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基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

TkA03G449890
当前版本: TK1151 染色体: Chr03 坐标: 112239165-112246902 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

2239 bp · TkA03G449890|TK1151|cDNA

CACAACTCTTAGACTAGAAGCGCGTCCATGCCATCAGCCTGTGGACCACCCTTCACAACGCGTTTTAGTGGATCCCACAATTTCGTCCACATTCCCATCTCTATTTTCTGTTGCACAATATTTCCATGACTAAATTCTGTTCTATCCTTCCGTCACCGCCACTCTCCGCCAGACACAGATGCACGGACCCCGATAACATCAGACAAGCTTTTTTAAAGTTCAGTTCAGCTCTTGGTGAATCTGATCTGATACTGTATGTT...

CDS

下载 CDS FASTA

1635 bp · TkA03G449890|TK1151|CDS

ATGTCTCAGAAGAAAGCCTCGCCTCCTCAGGAGCTGCCTTCCGCCTCGTCTTCCGACGCCTGTGGCCGTCGTAAACGTCCTTCTTTCAGAAATGTGGTGCTTGAGGTGATGAATTTCAGCAAAATCAGCAAGTACATGGAGCCGATTTTGGAGCCGATAGTCCGCAAAGTTGTGAAAGAAGAACTAGAGTCAGCAATGGAAAAACACATAGCTGCCATGAACCGGGATACTGTGAATGAAACCGACTCTTCATTACCAAG...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

544 aa · TkA03G449890|TK1151|PROTEIN

MSQKKASPPQELPSASSSDACGRRKRPSFRNVVLEVMNFSKISKYMEPILEPIVRKVVKEELESAMEKHIAAMNRDTVNETDSSLPRKLQLQFLSSLSLPVFTGTRIEGGDCNTLKVALIDASTGKTVPSGIGSLSTVEIVVLEGDFDSNEVDNWTVEEFNNNIVKERQGKKPLLSGNPLLKLEQGIGLVGDLSFTDNSSWTRSRKFRLGARVLGSCDGDRVREAKSESFVVRDHRGELYKKHHPPYLSDEVWRLEKIGK...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDTkA03G449890
TK1151 IDTkA03G449890
OH-1004 IDLXL04_009587
关系 / 置信度跨参考版本对应关系 / 待复核
蛋白一致性 (%)98.700
蛋白覆盖度 (%)TK1151 99.081 / OH-1004 65.809
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本TK1151 / GWHBCHF00000000
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDTkA03G449890
位置Chr03:112239165-112246902 (-)
描述Similar to CBP60A: Calmodulin-binding protein 60 A
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At5g62570 以序列特异性方式结合DNA的转录激活因子，可能的结合序列为5'-GAAATTTTGG-3'，以促进靶基因的表达。 暂无已核实直接文献
At5g57580 以序列特异性方式结合DNA的转录激活因子，可能的结合序列为5'-GAAATTTTGG-3'，以促进靶基因的表达。 暂无已核实直接文献
At2g18750 以序列特异性方式结合DNA的转录激活因子，可能的结合序列为5'-GAAATTTTGG-3'，以促进靶基因的表达。 暂无已核实直接文献
At4g25800 以序列特异性方式结合DNA的转录激活因子，可能的结合序列为5'-GAAATTTTGG-3'，以促进靶基因的表达。 暂无已核实直接文献
At4g31000 以序列特异性方式结合DNA的转录激活因子，可能的结合序列为5'-GAAATTTTGG-3'，以促进靶基因的表达。 暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_009587 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0006351 DNA-templated transcription 生物过程
GO:0080142 regulation of salicylic acid biosynthetic process 生物过程
GO:1900425 negative regulation of defense response to bacterium 生物过程
GO:0005634 nucleus 细胞组分
GO:0005739 mitochondrion 细胞组分
GO:0003700 DNA-binding transcription factor activity 分子功能
GO:0005516 calmodulin binding 分子功能
GO:0043565 sequence-specific DNA binding 分子功能
KEGG 基因交叉引用
ath:AT2G18750
ath:AT2G24300
ath:AT4G25800
ath:AT5G57580
ath:AT5G62570
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.962
排名 1 · TkA03G449890 · TK1151
细胞质0.098
排名 2 · TkA03G449890 · TK1151
细胞膜0.032
排名 3 · TkA03G449890 · TK1151
内质网0.019
排名 4 · TkA03G449890 · TK1151
质体0.015
排名 5 · TkA03G449890 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF23925A-sol_ELP122-79 aa
PF07887Calmodulin_bind89-235 aa
PF15758HRCT1217-249 aa
PF20451Calmod_bind_M248-313 aa
PF20452Calmod_bind_C319-381 aa
PF07887Calmodulin_bind358-401 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
TkA03G449890PF23925A-sol_ELP122790.2911.6
TkA03G449890PF07887Calmodulin_bind892358.1e-57192.2
TkA03G449890PF15758HRCT12172490.1214.0
TkA03G449890PF20451Calmod_bind_M2483132.9e-31108.6
TkA03G449890PF20452Calmod_bind_C3193813.5e-1453.4
TkA03G449890PF07887Calmodulin_bind3584018.1e-57192.2

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
C0SVV6拟南芥sp|C0SVV6|CB60A_ARATH Calmodulin-binding protein 60 A44.300%Swiss-Prot中等置信
Q9FKL6拟南芥sp|Q9FKL6|CB60B_ARATH Calmodulin-binding protein 60 B48.700%Swiss-Prot中等置信
C0SV51拟南芥sp|C0SV51|CB60C_ARATH Calmodulin-binding protein 60 C46.900%Swiss-Prot中等置信
Q0WVV6拟南芥sp|Q0WVV6|CB60D_ARATH Calmodulin-binding protein 60 D47.500%Swiss-Prot中等置信
F4JR57拟南芥sp|F4JR57|CB60F_ARATH Calmodulin-binding protein 60 F35.100%Swiss-Prot中等置信

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