TkA03G447270 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA03G447270

当前版本: TK1151 染色体: Chr03 坐标: 111589858-111592850 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1889 bp · TkA03G447270|TK1151|cDNA

CCATTTATAGTATCTTCAACAATCACCACCATTCGCCCACTTCCCCTTTTCTATTGATTTGTTAAATCCCAACGCCTTTGTCACCACCACTAATAAGTGCCTACTGGTCTCTTTGACGCTTTCCATCTCCAAGTAAATCTCACATACTTTTCAGCCAAAAACCAAAAAAAAAAGAAAAAAAAATCCCACCTAGCTCACTATATTCCGACCATTTTCTGAAAATCAAGATTTTCTTGAAGTTATAATCGACTCAAAATTGT...

CDS

下载 CDS FASTA

1410 bp · TkA03G447270|TK1151|CDS

ATGTCTTTGAACATTCTATCTCCAACAGAAGTCAGAGCCATCTCTTTCTTGGACACCTCCAAATTCAACACCCATCTTCTCAAGCTTCAAGGTGGGTTCTCTTTTAAGAGGAATGCTAGTAAGTTAAAATGTGGAAAGGGGATCCAATGTGCGGCGGCGCCACCTCCTTCGGCATGGCCGGGAACGGCTGCTGTTACGCCGGGGTCTAAGAACTGGAATGGCCCTAAGCCTATTTCAATCATCGGATCCACTGGTTCCGT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

469 aa · TkA03G447270|TK1151|PROTEIN

MSLNILSPTEVRAISFLDTSKFNTHLLKLQGGFSFKRNASKLKCGKGIQCAAAPPPSAWPGTAAVTPGSKNWNGPKPISIIGSTGSVGTQTLDIVAEHPDKFKVVALAAGSNVTLLADQIKAFKPQLVSIKNESLVNELKEALAGADYMPEIIPGDQGVIEVARHPDCVTVVTGIMGCAGLKPTVAAIEAGKNIALANKETLIAGGPFVLPLAHKHNVKILPADSEHSAIFQCIQGFPEGALRRIILTASGGAFRDWPVE...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA03G447270`
TK1151 ID	TkA03G447270
OH-1004 ID	LXL04_009548
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)	97.100
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA03G447270

位置 Chr03:111589858-111592850 (-)

描述 Similar to DXR: 1-deoxy-D-xylulose 5-phosphate reductoisomerase, chloroplastic

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g62790`	质体非甲羟戊酸途径中的异戊二烯类生物合成酶，催化NADPH依赖的1-脱氧-D-木酮糖5-磷酸（DXP）重排及还原，生成2-C-甲基-D-赤藓醇4-磷酸（MEP）。	暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os01g0106900`	质体非甲羟戊酸途径中的异戊二烯类生物合成酶，催化NADPH依赖的1-脱氧-D-木酮糖5-磷酸（DXP）重排及还原，生成2-C-甲基-D-赤藓醇4-磷酸（MEP）。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_009548 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0008299 isoprenoid biosynthetic process 生物过程

GO:0019288 isopentenyl diphosphate biosynthetic process, methylerythritol 4-phosphate pathway 生物过程

GO:0051484 isopentenyl diphosphate biosynthetic process, methylerythritol 4-phosphate pathway involved in terpenoid biosynthetic process 生物过程

GO:0009507 chloroplast 细胞组分

GO:0009570 chloroplast stroma 细胞组分

GO:0030145 manganese ion binding 分子功能

GO:0030604 1-deoxy-D-xylulose-5-phosphate reductoisomerase activity 分子功能

GO:0070402 NADPH binding 分子功能

KEGG 基因交叉引用

amr:AM1_0563

ath:AT5G62790

dosa:Os01g0106900

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

质体0.887

排名 1 · TkA03G447270 · TK1151

线粒体0.180

排名 2 · TkA03G447270 · TK1151

细胞质0.031

排名 3 · TkA03G447270 · TK1151

细胞核0.015

排名 4 · TkA03G447270 · TK1151

过氧化物酶体0.013

排名 5 · TkA03G447270 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF05368NmrA77-148 aa

PF02670DXP_reductoisom78-206 aa

PF01118Semialdhyde_dh78-141 aa

PF03447NAD_binding_385-220 aa

PF08436DXP_redisom_C220-303 aa

PF13288DXPR_C335-457 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA03G447270	`PF05368`	NmrA	77	148	0.18	12.1
TkA03G447270	`PF02670`	DXP_reductoisom	78	206	6.3e-48	163.4
TkA03G447270	`PF01118`	Semialdhyde_dh	78	141	0.0063	17.6
TkA03G447270	`PF03447`	NAD_binding_3	85	220	0.26	12.7
TkA03G447270	`PF08436`	DXP_redisom_C	220	303	2.1e-38	131.0
TkA03G447270	`PF13288`	DXPR_C	335	457	1.3e-37	129.3

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9XFS9`	拟南芥	sp\|Q9XFS9\|DXR_ARATH 1-deoxy-D-xylulose 5-phosphate reductoisomerase, chloroplastic	80.900%	Swiss-Prot	高置信
`Q8W250`	水稻	sp\|Q8W250\|DXR_ORYSJ 1-deoxy-D-xylulose 5-phosphate reductoisomerase, chloroplastic	78.500%	Swiss-Prot	高置信

JBrowse

在基因组浏览器中查看

基因详情