TkA03G440410 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA03G440410

当前版本: TK1151 染色体: Chr03 坐标: 109729940-109732119 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1908 bp · TkA03G440410|TK1151|cDNA

TCCTCCACTCACAACATGAATAAGTTGTTATGATAATATTTTGATACATTTTTCAGGTAATTTTAGCATCACACACATTCTTCTCTCTCATCTTCCTCTCACTACGCCTCCATTATTGATTCTTGATGGTTGTTCATGCCCGTATGTAACCTTTACATTTCAACTTGCACTCTTCATAAATTACGTACTCTACATCTTTCCCCTATATAAACCACCCTCGAACTCCCCAAATTTCATCATCATCATCATTATCAAAATCA...

CDS

下载 CDS FASTA

1080 bp · TkA03G440410|TK1151|CDS

ATGGCGATCAACAAGTTCCTTTTACTTTCCCTTTCTTTATCTTTACTTTTAGGCATTGCATTGAGCTTCGACTTCCACGAAAATGAGCTAGAAACGGAGGACAGTTTATGGGACATGTACGAGCGGTGGCGGAGCCACCACAAAGTGGCGGCAAGCCACCCCGAGAAGGAGAGGCGGTTCAATGTCTTTAAAGCCAATGCTTTTCATGTTCATGAAACCAACAAAATGGACAAACCTTATAAGTTGAAGCTTAACAAGTT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

359 aa · TkA03G440410|TK1151|PROTEIN

MAINKFLLLSLSLSLLLGIALSFDFHENELETEDSLWDMYERWRSHHKVAASHPEKERRFNVFKANAFHVHETNKMDKPYKLKLNKFADMTNYEFRAMFAGSKIKHHRMLQGDRIGNKTFMYENVDYVPTSVDWRKKGAVTPVKDQGQCGSCWAFSTVVAVEGINYIKTKELVSLSEQELVDCDTSENQGCSGGLMDLAFDYIKKIGGLTKEDDYPYMAIDGRCDSKKENAPVVSIDGHEDVPKNNEKALMKAVAHQPVS...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA03G440410`
TK1151 ID	TkA03G440410
OH-1004 ID	LXL04_009464
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 待复核
蛋白一致性 (%)	98.600
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA03G440410

位置 Chr03:109729940-109732119 (-)

描述 Similar to CYSEP: Vignain

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g50260`	具有体外蛋白酶活性。	KDEL-tailed cysteine endopeptidases involved in programmed cell death, intercalation of new cells, and dismantling of extensin scaffolds.2008 · DOI: 10.3732/ajb.2007404 Endoplasmic reticulum KDEL-tailed cysteine endopeptidase 1 of Arabidopsis (AtCEP1) is involved in pathogen defense.2014 · DOI: 10.3389/fpls.2014.00058 The cysteine protease CEP1, a key executor involved in tapetal programmed cell death, regulates pollen development in Arabidopsis.2014 · DOI: 10.1105/tpc.114.127282
`At3g48340`	参与发育程序性细胞死亡的最后阶段和新细胞的插入。	KDEL-tailed cysteine endopeptidases involved in programmed cell death, intercalation of new cells, and dismantling of extensin scaffolds.2008 · DOI: 10.3732/ajb.2007404

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_009464 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006508 proteolysis 生物过程

GO:0009555 pollen development 生物过程

GO:0009626 plant-type hypersensitive response 生物过程

GO:0010623 programmed cell death involved in cell development 生物过程

GO:0048658 anther wall tapetum development 生物过程

GO:0050832 defense response to fungus 生物过程

GO:0051603 proteolysis involved in protein catabolic process 生物过程

GO:0000325 plant-type vacuole 细胞组分

GO:0005576 extracellular region 细胞组分

GO:0005615 extracellular space 细胞组分

GO:0005764 lysosome 细胞组分

GO:0005783 endoplasmic reticulum 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT5G50260

rcu:8278243

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

溶酶体／液泡0.679

排名 1 · TkA03G440410 · TK1151

细胞质0.169

排名 2 · TkA03G440410 · TK1151

细胞外0.145

排名 3 · TkA03G440410 · TK1151

内质网0.126

排名 4 · TkA03G440410 · TK1151

细胞膜0.107

排名 5 · TkA03G440410 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF08246Inhibitor_I2940-95 aa

PF07892DUF1667125-145 aa

PF00112Peptidase_C1128-344 aa

PF03051Peptidase_C1_2141-160 aa

PF07892DUF1667225-267 aa

PF03051Peptidase_C1_2286-324 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA03G440410	`PF08246`	Inhibitor_I29	40	95	8.7e-12	45.9
TkA03G440410	`PF07892`	DUF1667	125	145	0.065	14.0
TkA03G440410	`PF00112`	Peptidase_C1	128	344	5.5e-87	292.2
TkA03G440410	`PF03051`	Peptidase_C1_2	141	160	0.00013	21.6
TkA03G440410	`PF07892`	DUF1667	225	267	0.065	14.0
TkA03G440410	`PF03051`	Peptidase_C1_2	286	324	0.00013	21.6

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9FGR9`	拟南芥	sp\|Q9FGR9\|CEP1_ARATH KDEL-tailed cysteine endopeptidase CEP1	67.300%	Swiss-Prot	高置信
`Q9STL4`	拟南芥	sp\|Q9STL4\|CEP2_ARATH KDEL-tailed cysteine endopeptidase CEP2	66.100%	Swiss-Prot	高置信

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