RubberDandelionOmics 橡胶草多组学网站
更多
转录组数据查询 注释 橡胶合成 转录因子预测 靶基因 蛋白关联网络 重测序 工具 下载
ZH EN

本页使用教程

基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

TkA03G430470
当前版本: TK1151 染色体: Chr03 坐标: 107149874-107155814 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

4867 bp · TkA03G430470|TK1151|cDNA

GATAGAAGCATGATTTTGAAGAAACATGCTTATAATGGACAAAATCATTAAGTTTGAGTATTTTACCATTTATTATGTGCGAGATCTCAGCCCTTCAATAAACTACAATTTAGTAGAAACCTTCACGTTTCCCACTTATTGCTTTTTACAGTCCATGAGTCATTCTCACACTGTACCAAATGTCTGCAATAAAATTTAGAAACAAGGTGACCCATTAGTCAATTAAAGAAGAAAACCTACCGTTGAATGCCAGAGTTTGT...

CDS

下载 CDS FASTA

3999 bp · TkA03G430470|TK1151|CDS

ATGGCCTGCATGTTAAATTCCGATCCAAGGCGTTTGTATTCTTGGTGGTGGGACAGCCATATTAGCCCTAAAAATTCAAAATGGCTTCAAGAGAATCTTACAGATATGGATACGAAAGTGAAGTCCATGATCAAATTGATTGAAGAAGACGCAGATTCATTTGCAAGGAGGGCAGAAATGTACTACAAGAAGCGACCTGAGCTCATGAAACTGGTGGAAGAGTTCTACCGAGCTTACCGTGCACTAGCGGAACGATACGA...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

1332 aa · TkA03G430470|TK1151|PROTEIN

MACMLNSDPRRLYSWWWDSHISPKNSKWLQENLTDMDTKVKSMIKLIEEDADSFARRAEMYYKKRPELMKLVEEFYRAYRALAERYDYATGELRHAQKTLQAAFPDQVHFTLPEDSSSSSSIPDDQTTESFIKIFEIGKLNKALTDLTTEKESLLAQYRESLERICSVDEELNRAVEKAKVLDGIAIEAEKEVHLLKESLRVLQVEKDAGLAKQMEYLDTISDLEEKIEETQGMSEAQVRDLMDKLKKLESENDSGLLEY...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDTkA03G430470
TK1151 IDTkA03G430470
OH-1004 IDLXL04_009375
关系 / 置信度跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)97.800
蛋白覆盖度 (%)TK1151 100.000 / OH-1004 97.788
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本TK1151 / GWHBCHF00000000
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDTkA03G430470
位置Chr03:107149874-107155814 (-)
描述Similar to NET1A: Protein NETWORKED 1A
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At4g14760 植物特异性肌动蛋白结合蛋白。 暂无已核实直接文献
At3g22790 植物特异性肌动蛋白结合蛋白。
A superfamily of actin-binding proteins at the actin-membrane nexus of higher plants.2012 · DOI: 10.1016/j.cub.2012.06.041
At1g03080 植物特异性肌动蛋白结合蛋白。 暂无已核实直接文献
At4g02710 植物特异性肌动蛋白结合蛋白。 暂无已核实直接文献
At2g22560 植物特异性肌动蛋白结合蛋白。 暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_009375 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0005634 nucleus 细胞组分
GO:0005856 cytoskeleton 细胞组分
GO:0005886 plasma membrane 细胞组分
GO:0009506 plasmodesma 细胞组分
GO:0051015 actin filament binding 分子功能
KEGG 基因交叉引用
ath:AT1G03080
ath:AT3G22790
ath:AT4G14760
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.481
排名 1 · TkA03G430470 · TK1151
细胞核0.254
排名 2 · TkA03G430470 · TK1151
细胞膜0.237
排名 3 · TkA03G430470 · TK1151
高尔基体0.087
排名 4 · TkA03G430470 · TK1151
内质网0.078
排名 5 · TkA03G430470 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF07765KIP114-87 aa
PF11887Mce4_CUP134-87 aa
PF00261Tropomyosin39-237 aa
PF24319DUF7491139-175 aa
PF24319DUF7491189-236 aa
PF07765KIP1217-232 aa
PF07439DUF1515233-290 aa
PF24319DUF7491234-276 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
TkA03G430470PF07765KIP114872e-38131.0
TkA03G430470PF11887Mce4_CUP134870.01215.9
TkA03G430470PF00261Tropomyosin392370.0007719.7
TkA03G430470PF24319DUF74911391750.009316.9
TkA03G430470PF24319DUF74911892360.009316.9
TkA03G430470PF07765KIP12172322e-38131.0
TkA03G430470PF07439DUF15152332901.89.3
TkA03G430470PF24319DUF74912342760.009316.9
TkA03G430470PF10393Matrilin_ccoil2362480.03814.4
TkA03G430470PF00261Tropomyosin2433120.0007719.7
TkA03G430470PF10393Matrilin_ccoil2632740.03814.4
TkA03G430470PF11887Mce4_CUP12663400.01215.9
TkA03G430470PF07765KIP12673082e-38131.0
TkA03G430470PF24319DUF74912683450.009316.9
TkA03G430470PF00261Tropomyosin3224840.0007719.7
TkA03G430470PF24319DUF74913534110.009316.9

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
F4JIF4拟南芥sp|F4JIF4|NET1B_ARATH Protein NETWORKED 1B30.400%Swiss-Prot中等置信
Q9LUI2拟南芥sp|Q9LUI2|NET1A_ARATH Protein NETWORKED 1A30.300%Swiss-Prot中等置信
F4HZB5拟南芥sp|F4HZB5|NET1D_ARATH Protein NETWORKED 1D29.600%Swiss-Prot低置信
Q9ZQX8拟南芥sp|Q9ZQX8|NET1C_ARATH Protein NETWORKED 1C31.400%Swiss-Prot低置信
F4IJK1拟南芥sp|F4IJK1|NET2D_ARATH Protein NETWORKED 2D58.400%Swiss-Prot低置信

JBrowse

在基因组浏览器中查看