RubberDandelionOmics 橡胶草多组学网站
更多
转录组数据查询 注释 橡胶合成 转录因子预测 靶基因 蛋白关联网络 重测序 工具 下载
ZH EN

本页使用教程

基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

TkA03G453190
当前版本: TK1151 染色体: Chr03 坐标: 113096412-113098905 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

1092 bp · TkA03G453190|TK1151|cDNA

ATGCTAGCGTTGAACGATCACAAGACCATTAATGGTGAGGGAAACCAACTTCAAACTTCTACAAGACCGACTGTTGATCAAAGTAACACTGACACAACCACAACCACAACCACCACTGTCACTACCCCAACTACCGTGAAAAGAAGCTCCAAGTTTCGAGGAGTTAGCAGGCATCGATGGACCGGAAGATATGAGGCTCATTTATGGGATAAAGGGTCGTGGAATGCCACACAAAAAAAGAAAGGAAAACAAGGGGCATA...

CDS

下载 CDS FASTA

1092 bp · TkA03G453190|TK1151|CDS

ATGCTAGCGTTGAACGATCACAAGACCATTAATGGTGAGGGAAACCAACTTCAAACTTCTACAAGACCGACTGTTGATCAAAGTAACACTGACACAACCACAACCACAACCACCACTGTCACTACCCCAACTACCGTGAAAAGAAGCTCCAAGTTTCGAGGAGTTAGCAGGCATCGATGGACCGGAAGATATGAGGCTCATTTATGGGATAAAGGGTCGTGGAATGCCACACAAAAAAAGAAAGGAAAACAAGGGGCATA...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

363 aa · TkA03G453190|TK1151|PROTEIN

MLALNDHKTINGEGNQLQTSTRPTVDQSNTDTTTTTTTTVTTPTTVKRSSKFRGVSRHRWTGRYEAHLWDKGSWNATQKKKGKQGAYDEEESAARAYDLAAIKYWGTTTFTNFQVSDYEKELEIMENTTKEEYLATLRRRSSGFSRGVSKYRGVARHHHNGRWEARIGRVFGNKYLYLGTYSTQEEAAHAYDIAAIEYRGINAVTNFDLSTYIRWLRNGSNSSNGGSSQPQPPPTTAPHHVNPLISDPLPLQITPQNQEL...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDTkA03G453190
TK1151 IDTkA03G453190
OH-1004 IDLXL04_005456
关系 / 置信度跨参考版本对应关系 / Probable
蛋白一致性 (%)95.200
蛋白覆盖度 (%)TK1151 100.000 / OH-1004 90.754
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本TK1151 / GWHBCHF00000000
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDTkA03G453190
位置Chr03:113096412-113098905 (-)
描述Similar to WRI1: Ethylene-responsive transcription factor WRI1
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At3g54320 可能参与应激因子及应激信号转导途径成分对基因表达的调控（通过相似性）。
Contrapuntal networks of gene expression during Arabidopsis seed filling.2002 · DOI: 10.1105/tpc.000877
WRINKLED1 encodes an AP2/EREB domain protein involved in the control of storage compound biosynthesis in Arabidopsis.2004 · DOI: 10.1111/j.1365-313x.2004.02235.x
ACTIVATOR of Spomin::LUC1/WRINKLED1 of Arabidopsis thaliana transactivates sugar-inducible promoters.2005 · DOI: 10.1093/pcp/pci072
A spatiotemporal analysis of enzymatic activities associated with carbon metabolism in wild-type and mutant embryos of Arabidopsis using in situ histochemistry.2006 · DOI: 10.1111/j.1365-313x.2006.02682.x
WRI1 is required for seed germination and seedling establishment.2006 · DOI: 10.1104/pp.106.079574
wrinkled1: A novel, low-seed-oil mutant of Arabidopsis with a deficiency in the seed-specific regulation of carbohydrate metabolism.1998 · DOI: 10.1104/pp.118.1.91
At1g16060 可能充当转录激活因子。 暂无已核实直接文献
At1g79700 可能充当转录激活因子。 暂无已核实直接文献
At1g72570 可能充当转录激活因子。 暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
Os07g0124700 通过促进冒生（冠）根的起始，作为其正调控因子。
The auxin responsive AP2/ERF transcription factor CROWN ROOTLESS5 is involved in crown root initiation in rice through the induction of OsRR1, a type-A response regulator of cytokinin signaling.2011 · DOI: 10.1111/j.1365-313x.2011.04610.x
功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_005456 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0006109 regulation of carbohydrate metabolic process 生物过程
GO:0006110 regulation of glycolytic process 生物过程
GO:0006351 DNA-templated transcription 生物过程
GO:0006355 regulation of DNA-templated transcription 生物过程
GO:0006629 lipid metabolic process 生物过程
GO:0008610 lipid biosynthetic process 生物过程
GO:0009744 response to sucrose 生物过程
GO:0009791 post-embryonic development 生物过程
GO:0009845 seed germination 生物过程
GO:0009873 ethylene-activated signaling pathway 生物过程
GO:0010311 lateral root formation 生物过程
GO:0019432 triglyceride biosynthetic process 生物过程
KEGG 基因交叉引用
ath:AT3G54320
ath:AT5G57390
dosa:Os07g0124700
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.970
排名 1 · TkA03G453190 · TK1151
细胞质0.074
排名 2 · TkA03G453190 · TK1151
细胞膜0.023
排名 3 · TkA03G453190 · TK1151
内质网0.015
排名 4 · TkA03G453190 · TK1151
质体0.014
排名 5 · TkA03G453190 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF01456Mucin10-48 aa
PF05086Dicty_REP18-78 aa
PF00847AP250-106 aa
PF11892PpnN_C120-164 aa
PF00847AP2149-200 aa
PF11892PpnN_C263-313 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
TkA03G453190PF01456Mucin10480.4511.2
TkA03G453190PF05086Dicty_REP18781.37.7
TkA03G453190PF00847AP2501061e-1971.3
TkA03G453190PF11892PpnN_C1201640.1912.5
TkA03G453190PF00847AP21492001e-1971.3
TkA03G453190PF11892PpnN_C2633130.1912.5

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
Q6X5Y6拟南芥sp|Q6X5Y6|WRI1_ARATH Ethylene-responsive transcription factor WRI175.600%Swiss-Prot低置信
Q94AN4拟南芥sp|Q94AN4|AP2L1_ARATH AP2-like ethylene-responsive transcription factor At1g1606075.400%Swiss-Prot低置信
A0JPZ8拟南芥sp|A0JPZ8|AP2L3_ARATH AP2-like ethylene-responsive transcription factor At1g7970070.200%Swiss-Prot低置信
Q1PFE1拟南芥sp|Q1PFE1|AIL1_ARATH AP2-like ethylene-responsive transcription factor AIL166.900%Swiss-Prot低置信
Q84Z02水稻sp|Q84Z02|CRL5_ORYSJ AP2-like ethylene-responsive transcription factor CRL568.100%Swiss-Prot低置信

JBrowse

在基因组浏览器中查看