TkA03G428720 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA03G428720

当前版本: TK1151 染色体: Chr03 坐标: 106666946-106667608 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

477 bp · TkA03G428720|TK1151|cDNA

ATGGATTTTTTTCACAGATTCCTCAATTTTGTTGCTCCAATCGCAACCCTCTCTGCACTCTTCTTCGTCACACCGCTTTATTGCGCTTTCAAACTCTTAAGCTATATCGATCGTTCCATTTCTAAGGAAGACGTCGCCGGAAAAGTAGTTTTGATCGTCGGAGCATCTTCAGGAATCGGCGAGCATATCGCGTATGAGTACGCCAGAAGAGGAGCATGTTTGGTCCTGGCAGCTAGAAGAGAGAAGAGTCTCCGTGAAGT...

CDS

下载 CDS FASTA

477 bp · TkA03G428720|TK1151|CDS

ATGGATTTTTTTCACAGATTCCTCAATTTTGTTGCTCCAATCGCAACCCTCTCTGCACTCTTCTTCGTCACACCGCTTTATTGCGCTTTCAAACTCTTAAGCTATATCGATCGTTCCATTTCTAAGGAAGACGTCGCCGGAAAAGTAGTTTTGATCGTCGGAGCATCTTCAGGAATCGGCGAGCATATCGCGTATGAGTACGCCAGAAGAGGAGCATGTTTGGTCCTGGCAGCTAGAAGAGAGAAGAGTCTCCGTGAAGT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

158 aa · TkA03G428720|TK1151|PROTEIN

MDFFHRFLNFVAPIATLSALFFVTPLYCAFKLLSYIDRSISKEDVAGKVVLIVGASSGIGEHIAYEYARRGACLVLAARREKSLREVSATAKFLGAPEAIAIPTDVSSINDCKRLIDQTINHFGQLNHLVNCAGVTPMCMLEEITDITSFTSVMVIAI

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA03G428720`
TK1151 ID	TkA03G428720
OH-1004 ID	LXL04_009356
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 待复核
蛋白一致性 (%)	99.300
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 96.203 / OH-1004 66.376 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA03G428720

位置 Chr03:106666946-106667608 (+)

描述 Similar to SOP2: 11-beta-hydroxysteroid dehydrogenase A

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g50600`	催化 11-β、17-β-羟基类固醇并还原 17-β-酮类固醇。	At5g50600 encodes a member of the short-chain dehydrogenase reductase superfamily with 11beta- and 17beta-hydroxysteroid dehydrogenase activities associated with Arabidopsis thaliana seed oil bodies.2007 · DOI: 10.1016/j.biochi.2006.09.013 A putative hydroxysteroid dehydrogenase involved in regulating plant growth and development.2007 · DOI: 10.1104/pp.107.100560 Regulation of HSD1 in seeds of Arabidopsis thaliana.2009 · DOI: 10.1093/pcp/pcp092
`At5g50700`	催化 11-β、17-β-羟基类固醇并还原 17-β-酮类固醇。	Regulation of HSD1 in seeds of Arabidopsis thaliana.2009 · DOI: 10.1093/pcp/pcp092
`At3g47350`	11-β-羟类固醇脱氢酶样2。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_009356 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006694 steroid biosynthetic process 生物过程

GO:0008202 steroid metabolic process 生物过程

GO:0009737 response to abscisic acid 生物过程

GO:0009741 response to brassinosteroid 生物过程

GO:0005811 lipid droplet 细胞组分

GO:0005829 cytosol 细胞组分

GO:0009507 chloroplast 细胞组分

GO:0016020 membrane 细胞组分

GO:0004303 estradiol 17-beta-dehydrogenase [NAD(P)+] activity 分子功能

GO:0016491 oxidoreductase activity 分子功能

GO:0070523 11-beta-hydroxysteroid dehydrogenase (NAD+) activity 分子功能

GO:0070524 11-beta-hydroxysteroid dehydrogenase (NADP+) activity 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT3G47350

ath:AT5G50600

ath:AT5G50700

sind:105158152

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

内质网0.390

排名 1 · TkA03G428720 · TK1151

高尔基体0.169

排名 2 · TkA03G428720 · TK1151

细胞质0.162

排名 3 · TkA03G428720 · TK1151

溶酶体／液泡0.120

排名 4 · TkA03G428720 · TK1151

细胞膜0.112

排名 5 · TkA03G428720 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF12242Eno-Rase_NADH_b25-60 aa

PF02882THF_DHG_CYH_C42-97 aa

PF00106adh_short48-155 aa

PF08659KR50-146 aa

PF13561adh_short_C254-148 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA03G428720	`PF12242`	Eno-Rase_NADH_b	25	60	0.02	15.3
TkA03G428720	`PF02882`	THF_DHG_CYH_C	42	97	0.0056	16.9
TkA03G428720	`PF00106`	adh_short	48	155	1.3e-21	77.7
TkA03G428720	`PF08659`	KR	50	146	4.2e-08	34.0
TkA03G428720	`PF13561`	adh_short_C2	54	148	6.7e-16	59.3

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`P0DKC5`	拟南芥	sp\|P0DKC5\|HSD1A_ARATH 11-beta-hydroxysteroid dehydrogenase 1A	52.000%	Swiss-Prot	高置信
`P0DKC6`	拟南芥	sp\|P0DKC6\|HSD1B_ARATH 11-beta-hydroxysteroid dehydrogenase 1B	52.000%	Swiss-Prot	高置信
`Q9STY8`	拟南芥	sp\|Q9STY8\|HSD2_ARATH 11-beta-hydroxysteroid dehydrogenase-like 2	50.000%	Swiss-Prot	高置信

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