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基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

TkA03G442020
当前版本: TK1151 染色体: Chr03 坐标: 110152989-110157743 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

1265 bp · TkA03G442020|TK1151|cDNA

TGTGCATGTCTACCAGGTAATTTAATATCATGTCAATATGTAGCTACTGATTTTAGTTACTTTTCATTCATCATTATTTGTATATTATTGTTACTTTATCAGCTTAGTGAAGAGGGACCTTGTGAAGATTTAGATGGAGATAGCCAACTTTCCAGCTTTAGTGAATGGATTCTTCCTGCCAAGGACTTTGATGGCATGTGGGAAAGCCTAGTTTATGAATCTGGTTTGAAGCAACGGTTACTAAGATATGCAGCAAGTGC...

CDS

下载 CDS FASTA

1824 bp · TkA03G442020|TK1151|CDS

ATGTCTAGATACTTAAACCGCGGTTATGGATCCGACGACCATCTTAACTTCCGTAGGGATCCTATAGTCACCTATGATGTTCCTCAACCCAACAACGTCCACTTGGTATATGATGACAACCGCATCATGTTTGAGGAGGAGCGCCCTTTTGTTGGTTACCCTAACCGTGTAGTCTTTGAGGAACATCGTGTTAGTCCTATGCATAAACAATACCGCCATGGTTCAGTAGAGCCACGCAAGCATGTTCACTTTGTTGAGCA...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

607 aa · TkA03G442020|TK1151|PROTEIN

MSRYLNRGYGSDDHLNFRRDPIVTYDVPQPNNVHLVYDDNRIMFEEERPFVGYPNRVVFEEHRVSPMHKQYRHGSVEPRKHVHFVEHDERVTESVDSFGNRKVHKESVDTIDNFGKEKVYKETIDTEADGFINRKHKNFELNKFGTFNSTPMEISVQNVTNGDAPHDQTGVVPESAVSSSPAPAVAEDKFLISVEVCLKPSSTARIEDVKLAVERMLENRNLSYADGPVDIPQDDTFLTDNVQRICICDTEEWVSNNDIL...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDTkA03G442020
TK1151 IDTkA03G442020
OH-1004 IDLXL04_009494
关系 / 置信度跨参考版本对应关系 / Probable
蛋白一致性 (%)94.800
蛋白覆盖度 (%)TK1151 100.000 / OH-1004 100.000
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本TK1151 / GWHBCHF00000000
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDTkA03G442020
位置Chr03:110152989-110157743 (-)
描述Similar to PCH2: Pachytene checkpoint protein 2 homolog
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At4g24710 在减数分裂过程中的染色体重组中发挥关键作用。
Arabidopsis PCH2 Mediates Meiotic Chromosome Remodeling and Maturation of Crossovers.2015 · DOI: 10.1371/journal.pgen.1005372

水稻

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
UniProt: A2XUN8 在减数分裂过程中的染色体重组中发挥关键作用。 暂无已核实直接文献
Os04g0479000 在减数分裂过程中的染色体重组中发挥关键作用。 暂无已核实直接文献
功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_009494 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0006302 double-strand break repair 生物过程
GO:0007094 mitotic spindle assembly checkpoint signaling 生物过程
GO:0007129 homologous chromosome pairing at meiosis 生物过程
GO:0007130 synaptonemal complex assembly 生物过程
GO:0007131 reciprocal meiotic recombination 生物过程
GO:0007141 male meiosis I 生物过程
GO:0007144 female meiosis I 生物过程
GO:0007283 spermatogenesis 生物过程
GO:0007286 spermatid development 生物过程
GO:0042138 meiotic DNA double-strand break formation 生物过程
GO:0051026 chiasma assembly 生物过程
GO:0051598 meiotic recombination checkpoint signaling 生物过程
KEGG 基因交叉引用
ath:AT4G24710
dosa:Os04g0479000
mmu:69716
rno:292206
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.541
排名 1 · TkA03G442020 · TK1151
细胞核0.352
排名 2 · TkA03G442020 · TK1151
内质网0.123
排名 3 · TkA03G442020 · TK1151
细胞膜0.096
排名 4 · TkA03G442020 · TK1151
高尔基体0.092
排名 5 · TkA03G442020 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00005ABC_tran47-108 aa
PF23563TRIP13_N93-112 aa
PF23563TRIP13_N188-277 aa
PF12775AAA_7337-367 aa
PF20720nSTAND3342-392 aa
PF13173AAA_14342-432 aa
PF00005ABC_tran342-407 aa
PF24883NPHP3_N342-375 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
TkA03G442020PF00005ABC_tran471080.0008720.6
TkA03G442020PF23563TRIP13_N931123.6e-2898.3
TkA03G442020PF23563TRIP13_N1882773.6e-2898.3
TkA03G442020PF12775AAA_73373670.01915.2
TkA03G442020PF20720nSTAND33423926.6e-0523.4
TkA03G442020PF13173AAA_143424320.0003521.3
TkA03G442020PF00005ABC_tran3424070.0008720.6
TkA03G442020PF24883NPHP3_N3423750.001419.5
TkA03G442020PF02367TsaE3423690.004417.7
TkA03G442020PF13604AAA_303424280.008416.6
TkA03G442020PF01637ATPase_23424310.01615.7
TkA03G442020PF03215Rad173423710.03614.7
TkA03G442020PF20703nSTAND13424660.04914.0
TkA03G442020PF01695IstB_IS213423690.05613.7
TkA03G442020PF06745ATPase3423600.07713.1
TkA03G442020PF13245AAA_193423670.1213.3

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
Q8H1F9拟南芥sp|Q8H1F9|PCH2_ARATH Pachytene checkpoint protein 2 homolog73.700%Swiss-Prot高置信
A2XUN8水稻sp|A2XUN8|PCH2_ORYSI Pachytene checkpoint protein 2 homolog72.100%Swiss-Prot高置信
Q7XK25水稻sp|Q7XK25|PCH2_ORYSJ Pachytene checkpoint protein 2 homolog72.100%Swiss-Prot高置信

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