RubberDandelionOmics 橡胶草多组学网站
更多
转录组数据查询 注释 橡胶合成 转录因子预测 靶基因 蛋白关联网络 重测序 工具 下载
ZH EN

本页使用教程

基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

TkA03G448890
当前版本: TK1151 染色体: Chr03 坐标: 111999681-112003731 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

3702 bp · TkA03G448890|TK1151|cDNA

CTTATGTCTCATCTTCATATTACAATCCCAAAAAGTAACAAATATCAATGACACGAGGGTAGCGTTCCTTTCCATGGATTCTTTTCAACTTTCCTTTCTTTTTACTGTTTCTCTGAGAGAACCCCAAAACCCCCTCTAAAACCACCTACTGCTGATCACCGATCATCTTCTCTTCAACAATGGCGGTAGAACAGAGAGACACAGCCACTGTCCGAGTCTCAAACATTCCCCGCTCAGTCACTGCCAAAGACCTCCTCGAC...

CDS

下载 CDS FASTA

3357 bp · TkA03G448890|TK1151|CDS

ATGGCGGTAGAACAGAGAGACACAGCCACTGTCCGAGTCTCAAACATTCCCCGCTCAGTCACTGCCAAAGACCTCCTCGACTTCCTCGAATCCCACACCGGAAAATCCACCGTCTTCGCCTGCGAAATATCCTCCGATCACAAAAACTGGAAGTCTAGAGGCTTCGGTCGTGTCCAATTCGAAACCCTAGAATCCAAGTCCAACGCGATTGCCCTTTCCGCACAGGGCAACCTCTGCCTCAAGGGTTTCAACCTCTCCCT...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

1118 aa · TkA03G448890|TK1151|PROTEIN

MAVEQRDTATVRVSNIPRSVTAKDLLDFLESHTGKSTVFACEISSDHKNWKSRGFGRVQFETLESKSNAIALSAQGNLCLKGFNLSLTHSLDDVIFRPVDPQNRFEQGFLRTGLLSKSDCMYVLESWGDVKAWVLPERKSLEFWVKHCGDLYRLELQFSDVLEASPCCIDSEEPTAVLLKLKHAPKLYQRLSGSKVSPRFTADRYHVCKEDFEFTWVRTTDFSSKKSIGQSSTLCLEFKHGSLALNSFKTLPFYIKDLVK...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDTkA03G448890
TK1151 IDTkA03G448890
OH-1004 IDLXL04_009567
关系 / 置信度跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)99.800
蛋白覆盖度 (%)TK1151 100.000 / OH-1004 100.000
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本TK1151 / GWHBCHF00000000
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDTkA03G448890
位置Chr03:111999681-112003731 (-)
描述Similar to RDR2: RNA-dependent RNA polymerase 2
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At4g11130 RNA 依赖性直接聚合酶参与小干扰 RNA 的产生。
Genetic and functional diversification of small RNA pathways in plants.2004 · DOI: 10.1371/journal.pbio.0020104
MicroRNA-targeted and small interfering RNA-mediated mRNA degradation is regulated by argonaute, dicer, and RNA-dependent RNA polymerase in Arabidopsis.2006 · DOI: 10.1105/tpc.106.042127
An SNF2 protein associated with nuclear RNA silencing and the spread of a silencing signal between cells in Arabidopsis.2007 · DOI: 10.1105/tpc.107.051540
Nuclear gene silencing directs reception of long-distance mRNA silencing in Arabidopsis.2007 · DOI: 10.1073/pnas.0706701104
siRNA-mediated methylation of Arabidopsis telomeres.2010 · DOI: 10.1371/journal.pgen.1000986
In vitro transcription activities of Pol IV, Pol V, and RDR2 reveal coupling of Pol IV and RDR2 for dsRNA synthesis in plant RNA silencing.2012 · DOI: 10.1016/j.molcel.2012.09.027
Structure and RNA template requirements of Arabidopsis RNA-DEPENDENT RNA POLYMERASE 2.2021 · DOI: 10.1073/pnas.2115899118
At1g14790 RNA依赖性直接聚合酶参与抗病毒沉默。
Analysis of the involvement of an inducible Arabidopsis RNA-dependent RNA polymerase in antiviral defense.2003 · DOI: 10.1094/mpmi.2003.16.3.206
Small RNA deep sequencing reveals role for Arabidopsis thaliana RNA-dependent RNA polymerases in viral siRNA biogenesis.2009 · DOI: 10.1371/journal.pone.0004971
RNAi-mediated viral immunity requires amplification of virus-derived siRNAs in Arabidopsis thaliana.2010 · DOI: 10.1073/pnas.0904086107
Arabidopsis RNA-dependent RNA polymerases and dicer-like proteins in antiviral defense and small interfering RNA biogenesis during Turnip Mosaic Virus infection.2010 · DOI: 10.1105/tpc.109.073056

