TkA03G458080 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA03G458080

当前版本: TK1151 染色体: Chr03 坐标: 114363629-114364273 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

474 bp · TkA03G458080|TK1151|cDNA

ATGGTTGGCATATTTGCATGTTTCTTGATTTTGGCATTGGATGTCACTGCTGGGATTCTTGGGATCAAAGCAGAAGCAGCTCAAAACCAGGGAAAGCATTTGAGGGTTTGGGTGTTCGTGTGTAAAGAACCGAGCCACCACGCATACGTGCTCGGATTTTCAGCAGCAGTTATTCTCGGTGTTGCTCATCTTGTTGCCAATTTGGTGGGAGGGTGCAGTGGTTTTGTATCTAGAGATGAGATGCAGAAATCAGCTCCTAG...

CDS

下载 CDS FASTA

474 bp · TkA03G458080|TK1151|CDS

ATGGTTGGCATATTTGCATGTTTCTTGATTTTGGCATTGGATGTCACTGCTGGGATTCTTGGGATCAAAGCAGAAGCAGCTCAAAACCAGGGAAAGCATTTGAGGGTTTGGGTGTTCGTGTGTAAAGAACCGAGCCACCACGCATACGTGCTCGGATTTTCAGCAGCAGTTATTCTCGGTGTTGCTCATCTTGTTGCCAATTTGGTGGGAGGGTGCAGTGGTTTTGTATCTAGAGATGAGATGCAGAAATCAGCTCCTAG...

蛋白

下载蛋白 FASTA

157 aa · TkA03G458080|TK1151|PROTEIN

MVGIFACFLILALDVTAGILGIKAEAAQNQGKHLRVWVFVCKEPSHHAYVLGFSAAVILGVAHLVANLVGGCSGFVSRDEMQKSAPSKKLSMACLVFTWIIVVVAMSMLVIGTKSNSKSRGSCGLTDHHLLFIGGILCFIHSLFALCYYVTSTPLFH

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA03G458080`
TK1151 ID	TkA03G458080
OH-1004 ID	LXL04_009781
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	59.200
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 97.500 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA03G458080

位置 Chr03:114363629-114364273 (+)

描述 Protein of unknown function

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At2g32280`	与 OPS 一起是胚胎原脉管系统发育和子叶维管复杂性和连接性所必需的。	Members of the DEAL subfamily of the DUF1218 gene family are required for bilateral symmetry but not for dorsoventrality in Arabidopsis leaves.2018 · DOI: 10.1111/nph.14898
`At4g21310`	参与，与 VCC/DEAL1 和 DEAL3 部分冗余，以确保双边对称发育和早期叶缘图案，可能通过生长素和 CUC2 分布的调节。	Members of the DEAL subfamily of the DUF1218 gene family are required for bilateral symmetry but not for dorsoventrality in Arabidopsis leaves.2018 · DOI: 10.1111/nph.14898

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_009781 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0009855 determination of bilateral symmetry 生物过程

GO:0010087 phloem or xylem histogenesis 生物过程

GO:0010305 leaf vascular tissue pattern formation 生物过程

GO:0010588 cotyledon vascular tissue pattern formation 生物过程

GO:0048366 leaf development 生物过程

GO:0048825 cotyledon development 生物过程

GO:0140964 intracellular auxin homeostasis 生物过程

GO:0005789 endoplasmic reticulum membrane 细胞组分

GO:0009507 chloroplast 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G05291

ath:AT1G11500

ath:AT2G32280

ath:AT4G21310

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞膜0.563

排名 1 · TkA03G458080 · TK1151

溶酶体／液泡0.189

排名 2 · TkA03G458080 · TK1151

细胞质0.147

排名 3 · TkA03G458080 · TK1151

内质网0.146

排名 4 · TkA03G458080 · TK1151

高尔基体0.069

排名 5 · TkA03G458080 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF04290DctQ19-111 aa

PF06749DUF121823-26 aa

PF09946DUF217838-150 aa

PF11239DUF304048-69 aa

PF06749DUF121855-143 aa

PF24800DUF770256-149 aa

PF11239DUF304085-125 aa

PF04290DctQ131-143 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA03G458080	`PF04290`	DctQ	19	111	0.0091	16.6
TkA03G458080	`PF06749`	DUF1218	23	26	4.4e-20	72.6
TkA03G458080	`PF09946`	DUF2178	38	150	0.001	19.8
TkA03G458080	`PF11239`	DUF3040	48	69	6.4	7.8
TkA03G458080	`PF06749`	DUF1218	55	143	4.4e-20	72.6
TkA03G458080	`PF24800`	DUF7702	56	149	0.0055	16.7
TkA03G458080	`PF11239`	DUF3040	85	125	6.4	7.8
TkA03G458080	`PF04290`	DctQ	131	143	0.0091	16.6

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9ZV57`	拟南芥	sp\|Q9ZV57\|DEAL1_ARATH Protein VASCULATURE COMPLEXITY AND CONNECTIVITY	58.300%	Swiss-Prot	高置信
`O81898`	拟南芥	sp\|O81898\|DEAL2_ARATH Protein DESIGUAL 2	53.300%	Swiss-Prot	高置信

JBrowse

在基因组浏览器中查看

基因详情