TkA03G421560 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA03G421560

当前版本: TK1151 染色体: Chr03 坐标: 104966310-104966779 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

378 bp · TkA03G421560|TK1151|cDNA

ATTGCGACTCTTACTGGACTGGGTTACATAGATAAATGCTTCTCGACAACAGGTGGACGTGTTTTTGCGCTTTTCTGGATCTTGTTGGGTACTATTTATGTAGCCCAATTGCTCTTTACTTTTGCTCTGTTACATACTGAAAGAAGGCAAAGATCGTTGGTCAAATGGGTTCTTGAAAGAAAAACAACGATTTCTGACCTTGAGGCAGCTGATTTTGACTGTGATGGCATCGTTGTAGCTGCTGAGTTCGTTGTCTATAA...

CDS

下载 CDS FASTA

378 bp · TkA03G421560|TK1151|CDS

ATTGCGACTCTTACTGGACTGGGTTACATAGATAAATGCTTCTCGACAACAGGTGGACGTGTTTTTGCGCTTTTCTGGATCTTGTTGGGTACTATTTATGTAGCCCAATTGCTCTTTACTTTTGCTCTGTTACATACTGAAAGAAGGCAAAGATCGTTGGTCAAATGGGTTCTTGAAAGAAAAACAACGATTTCTGACCTTGAGGCAGCTGATTTTGACTGTGATGGCATCGTTGTAGCTGCTGAGTTCGTTGTCTATAA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

125 aa · TkA03G421560|TK1151|PROTEIN

IATLTGLGYIDKCFSTTGGRVFALFWILLGTIYVAQLLFTFALLHTERRQRSLVKWVLERKTTISDLEAADFDCDGIVVAAEFVVYKLKEMGKISEDDITPIMEEFEELDFDKTGTLSASDLRLS

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA03G421560`
TK1151 ID	TkA03G421560
OH-1004 ID	LXL04_031029
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	80.000
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 34.435 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA03G421560

位置 Chr03:104966310-104966779 (-)

描述 Similar to TPK1: Two-pore potassium channel 1

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g55630`	电压无关、大电导和钾选择性液泡膜离子通道。	TPK1 is a vacuolar ion channel different from the slow-vacuolar cation channel.2005 · DOI: 10.1104/pp.105.065599 TPK1, a Ca(2+)-regulated Arabidopsis vacuole two-pore K(+) channel is activated by 14-3-3 proteins.2007 · DOI: 10.1111/j.1365-313x.2007.03255.x
`At5g46370`	可能的电压非依赖性钾选择性液泡膜离子通道。	暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os03g0752300`	高选择性内向整流钾通道，专门位于大液泡的液泡膜中。	Rice two-pore K+ channels are expressed in different types of vacuoles.2011 · DOI: 10.1105/tpc.110.081463
`Os07g0108800`	高选择性内向整流钾通道，特异性位于蛋白贮藏液泡的液泡膜上。	Rice two-pore K+ channels are expressed in different types of vacuoles.2011 · DOI: 10.1105/tpc.110.081463
`Os09g0299400`	内向整流钾通道。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_031029 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0010027 thylakoid membrane organization 生物过程

GO:0010029 regulation of seed germination 生物过程

GO:0010119 regulation of stomatal movement 生物过程

GO:0010196 nonphotochemical quenching 生物过程

GO:0030007 intracellular potassium ion homeostasis 生物过程

GO:0071257 cellular response to electrical stimulus 生物过程

GO:0071805 potassium ion transmembrane transport 生物过程

GO:0097623 potassium ion export across plasma membrane 生物过程

GO:1990573 potassium ion import across plasma membrane 生物过程

GO:0005773 vacuole 细胞组分

GO:0005774 vacuolar membrane 细胞组分

GO:0005886 plasma membrane 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT4G01840

ath:AT4G18160

ath:AT5G55630

dosa:Os03g0752300

dosa:Os07g0108800

osa:4334137

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞膜0.516

排名 1 · TkA03G421560 · TK1151

溶酶体／液泡0.160

排名 2 · TkA03G421560 · TK1151

内质网0.154

排名 3 · TkA03G421560 · TK1151

细胞质0.118

排名 4 · TkA03G421560 · TK1151

高尔基体0.085

排名 5 · TkA03G421560 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF07885Ion_trans_22-42 aa

PF13833EF-hand_869-86 aa

PF00036EF-hand_169-78 aa

PF13405EF-hand_670-83 aa

PF13405EF-hand_692-100 aa

PF00036EF-hand_192-103 aa

PF13833EF-hand_894-121 aa

PF13405EF-hand_6102-123 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA03G421560	`PF07885`	Ion_trans_2	2	42	0.00026	21.5
TkA03G421560	`PF13833`	EF-hand_8	69	86	0.0021	18.5
TkA03G421560	`PF00036`	EF-hand_1	69	78	0.0028	17.8
TkA03G421560	`PF13405`	EF-hand_6	70	83	0.00025	21.2
TkA03G421560	`PF13405`	EF-hand_6	92	100	0.00025	21.2
TkA03G421560	`PF00036`	EF-hand_1	92	103	0.0028	17.8
TkA03G421560	`PF13833`	EF-hand_8	94	121	0.0021	18.5
TkA03G421560	`PF13405`	EF-hand_6	102	123	0.00025	21.2
TkA03G421560	`PF13499`	EF-hand_7	102	123	0.00045	21.2
TkA03G421560	`PF00036`	EF-hand_1	103	123	0.0028	17.8

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q8LBL1`	拟南芥	sp\|Q8LBL1\|KCO1_ARATH Two-pore potassium channel 1	59.700%	Swiss-Prot	高置信
`Q9FL25`	拟南芥	sp\|Q9FL25\|KCO2_ARATH Two-pore potassium channel 2	41.000%	Swiss-Prot	中等置信
`Q850M0`	水稻	sp\|Q850M0\|KCO1_ORYSJ Two pore potassium channel a	58.900%	Swiss-Prot	高置信
`Q8LIN5`	水稻	sp\|Q8LIN5\|KCO2_ORYSJ Two pore potassium channel b	57.000%	Swiss-Prot	高置信
`Q69TN4`	水稻	sp\|Q69TN4\|KCO3_ORYSJ Two pore potassium channel c	44.300%	Swiss-Prot	中等置信

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