TkA03G442960 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA03G442960

当前版本: TK1151 染色体: Chr03 坐标: 110388227-110392087 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2291 bp · TkA03G442960|TK1151|cDNA

GGAAAATATCATTCGTTCCCTGCCCCTCTTTTCCTTCCATCAGATCAGTCAAACTCTCGAGCGCTTTTCAAAACCCTAACCTGGAATTGGGAAATATCGTTGATTTCGACCTCCAATTTTACTCAACCGTGATGAATCATTACGACTCCAGAATTGCGGACACTGGTTCTTACCATCAACGTCGGAGTGATTTTATGGGATTACCGCATTCGTCGGGACCCCCTGCCGGTGCTGCTTCAAACTATGTCCGCGGCGGACCG...

CDS

下载 CDS FASTA

1539 bp · TkA03G442960|TK1151|CDS

ATGGAAGAGGAGGGAGAGGTTTCAGTTCTGGGAGAGGGGTGGTGGAAGAACAAGCATGGAGGCTTTGATAGCGGTAGAAGCAGAGGAGGAAGAGGTGGTGGCTCTAAAGGAGACTTGGATAGTATAGCTTTACCAAAACAAGATTTTATCAACTTGGTACCATTCGAGAAGAACTTCTATCGCGAGTCTCCATCTGTAAGTGACATGACTGATCAAGAGGTGGCAGTTTACCGTGGCAGGAGGGAGATCACTGTTGAAGG...

蛋白

下载蛋白 FASTA

512 aa · TkA03G442960|TK1151|PROTEIN

MEEEGEVSVLGEGWWKNKHGGFDSGRSRGGRGGGSKGDLDSIALPKQDFINLVPFEKNFYRESPSVSDMTDQEVAVYRGRREITVEGHDVPKPIRMFHEAGFPGYCLDVIARLGFIEPTPIQAQGWPMALKGRDLIGIAETGSGKTLSYLLPAVVHVSAQPPLVYGDGPIVLVLAPTRELAVQIQQEAGKFSSQSNIRSTCIYGGAPKGPQIRDLQRGVEIVIGTPGRLIDMLEARHTNLKRVTYLVLDEADRMLDMGFE...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA03G442960`
TK1151 ID	TkA03G442960
OH-1004 ID	LXL04_009501
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	99.800
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 93.359 / OH-1004 74.804 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA03G442960

位置 Chr03:110388227-110392087 (+)

描述 Similar to RH30: DEAD-box ATP-dependent RNA helicase 30

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g63120`	ATP 依赖性 RNA 解旋酶，参与无义介导的 mRNA 降解和通过 rRNA 加工的核糖体生成。	暂无已核实直接文献
`At1g55150`	ATP 依赖性 RNA 解旋酶，参与无义介导的 mRNA 降解和通过 rRNA 加工的核糖体生成。	暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os01g0911100`	ATP 依赖性 RNA 解旋酶，参与无义介导的 mRNA 降解和通过 rRNA 加工的核糖体生成。	暂无已核实直接文献
`Os01g0197200`	ATP 依赖性 RNA 解旋酶，参与无义介导的 mRNA 降解和通过 rRNA 加工的核糖体生成。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_009501 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0000184 nuclear-transcribed mRNA catabolic process, nonsense-mediated decay 生物过程

GO:0000380 alternative mRNA splicing, via spliceosome 生物过程

GO:0006364 rRNA processing 生物过程

GO:0006369 termination of RNA polymerase II transcription 生物过程

GO:0009616 RNAi-mediated antiviral immune response 生物过程

GO:0071042 nuclear polyadenylation-dependent mRNA catabolic process 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005730 nucleolus 细胞组分

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:1990904 ribonucleoprotein complex 细胞组分

GO:0002151 G-quadruplex RNA binding 分子功能

GO:0003723 RNA binding 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ani:ANIA_05931

ath:AT1G55150

ath:AT5G63120

kla:KLLA0_F23716g

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.630

排名 1 · TkA03G442960 · TK1151

细胞质0.488

排名 2 · TkA03G442960 · TK1151

内质网0.054

排名 3 · TkA03G442960 · TK1151

细胞膜0.048

排名 4 · TkA03G442960 · TK1151

线粒体0.033

排名 5 · TkA03G442960 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00270DEAD119-289 aa

PF04851ResIII139-283 aa

PF00271Helicase_C171-211 aa

PF14617CMS1219-250 aa

PF00271Helicase_C280-303 aa

PF00271Helicase_C326-435 aa

PF04851ResIII329-360 aa

PF00270DEAD333-413 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA03G442960	`PF00270`	DEAD	119	289	9e-51	172.6
TkA03G442960	`PF04851`	ResIII	139	283	1.5e-05	25.7
TkA03G442960	`PF00271`	Helicase_C	171	211	5.8e-33	114.2
TkA03G442960	`PF14617`	CMS1	219	250	0.17	11.9
TkA03G442960	`PF00271`	Helicase_C	280	303	5.8e-33	114.2
TkA03G442960	`PF00271`	Helicase_C	326	435	5.8e-33	114.2
TkA03G442960	`PF04851`	ResIII	329	360	1.5e-05	25.7
TkA03G442960	`PF00270`	DEAD	333	413	9e-51	172.6
TkA03G442960	`PF13344`	Hydrolase_6	436	468	0.15	12.9

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q8W4R3`	拟南芥	sp\|Q8W4R3\|RH30_ARATH DEAD-box ATP-dependent RNA helicase 30	73.300%	Swiss-Prot	高置信
`Q9C718`	拟南芥	sp\|Q9C718\|RH20_ARATH DEAD-box ATP-dependent RNA helicase 20	73.300%	Swiss-Prot	高置信
`Q5N7W4`	水稻	sp\|Q5N7W4\|RH30_ORYSJ DEAD-box ATP-dependent RNA helicase 30	72.000%	Swiss-Prot	高置信
`Q5QMN3`	水稻	sp\|Q5QMN3\|RH20_ORYSJ DEAD-box ATP-dependent RNA helicase 20	72.100%	Swiss-Prot	高置信

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