TkA03G440630 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA03G440630

当前版本: TK1151 染色体: Chr03 坐标: 109782406-109785463 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

603 bp · TkA03G440630|TK1151|cDNA

CCCTTCAAGACGAGAAACCTTGGTTCTCAAAAATTCAATCTTAAAGTGAACGCATGCCAGACCGTTGGATTAGTTGGTCAAAGCGAGTCCGGTAAGTCAACAATGGTCAATCTGCTAGAAAGATTCTATGATCCCATCCATGGGGAGATATTACTAGATGGAATTAACATAAAGTTGTTCCAGTTAAAGTGGTTACGTAGTCAGATGGGTTTAGTAAGCCAGGAGCCTATACTTTTTGCAACATCCATTAAAGAGAACAT...

CDS

下载 CDS FASTA

603 bp · TkA03G440630|TK1151|CDS

CCCTTCAAGACGAGAAACCTTGGTTCTCAAAAATTCAATCTTAAAGTGAACGCATGCCAGACCGTTGGATTAGTTGGTCAAAGCGAGTCCGGTAAGTCAACAATGGTCAATCTGCTAGAAAGATTCTATGATCCCATCCATGGGGAGATATTACTAGATGGAATTAACATAAAGTTGTTCCAGTTAAAGTGGTTACGTAGTCAGATGGGTTTAGTAAGCCAGGAGCCTATACTTTTTGCAACATCCATTAAAGAGAACAT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

200 aa · TkA03G440630|TK1151|PROTEIN

PFKTRNLGSQKFNLKVNACQTVGLVGQSESGKSTMVNLLERFYDPIHGEILLDGINIKLFQLKWLRSQMGLVSQEPILFATSIKENILFGKESATSEEIIEASKKANSHNFITQLPNGYDTLVGELGTQMSGGQKQRISIARALLREPKILLLDEATSSLDSHSAQAVQAIVQDALEKTMVGRTCVMTSHRLSTIQDRIK

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA03G440630`
TK1151 ID	TkA03G440630
OH-1004 ID	LXL04_009468
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	83.200
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 98.000 / OH-1004 15.764 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA03G440630

位置 Chr03:109782406-109785463 (+)

描述 Similar to Os02g0190300: Putative multidrug resistance protein

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At3g28345`	ABC 转运蛋白 B 家族成员 15。	暂无已核实直接文献
`At3g28390`	ABC转运蛋白B家族成员18。	暂无已核实直接文献
`At3g28380`	ABC转运蛋白B家族成员17。	暂无已核实直接文献
`At3g28415`	ABC转运蛋白B家族成员22。	暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os02g0190300`	推测的多药耐药蛋白。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_009468 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0055085 transmembrane transport 生物过程

GO:0005739 mitochondrion 细胞组分

GO:0009506 plasmodesma 细胞组分

GO:0016020 membrane 细胞组分

GO:0005524 ATP binding 分子功能

GO:0016887 ATP hydrolysis activity 分子功能

GO:0042626 ATPase-coupled transmembrane transporter activity 分子功能

GO:0140359 ABC-type transporter activity 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT3G28345

ath:AT3G28380

ath:AT3G28390

ath:AT3G28415

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.362

排名 1 · TkA03G440630 · TK1151

过氧化物酶体0.188

排名 2 · TkA03G440630 · TK1151

线粒体0.178

排名 3 · TkA03G440630 · TK1151

细胞核0.114

排名 4 · TkA03G440630 · TK1151

溶酶体／液泡0.053

排名 5 · TkA03G440630 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00005ABC_tran11-158 aa

PF03193RsgA_GTPase16-40 aa

PF00503G-alpha20-46 aa

PF13555AAA_2921-36 aa

PF01926MMR_HSR121-39 aa

PF13304AAA_2123-89 aa

PF13401AAA_2223-160 aa

PF09818ABC_ATPase24-46 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA03G440630	`PF00005`	ABC_tran	11	158	6.4e-31	108.5
TkA03G440630	`PF03193`	RsgA_GTPase	16	40	0.068	13.7
TkA03G440630	`PF00503`	G-alpha	20	46	0.039	13.8
TkA03G440630	`PF13555`	AAA_29	21	36	0.042	14.3
TkA03G440630	`PF01926`	MMR_HSR1	21	39	0.072	13.9
TkA03G440630	`PF13304`	AAA_21	23	89	0.011	16.4
TkA03G440630	`PF13401`	AAA_22	23	160	0.039	15.0
TkA03G440630	`PF09818`	ABC_ATPase	24	46	5e-05	23.2
TkA03G440630	`PF02463`	SMC_N	51	178	0.0072	16.5
TkA03G440630	`PF03193`	RsgA_GTPase	84	103	0.068	13.7
TkA03G440630	`PF09818`	ABC_ATPase	104	160	5e-05	23.2
TkA03G440630	`PF13304`	AAA_21	129	190	0.011	16.4
TkA03G440630	`PF01926`	MMR_HSR1	131	131	0.072	13.9
TkA03G440630	`PF13558`	SbcC_Walker_B	146	170	0.018	16.0

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9LHD1`	拟南芥	sp\|Q9LHD1\|AB15B_ARATH ABC transporter B family member 15	64.000%	Swiss-Prot	高置信
`Q9LSJ5`	拟南芥	sp\|Q9LSJ5\|AB18B_ARATH ABC transporter B family member 18	63.000%	Swiss-Prot	高置信
`Q9LSJ6`	拟南芥	sp\|Q9LSJ6\|AB17B_ARATH ABC transporter B family member 17	63.000%	Swiss-Prot	高置信
`Q9LSJ2`	拟南芥	sp\|Q9LSJ2\|AB22B_ARATH ABC transporter B family member 22	62.500%	Swiss-Prot	高置信
`Q6YUU5`	水稻	sp\|Q6YUU5\|MDR_ORYSJ Putative multidrug resistance protein	65.600%	Swiss-Prot	高置信

JBrowse

在基因组浏览器中查看

基因详情