水稻

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
Os04g0465700 可能参与RNA沉默途径，并且对小干扰RNA（siRNA）的生成是必需的。 暂无已核实直接文献
Os02g0736200 可能参与RNA沉默途径，并且对小干扰RNA（siRNA）的生成是必需的。 暂无已核实直接文献
Os01g0527600 参与 RNA 沉默途径。
The small interfering RNA production pathway is required for shoot meristem initiation in rice.2007 · DOI: 10.1073/pnas.0704339104
功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_009567 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0006952 defense response 生物过程
GO:0009615 response to virus 生物过程
GO:0009751 response to salicylic acid 生物过程
GO:0010025 wax biosynthetic process 生物过程
GO:0010492 maintenance of shoot apical meristem identity 生物过程
GO:0010495 siRNA-mediated long-distance post-transcriptional gene silencing 生物过程
GO:0030422 siRNA processing 生物过程
GO:0035194 regulatory ncRNA-mediated post-transcriptional gene silencing 生物过程
GO:0050832 defense response to fungus 生物过程
GO:0060148 positive regulation of post-transcriptional gene silencing 生物过程
GO:0140745 siRNA transcription 生物过程
GO:0005634 nucleus 细胞组分
KEGG 基因交叉引用
ath:AT1G14790
ath:AT4G11130
dosa:Os01g0527600
dosa:Os02g0736200
dosa:Os04g0465700
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.592
排名 1 · TkA03G448890 · TK1151
细胞质0.358
排名 2 · TkA03G448890 · TK1151
细胞膜0.060
排名 3 · TkA03G448890 · TK1151
质体0.036
排名 4 · TkA03G448890 · TK1151
内质网0.033
排名 5 · TkA03G448890 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF24572RBD_RDR67-43 aa
PF26250RRM_RdRP1_210-93 aa
PF00076RRM_111-71 aa
PF24572RBD_RDR654-84 aa
PF24823PH_RDR2110-261 aa
PF24577RDR6_2nd154-236 aa
PF26252RdRP_helical277-355 aa
PF05183RdRP378-955 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
TkA03G448890PF24572RBD_RDR67430.04614.6
TkA03G448890PF26250RRM_RdRP1_210936.8e-2794.4
TkA03G448890PF00076RRM_111712.3e-0524.9
TkA03G448890PF24572RBD_RDR654840.04614.6
TkA03G448890PF24823PH_RDR21102611.7e-56191.2
TkA03G448890PF24577RDR6_2nd1542360.0001822.0
TkA03G448890PF26252RdRP_helical2773556.7e-1246.0
TkA03G448890PF05183RdRP3789552.8e-186621.4
TkA03G448890PF02812ELFV_dehydrog_N5726030.1712.3
TkA03G448890PF00076RRM_18578712.3e-0524.9
TkA03G448890PF26250RRM_RdRP1_28598816.8e-2794.4
TkA03G448890PF26253RdRP_head97711111.3e-36126.7
TkA03G448890PF02812ELFV_dehydrog_N104510720.1712.3

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
O82504拟南芥sp|O82504|RDR2_ARATH RNA-dependent RNA polymerase 256.500%Swiss-Prot高置信
Q9LQV2拟南芥sp|Q9LQV2|RDR1_ARATH RNA-dependent RNA polymerase 139.900%Swiss-Prot中等置信
Q7XM31水稻sp|Q7XM31|RDR2_ORYSJ Probable RNA-dependent RNA polymerase 252.100%Swiss-Prot高置信
Q0DXS3水稻sp|Q0DXS3|RDR1_ORYSJ Probable RNA-dependent RNA polymerase 144.500%Swiss-Prot中等置信
Q8LHH9水稻sp|Q8LHH9|SHL2_ORYSJ Probable RNA-dependent RNA polymerase SHL235.600%Swiss-Prot中等置信

JBrowse

在基因组浏览器中查看