TkA03G443030 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA03G443030

当前版本: TK1151 染色体: Chr03 坐标: 110425389-110430387 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2922 bp · TkA03G443030|TK1151|cDNA

TCTCGATTGGAAAGACCTTTGTCACGTGAAATCGACCATCTTCTGTCATTTATATATATATGCACGCACACCCTGTATAATCTGTTTTAGATTCAGAACAAACCAGAAGCCCTCTTCCTCTTTCTGCCATTACAACCTATACATACAGATTTCTATATCTATATACTGTAACTGCAACAGCAAGAGGAGGGGATCGATCGGTGCACAGGAAGGGAGTCTGGTACCGCAAGTATATAGAGACAGAATTGCTTCTGTATGTC...

CDS

下载 CDS FASTA

2310 bp · TkA03G443030|TK1151|CDS

ATGGCCTCAGCTTCGCAAAAGACGTCGCATTCCTCCGATGATTCCCTTCCAATCCGCCGTCAAATTGTTCCAGCCTCTGCCGACGTCTTCGTCGTCCAGGATTGGAATAACGACGATCAGGCGCTGCCGATCAAGAATTCCGCGATCAGTCCTTCTGATCCTTCCGCTAATGCTCCGACGAAAGGAATCCAAGTCCTAACAAGAGCTCAAACCAGTCATCCATTGGATCCATTATCTGCTGCTGAAATCAAAGTAGCTGT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

769 aa · TkA03G443030|TK1151|PROTEIN

MASASQKTSHSSDDSLPIRRQIVPASADVFVVQDWNNDDQALPIKNSAISPSDPSANAPTKGIQVLTRAQTSHPLDPLSAAEIKVAVATVRAAGATPEVRDGMRFVEVVLSEPDKNIVALADAYFFPPFQPSLLPRSKGGAVIPTKLPPRRARLVVYNKKSNKTSVWIVELSEVHATTRGGHHRGKVISSKVVLDVQPPMDAVEYADCEAVVKDYPPFREAMKKRGIEDMDLVMVDAWCVGYHSEADAPSRRLAKPLIFC...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA03G443030`
TK1151 ID	TkA03G443030
OH-1004 ID	LXL04_009503
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 待复核
蛋白一致性 (%)	99.700
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA03G443030

位置 Chr03:110425389-110430387 (+)

描述 Similar to maoII: Copper methylamine oxidase (Arthrobacter sp. (strain P1)

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At2g42490`	参与过氧化物酶体中的腐胺分解代谢。	Copper-containing amine oxidases contribute to terminal polyamine oxidation in peroxisomes and apoplast of Arabidopsis thaliana.2013 · DOI: 10.1186/1471-2229-13-109

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_009503 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0002237 response to molecule of bacterial origin 生物过程

GO:0009308 amine metabolic process 生物过程

GO:0009447 putrescine catabolic process 生物过程

GO:0009611 response to wounding 生物过程

GO:0009733 response to auxin 生物过程

GO:0009737 response to abscisic acid 生物过程

GO:0009751 response to salicylic acid 生物过程

GO:0009753 response to jasmonic acid 生物过程

GO:0009820 alkaloid metabolic process 生物过程

GO:0010311 lateral root formation 生物过程

GO:0042179 nicotine biosynthetic process 生物过程

GO:0005777 peroxisome 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT2G42490

nta:107768026

nta:107807126

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

过氧化物酶体0.524

排名 1 · TkA03G443030 · TK1151

细胞质0.231

排名 2 · TkA03G443030 · TK1151

线粒体0.121

排名 3 · TkA03G443030 · TK1151

内质网0.096

排名 4 · TkA03G443030 · TK1151

细胞核0.094

排名 5 · TkA03G443030 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF02727Cu_amine_oxidN273-172 aa

PF02728Cu_amine_oxidN3204-312 aa

PF01179Cu_amine_oxid338-742 aa

PF07812TfuA503-582 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA03G443030	`PF02727`	Cu_amine_oxidN2	73	172	2.2e-06	28.5
TkA03G443030	`PF02728`	Cu_amine_oxidN3	204	312	1e-25	90.6
TkA03G443030	`PF01179`	Cu_amine_oxid	338	742	4.1e-152	507.4
TkA03G443030	`PF07812`	TfuA	503	582	0.026	15.0

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q8L866`	拟南芥	sp\|Q8L866\|CUAOZ_ARATH Amine oxidase [copper-containing] zeta, peroxisomal	80.800%	Swiss-Prot	高置信

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