-1004 86.372 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID	`TkA03G462790`
位置	Chr03:115525400-115528245 (+)
描述	Similar to DCAF8: DDB1- and CUL4-associated factor 8
拟南芥 / 水稻参考基因与文献	下载当前基因文献拟南芥当前来源表未检出该物种的同源命中。水稻当前来源表未检出该物种的同源命中。
功能注释来源	查看注释来源功能注释来源：OH1004 · `LXL04_009691` · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。
GO 注释（OH1004 来源）	GO:0007283 spermatogenesis 生物过程 GO:0007338 single fertilization 生物过程 GO:0016567 protein ubiquitination 生物过程 GO:0040029 epigenetic regulation of gene expression 生物过程 GO:0005634 nucleus 细胞组分 GO:0005654 nucleoplasm 细胞组分 GO:0005737 cytoplasm 细胞组分 GO:0005739 mitochondrion 细胞组分 GO:0005829 cytosol 细胞组分 GO:0080008 Cul4-RING E3 ubiquitin ligase complex 细胞组分
KEGG 基因交叉引用	hsa:347442 hsa:50717 mmu:98193 rno:364050 xla:431952 以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.740

排名 1 · TkA03G462790 · TK1151

细胞质0.324

排名 2 · TkA03G462790 · TK1151

线粒体0.030

排名 3 · TkA03G462790 · TK1151

细胞膜0.028

排名 4 · TkA03G462790 · TK1151

溶酶体／液泡0.022

排名 5 · TkA03G462790 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF23383Beta-prop_IFT140_1st43-93 aa

PF24105Beta-prop_CAF1B_HIR144-101 aa

PF24817WD40_WDHD1_1st44-100 aa

PF25047Beta-prop_TEP1_2nd50-180 aa

PF24797Beta-prop_WDR35_TULP_N50-94 aa

PF23410Beta-prop_VPS851-105 aa

PF25175Beta-prop_WDR552-187 aa

PF25391WD40_Gbeta52-194 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA03G462790	`PF23383`	Beta-prop_IFT140_1st	43	93	0.035	13.5
TkA03G462790	`PF24105`	Beta-prop_CAF1B_HIR1	44	101	5e-11	42.9
TkA03G462790	`PF24817`	WD40_WDHD1_1st	44	100	6.2e-11	42.7
TkA03G462790	`PF25047`	Beta-prop_TEP1_2nd	50	180	9.4e-10	38.8
TkA03G462790	`PF24797`	Beta-prop_WDR35_TULP_N	50	94	0.33	10.8
TkA03G462790	`PF23410`	Beta-prop_VPS8	51	105	0.012	15.4
TkA03G462790	`PF25175`	Beta-prop_WDR5	52	187	6.7e-31	108.4
TkA03G462790	`PF25391`	WD40_Gbeta	52	194	2.5e-08	34.0
TkA03G462790	`PF23381`	Beta-prop_IFT122_1st	53	132	1.2e-20	74.7
TkA03G462790	`PF23609`	Beta-prop_EIPR1	54	88	1.4e-05	25.5
TkA03G462790	`PF25168`	Beta-prop_WDR36-Utp21_2nd	54	94	0.00086	19.4
TkA03G462790	`PF23775`	Beta-prop_RIG_2nd	54	124	0.0037	17.4
TkA03G462790	`PF23756`	Beta-prop_HPS5	54	92	0.0086	16.1
TkA03G462790	`PF30552`	CFAP251_N	54	100	0.1	12.5
TkA03G462790	`PF00400`	WD40	55	89	1.2e-26	92.7
TkA03G462790	`PF25173`	Beta-prop_WDR3_1st	55	143	1.2e-19	71.4

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

没有找到该查询的结果。

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