本页使用教程

基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID,查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度,最大 10000 bp

基因概览

TkA03G455470
当前版本: TK1151 染色体: Chr03 坐标: 113699018-113706730 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

2253 bp · TkA03G455470|TK1151|cDNA

ATGTATACTCCTGTAACTGAAGAAGGTGCCAAAGGGGAGCCTCAATATGCCATCACTGATTATGTAAAAGCAGCTCCTCCATCTGTGAGTAATGTACGAATTACTGGAGAAGCCATTGAAGGAAATATAATCAGAGGGGTAGGGGAATATTTTGGAGGAAAAGAAGGCCCCAGCAAGTTTGAGTGGCTGCGAGAAGAGAAGGATACGGGGGGAGCATACTTGGTGTTAATGGGTACAAATGAATATTCTTTAACAAAAGA...

2253 bp · TkA03G455470|TK1151|CDS

ATGTATACTCCTGTAACTGAAGAAGGTGCCAAAGGGGAGCCTCAATATGCCATCACTGATTATGTAAAAGCAGCTCCTCCATCTGTGAGTAATGTACGAATTACTGGAGAAGCCATTGAAGGAAATATAATCAGAGGGGTAGGGGAATATTTTGGAGGAAAAGAAGGCCCCAGCAAGTTTGAGTGGCTGCGAGAAGAGAAGGATACGGGGGGAGCATACTTGGTGTTAATGGGTACAAATGAATATTCTTTAACAAAAGA...

750 aa · TkA03G455470|TK1151|PROTEIN

MYTPVTEEGAKGEPQYAITDYVKAAPPSVSNVRITGEAIEGNIIRGVGEYFGGKEGPSKFEWLREEKDTGGAYLVLMGTNEYSLTKEDVGRHLVFVYVPVNFEGQEGKPLSTVSQIVKQAPPKVTNLKIIGELKEGSKVSVTGIVTGGTEASSRVQWFKTSSSTFENENGVEALSTSKIAKSFRIPLGAVGKYILAKFTPMTPDGEAGEPAYVISDTAIKTLPPSLNFLSITGDYSESGVLTASYGYIGGHEGKSIYNWY...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDTkA03G455470
TK1151 IDTkA03G455470
OH-1004 IDLXL04_027622
关系 / 置信度跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)69.100
蛋白覆盖度 (%)TK1151 99.867 / OH-1004 45.284
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本TK1151 / GWHBCHF00000000
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDTkA03G455470
位置Chr03:113699018-113706730 (-)
描述Similar to AIR9: 187-kDa microtubule-associated protein AIR9
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At2g34680 可能参与细胞板成熟和有丝分裂后横隔正确插入的微管相关蛋白。 暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源:OH1004 · LXL04_027622 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释;下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释(OH1004 来源)
GO:0007059 chromosome segregation 生物过程
GO:0009733 response to auxin 生物过程
GO:0010102 lateral root morphogenesis 生物过程
GO:0023052 signaling 生物过程
GO:0045842 positive regulation of mitotic metaphase/anaphase transition 生物过程
GO:0051301 cell division 生物过程
GO:1901970 positive regulation of mitotic sister chromatid separation 生物过程
GO:0005576 extracellular region 细胞组分
GO:0005634 nucleus 细胞组分
GO:0005694 chromosome 细胞组分
GO:0005737 cytoplasm 细胞组分
GO:0005829 cytosol 细胞组分
KEGG 基因交叉引用
ath:AT2G34680
lmo:lmo0263
mmu:66385
spo:2543597
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号,不代表本基因已获得通路功能验证。

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究;参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时,不自动选择表达记录;缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释,不能替代定位实验。

细胞质0.693
排名 1 · TkA03G455470 · TK1151
细胞核0.333
排名 2 · TkA03G455470 · TK1151
细胞膜0.087
排名 3 · TkA03G455470 · TK1151
线粒体0.073
排名 4 · TkA03G455470 · TK1151
内质网0.066
排名 5 · TkA03G455470 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测,非定位实验结果

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF23197IG_AIR91-18 aa
PF23197IG_AIR928-113 aa
PF13927Ig_355-68 aa
PF16709SCAB-Ig60-93 aa
PF18462DUF5612111-152 aa
PF13927Ig_3121-166 aa
PF23197IG_AIR9123-215 aa
PF08239SH3_3128-163 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
TkA03G455470PF23197IG_AIR91186e-158513.9
TkA03G455470PF23197IG_AIR9281136e-158513.9
TkA03G455470PF13927Ig_355680.02515.8
TkA03G455470PF16709SCAB-Ig60933e-0524.7
TkA03G455470PF18462DUF56121111520.0514.2
TkA03G455470PF13927Ig_31211660.02515.8
TkA03G455470PF23197IG_AIR91232156e-158513.9
TkA03G455470PF08239SH3_31281630.4211.6
TkA03G455470PF16709SCAB-Ig1361693e-0524.7
TkA03G455470PF30705DUF86961501640.8410.7
TkA03G455470PF23197IG_AIR92263116e-158513.9
TkA03G455470PF23197IG_AIR93264046e-158513.9
TkA03G455470PF08239SH3_33283640.4211.6
TkA03G455470PF30705DUF86963453780.8410.7
TkA03G455470PF13927Ig_33543830.02515.8
TkA03G455470PF16709SCAB-Ig3553903e-0524.7

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻;Swiss-Prot 为人工审校条目,TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
F4IIU4拟南芥sp|F4IIU4|AIR9_ARATH 187-kDa microtubule-associated protein AIR966.900%Swiss-Prot高置信

JBrowse

在基因组浏览器中查看