TkA03G451800 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA03G451800

当前版本: TK1151 染色体: Chr03 坐标: 112744601-112748656 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2061 bp · TkA03G451800|TK1151|cDNA

TAAATGATGGTCAAGTTATTTGCAAACGAAATAAAAAAGGCAAAGAAAAGGGAATACGAGCCCCTCAGATTGTACATAGACACAGTGACGCTAGATCTGTTCCTGGTTCAAATCGGAAGACAAGATGGAGATCGAAAGTCTAACCGCCGATGACTCCTCAGCCACAATGGCGGAAGTGCTGCCGTTGGCATCCGTTTCTCAACAACCTTACGTCTCCGAACTCCTTTCCTTCACTCTCGATCGCCTGCACAAGGAACCGG...

CDS

下载 CDS FASTA

1722 bp · TkA03G451800|TK1151|CDS

ATGGAGATCGAAAGTCTAACCGCCGATGACTCCTCAGCCACAATGGCGGAAGTGCTGCCGTTGGCATCCGTTTCTCAACAACCTTACGTCTCCGAACTCCTTTCCTTCACTCTCGATCGCCTGCACAAGGAACCGGAGCTTCTCCGCGTCGATGCTGAGAGAATTCGTAGGCAGATGCAGGAGGTTGCTGTCAACAACTACCGTGCTTTCATTTCTGCCGCCGATGCTTTGGTTTCTATTCGCCACGAAGTCTCATCAAT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

573 aa · TkA03G451800|TK1151|PROTEIN

MEIESLTADDSSATMAEVLPLASVSQQPYVSELLSFTLDRLHKEPELLRVDAERIRRQMQEVAVNNYRAFISAADALVSIRHEVSSIDKHLESLISEVPKLTSGCSEFIESAENILEKRKMNQTLLANHSTLLDLLEIPQLMDTCVRNGNYDEALDLEAYVNKLSTMHPKLPVIQALTAEVQQTTQSLLSQLLQKLRSNIQLPECLRIIGYLRRIGVYSEYEMRLQFLRCRESWLSGILDDLDQRNAYEYLKGMVNCHRM...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA03G451800`
TK1151 ID	TkA03G451800
OH-1004 ID	LXL04_009621
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)	99.800
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA03G451800

位置 Chr03:112744601-112748656 (+)

描述 Similar to COG8: Conserved oligomeric Golgi complex subunit 8

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g11980`	作为参与高尔基体内蛋白质运输的外周膜 COG 复合物的组成部分。	Arabidopsis COG Complex Subunits COG3 and COG8 Modulate Golgi Morphology, Vesicle Trafficking Homeostasis and Are Essential for Pollen Tube Growth.2016 · DOI: 10.1371/journal.pgen.1006140

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_009621 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0000301 retrograde transport, vesicle recycling within Golgi 生物过程

GO:0006891 intra-Golgi vesicle-mediated transport 生物过程

GO:0007030 Golgi organization 生物过程

GO:0007290 spermatid nucleus elongation 生物过程

GO:0009860 pollen tube growth 生物过程

GO:0015031 protein transport 生物过程

GO:0048193 Golgi vesicle transport 生物过程

GO:0000139 Golgi membrane 细胞组分

GO:0005794 Golgi apparatus 细胞组分

GO:0009506 plasmodesma 细胞组分

GO:0016020 membrane 细胞组分

GO:0017119 Golgi transport complex 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT5G11980

bta:768007

dme:Dmel_CG6488

hsa:84342

mmu:97484

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.539

排名 1 · TkA03G451800 · TK1151

高尔基体0.472

排名 2 · TkA03G451800 · TK1151

细胞核0.152

排名 3 · TkA03G451800 · TK1151

溶酶体／液泡0.143

排名 4 · TkA03G451800 · TK1151

细胞膜0.106

排名 5 · TkA03G451800 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF08700VPS51_Exo84_N23-103 aa

PF04124Dor130-363 aa

PF10475Vps54_N38-198 aa

PF20849TelK_muzzle46-136 aa

PF10392COG5_N48-116 aa

PF20651EXOC6_Sec15_N57-156 aa

PF09763Sec3_CC78-168 aa

PF08700VPS51_Exo84_N107-134 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA03G451800	`PF08700`	VPS51_Exo84_N	23	103	4.4e-13	49.8
TkA03G451800	`PF04124`	Dor1	30	363	1.4e-135	452.3
TkA03G451800	`PF10475`	Vps54_N	38	198	0.00016	21.8
TkA03G451800	`PF20849`	TelK_muzzle	46	136	0.011	16.5
TkA03G451800	`PF10392`	COG5_N	48	116	0.64	11.0
TkA03G451800	`PF20651`	EXOC6_Sec15_N	57	156	0.00052	20.7
TkA03G451800	`PF09763`	Sec3_CC	78	168	2.1	8.9
TkA03G451800	`PF08700`	VPS51_Exo84_N	107	134	4.4e-13	49.8
TkA03G451800	`PF10392`	COG5_N	148	195	0.64	11.0
TkA03G451800	`PF20849`	TelK_muzzle	161	209	0.011	16.5
TkA03G451800	`PF09763`	Sec3_CC	163	204	2.1	8.9
TkA03G451800	`PF08700`	VPS51_Exo84_N	185	187	4.4e-13	49.8

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q84K25`	拟南芥	sp\|Q84K25\|COG8_ARATH Conserved oligomeric Golgi complex subunit 8	79.000%	Swiss-Prot	高置信

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