TkA03G445490 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA03G445490

当前版本: TK1151 染色体: Chr03 坐标: 111106309-111111612 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1513 bp · TkA03G445490|TK1151|cDNA

TTGAAGCCCATTTTCCTCCCTTCCCGTCTCCCTCCCTCCCTCGTCCTCTTTTCTCGCCGCCTCAGATCTTCCAATTTTCACATTTTGTTAACAATTTCATTTTTATTAATCATAAATAACATCACAATCATCGATTTGCTCATCAGCAGCTGACTGGAGTTTCATTATCCAAATCAGAATGGAGATCTGAGAGACAAAAGTTCGAAGTTTAGGCTCCAAAAGGAAGGAAAGTGAAATATGACCTTTGTGCCCTTAATTTA...

CDS

下载 CDS FASTA

1029 bp · TkA03G445490|TK1151|CDS

ATGGATGTAGGACACTGCTACTTAGATGGAAACGCGGATGTTGTTGAGTTTTGCCCCCACAATTCCTTCCACCATGTCCTTGCTGCTTCAACTTACACCCTCCAAGAAGGCGATAACCCAACTAGATCCGGAAGCATTTCCCTTTTCAACATCAACTTAAAGAAACTCGATTTATCTTACCGATTAAAAACCGCTGGTATCTTTGACATGAAATGGAACCCTATTATAGGAAGCACCACAACCCGCCCATTGCTAGCCCA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

342 aa · TkA03G445490|TK1151|PROTEIN

MDVGHCYLDGNADVVEFCPHNSFHHVLAASTYTLQEGDNPTRSGSISLFNINLKKLDLSYRLKTAGIFDMKWNPIIGSTTTRPLLAQADADGFLKIHHLKSSDNNQLHDLQEVINQKLTSSMCLCLDWDPLATSISVGHSDGSVSLTAFQETKTTILQEWKAHEFEVWATSFDPHQPHLVYTGSDDCKLKGWDLRNYPSSPTFQNSKSHQMGVCCIAKSPHCPYTLYTGSYDEKLRVWDVRSISRPVNEVNLGGGVWRIK...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA03G445490`
TK1151 ID	TkA03G445490
OH-1004 ID	LXL04_009533
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)	99.700
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 98.844 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID	`TkA03G445490`
位置	Chr03:111106309-111111612 (+)
描述	Similar to Dph7: Diphthine methyltransferase
拟南芥 / 水稻参考基因与文献	下载当前基因文献拟南芥当前来源表未检出该物种的同源命中。水稻当前来源表未检出该物种的同源命中。
功能注释来源	查看注释来源功能注释来源：OH1004 · `LXL04_009533` · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。
GO 注释（OH1004 来源）	GO:0017183 protein histidyl modification to diphthamide 生物过程 GO:0032456 endocytic recycling 生物过程 GO:0005634 nucleus 细胞组分 GO:0005737 cytoplasm 细胞组分 GO:0005768 endosome 细胞组分 GO:0005829 cytosol 细胞组分 GO:0051723 protein methylesterase activity 分子功能 GO:0061685 diphthine methylesterase activity 分子功能
KEGG 基因交叉引用	ddi:DDB_G0270178 hsa:92715 mmu:67228 sce:YBR246W spo:2539212 以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.661

排名 1 · TkA03G445490 · TK1151

细胞核0.538

排名 2 · TkA03G445490 · TK1151

过氧化物酶体0.079

排名 3 · TkA03G445490 · TK1151

线粒体0.054

排名 4 · TkA03G445490 · TK1151

溶酶体／液泡0.045

排名 5 · TkA03G445490 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF16814Read-through25-55 aa

PF24807WD40_CDC20-Fz41-194 aa

PF24817WD40_WDHD1_1st41-75 aa

PF23381Beta-prop_IFT122_1st42-110 aa

PF25173Beta-prop_WDR3_1st43-73 aa

PF12894ANAPC4_WD4043-73 aa

PF24814WD40_Prp1946-253 aa

PF29037DSE1_N69-103 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA03G445490	`PF16814`	Read-through	25	55	0.098	13.2
TkA03G445490	`PF24807`	WD40_CDC20-Fz	41	194	2.5e-21	77.0
TkA03G445490	`PF24817`	WD40_WDHD1_1st	41	75	1e-06	28.9
TkA03G445490	`PF23381`	Beta-prop_IFT122_1st	42	110	1.8e-19	70.8
TkA03G445490	`PF25173`	Beta-prop_WDR3_1st	43	73	8.1e-12	45.9
TkA03G445490	`PF12894`	ANAPC4_WD40	43	73	0.011	16.7
TkA03G445490	`PF24814`	WD40_Prp19	46	253	3.3e-09	36.9
TkA03G445490	`PF29037`	DSE1_N	69	103	0.0022	17.9
TkA03G445490	`PF23098`	Beta-prop_NOL10_N	75	195	0.0064	16.4
TkA03G445490	`PF23414`	Beta-prop_EML_2	80	104	2e-08	34.7
TkA03G445490	`PF24796`	WDR55	81	241	5.8e-13	49.3
TkA03G445490	`PF23756`	Beta-prop_HPS5	81	156	0.0092	16.0
TkA03G445490	`PF23383`	Beta-prop_IFT140_1st	81	108	0.088	12.2
TkA03G445490	`PF23393`	Beta-prop_WDR90_POC16_2nd	82	183	0.00067	19.7
TkA03G445490	`PF24817`	WD40_WDHD1_1st	83	132	1e-06	28.9
TkA03G445490	`PF12894`	ANAPC4_WD40	83	156	0.011	16.7

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

没有找到该查询的结果。

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