TkA03G417140 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA03G417140

当前版本: TK1151 染色体: Chr03 坐标: 103805251-103807630 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1477 bp · TkA03G417140|TK1151|cDNA

TCTCTCTCTCTCTCTCTCCTCATGTTTATATATACCTGAACTCCATCATCCTTATAGACTCACATTACTTTTCCAGTTCTCTTCGGTGTTTAGTTCCAAATTATAAACTACAAGATCCTAACTAAAAGTTTCAAAAATGGCAGCTTTTTCGTACCAACAACACCAATCTCTACTCCTTGATCAGAGTGTTTTCTTTCCATACCATACCACCACCACCACCACCACCACCACCACCGCCACCTCTTTCTCTGATCAGTTCC...

CDS

下载 CDS FASTA

957 bp · TkA03G417140|TK1151|CDS

ATGGCAGCTTTTTCGTACCAACAACACCAATCTCTACTCCTTGATCAGAGTGTTTTCTTTCCATACCATACCACCACCACCACCACCACCACCACCACCGCCACCTCTTTCTCTGATCAGTTCCACCAACACCACCATGATCAAGTTTCTGAATCAAACCAGTTGCAGAGCCCAGGCTCTTCAATGTCAATGGTTCTTGATGATCAGAAAATTTCGAGTGGGAATGAGTTGTTGGCCAAGAAAAGGAAGGACAAACAAAT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

318 aa · TkA03G417140|TK1151|PROTEIN

MAAFSYQQHQSLLLDQSVFFPYHTTTTTTTTTTATSFSDQFHQHHHDQVSESNQLQSPGSSMSMVLDDQKISSGNELLAKKRKDKQMCSVNHAQSKDTSTKIKKLKKSNDYQEEKRKKNITKQSSCDEEGAIGYIHVRARRGQATDSHSLAERVRREKISERMKLLQAIVPGCDKVTGKALMLDEIINYVQSLQNQVEFLSMKLASVNPMLYDFGVDLDTFMLKPDENMSSMVLPIMPIPSVQQCSTNGVATVAATFAPA...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA03G417140`
TK1151 ID	TkA03G417140
OH-1004 ID	LXL04_009309
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	97.200
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA03G417140

位置 Chr03:103805251-103807630 (+)

描述 Similar to BHLH137: Transcription factor bHLH137

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g50915`	转录因子bHLH137。	暂无已核实直接文献
`At1g10120`	参与细胞伸长的转录激活剂。	Multiple bHLH proteins form heterodimers to mediate CRY2-dependent regulation of flowering-time in Arabidopsis.2013 · DOI: 10.1371/journal.pgen.1003861

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os09g0510500`	转录激活因子，与 LO9-177 和 ILI5/BUL1 一起，通过调节细胞伸长促进叶片倾斜和谷粒大小。	暂无已核实直接文献
`UniProt: A2YXI4`	与BCL2一起，通过增加赤霉素(GA)生物合成，至少部分地正向调控细胞伸长。	暂无已核实直接文献
`Os08g0536800`	与BCL2一起，通过增加赤霉素(GA)生物合成，至少部分地正向调控细胞伸长。	Modulation of Rice Leaf Angle and Grain Size by Expressing OsBCL1 and OsBCL2 under the Control of OsBUL1 Promoter.2021 · DOI: 10.3390/ijms22157792

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_009309 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006351 DNA-templated transcription 生物过程

GO:0006355 regulation of DNA-templated transcription 生物过程

GO:0009739 response to gibberellin 生物过程

GO:0009740 gibberellic acid mediated signaling pathway 生物过程

GO:0010372 positive regulation of gibberellin biosynthetic process 生物过程

GO:0016036 cellular response to phosphate starvation 生物过程

GO:0042127 regulation of cell population proliferation 生物过程

GO:0045893 positive regulation of DNA-templated transcription 生物过程

GO:0051510 regulation of unidimensional cell growth 生物过程

GO:0051511 negative regulation of unidimensional cell growth 生物过程

GO:0071368 cellular response to cytokinin stimulus 生物过程

GO:2000024 regulation of leaf development 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT3G07340

ath:AT5G50915

dosa:Os08g0536800

dosa:Os09g0510500

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.976

排名 1 · TkA03G417140 · TK1151

细胞质0.093

排名 2 · TkA03G417140 · TK1151

细胞膜0.026

排名 3 · TkA03G417140 · TK1151

内质网0.017

排名 4 · TkA03G417140 · TK1151

质体0.011

排名 5 · TkA03G417140 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF19795DUF627910-125 aa

PF26348SRA_ScoMcrA28-98 aa

PF10937Kgd4-YMR3135-59 aa

PF05306DUF73369-123 aa

PF12420DUF367177-129 aa

PF23177bHLH_IRO394-117 aa

PF10937Kgd4-YMR3197-161 aa

PF23177bHLH_IRO3146-201 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA03G417140	`PF19795`	DUF6279	10	125	0.1	13.2
TkA03G417140	`PF26348`	SRA_ScoMcrA	28	98	0.067	13.7
TkA03G417140	`PF10937`	Kgd4-YMR31	35	59	3.3	10.1
TkA03G417140	`PF05306`	DUF733	69	123	0.38	11.8
TkA03G417140	`PF12420`	DUF3671	77	129	1.1	9.4
TkA03G417140	`PF23177`	bHLH_IRO3	94	117	0.0026	18.8
TkA03G417140	`PF10937`	Kgd4-YMR31	97	161	3.3	10.1
TkA03G417140	`PF23177`	bHLH_IRO3	146	201	0.0026	18.8
TkA03G417140	`PF00010`	HLH	147	194	7.8e-07	29.5
TkA03G417140	`PF23173`	bHLH_SAC51	152	196	2.5e-08	34.4
TkA03G417140	`PF23174`	bHLH_ILI	157	206	0.077	14.1

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q93W88`	拟南芥	sp\|Q93W88\|BH137_ARATH Transcription factor bHLH137	63.200%	Swiss-Prot	低置信
`Q6NKN9`	拟南芥	sp\|Q6NKN9\|BH074_ARATH Transcription factor bHLH74	51.900%	Swiss-Prot	低置信
`Q0J0G7`	水稻	sp\|Q0J0G7\|BC1_ORYSJ Transcription factor BC1	51.500%	Swiss-Prot	中等置信
`A2YXI4`	水稻	sp\|A2YXI4\|BCL1_ORYSI Basic helix-loop-helix protein 80	51.600%	Swiss-Prot	中等置信
`A3BV95`	水稻	sp\|A3BV95\|BCL1_ORYSJ Basic helix-loop-helix protein 80	51.600%	Swiss-Prot	中等置信

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